首先回答题主的问题，先列魏延之死的基本史料：

秋，亮病困，密与长史杨仪、司马费祎、护军姜维等作身殁之后退军节度，令延断后，姜维次之；若延或不从命，军便自发。亮適卒，秘不发丧，仪令祎往揣延意指。延曰："丞相虽亡，吾自见在。府亲官属便可将丧还葬，吾自当率诸军击贼，云何以一人死废天下之事邪？且魏延何人，当为杨仪所部勒，作断后将乎！"因与祎共作行留部分，令祎手书与己连名，告下诸将。祎绐延曰："当为君还解杨长史，长史文吏，稀更军事，必不违命也。"祎出门驰马而去，延寻悔，追之已不及矣。延遣人觇仪等，遂使欲案亮成规，诸营相次引军还。延大怒，搀仪未发，率所领径先南归，所过烧绝阁道。延、仪各相表叛逆，一日之中，羽檄交至。后主以问侍中董允、留府长史蒋琬，琬、允咸保仪疑延。仪等槎山通道，昼夜兼行，亦继延后。延先至，据南谷口，遣兵逆击仪等，仪等令何平在前御延。平叱延先登曰："公亡，身尚未寒，汝辈何敢乃尔！"延士众知曲在延，莫为用命，军皆散。延独与其子数人逃亡，奔汉中。仪遣马岱追斩之，致首於仪，仪起自踏之，曰："庸奴！复能作恶不？"遂夷延三族。初，蒋琬率宿卫诸营赴难北行，行数十里，延死问至，乃旋。原延意不北降魏而南还者，但欲除杀仪等。平日诸将素不同，冀时论必当以代亮。本指如此。不便背叛。——《三国志·蜀书十·魏延传》

魏延本传里记录下了魏延之死的详细过程，不难看出，魏延对于诸葛亮的退兵遗命（“亮病困，密......作身殁之后退军节度，令延断后，姜维次之；若延或不从命，军便自发。”）并没有遵行，甚至于做出了“搀仪未发，率所领径先南归，所过烧绝阁道”这样亲者痛仇者快，不顾大局的混账事情。从当时的形势来看，诸葛亮新丧，整个季汉的形势是“时新丧元帅，远近危悚”（蒋琬传）。在这样一种军失主帅，国丧良相的前提下，魏延的态度竟然是“府亲官属便可将丧还葬，吾自当率诸军击贼，”显然魏延对于形势的看法是十分幼稚的。当然，我也并不是要苛责文长将军，毕竟站在我们事后诸葛的角度自然可以嘲笑魏延的浅见，但对于身处那样一个时代漩涡的大将也不是不可以理解。因此，我们不否认魏延在阳溪，卤城两战之中展现出来的骁勇将才，但单从魏延在孔明逝世后的一系列举动来看，以如此轻佻、不顾大局的将领为主帅去迎战擒孟达，征辽东的大魏名将司马宣王，的确难保胜算，甚至于稍有不慎就会有倾覆蜀兵的危险！

再看魏延在汉军退兵时的举动，“搀仪未发，率所领径先南归，所过烧绝阁道。”这个举动带来了什么后果呢？

杨仪等整军而出，百姓奔告宣王，宣王追焉。姜维令仪反旗鸣鼓，若将向宣王者，宣王乃退，不敢偪。於是仪结陈而去，入谷然后发丧。——《汉晋春秋》

显然，汉军退兵时遇到司马宣王的追击与魏延的“烧绝阁道”很大程度上是可以联系起来的，不客气的讲，魏延的行为极有可能间接上导致了杨仪，姜维所领主力军队被司马懿追上，险些倾覆的结局。幸有姜维杨仪等沉着应对并且及时吓退司马懿，脱离北伐战场，才保全汉军主力。

综上，魏延在孔明死后的过错主要包括这么两个方面：一，违背军令；二，危及主力；我相信，在军法完备的时代，任何一个军事法庭都不会对于这样的军事罪犯减轻刑罚。回到季汉的诸葛亮时代，对于犯下这样罪行的将领，上一位有史记载的还是街亭惨败的马谡；“违亮节度”，使“亮进无所据，退军还汉中”是不是和魏延的“不从命”，“烧绝栈道”致使汉军与魏军相接十分相似？

亮使马谡督诸军在前，与郃战于街亭。谡违亮节度，举动失宜，大为郃所破。亮拔西县千馀家，还于汉中，戮谡以谢众。——《三国志·蜀书五·诸葛亮传》

而亮违众拔谡，统大众在前，与魏将张郃战于街亭，为郃所破，士卒离散。亮进无所据，退军还汉中。谡下狱物故，亮为之流涕。——《三国志·蜀书九》

所以，从军事角度论，魏延的死罪完全是咎由自取，是因为他的不尊将令和擅作主张，实在不值得同情！也正是因为魏延的所为不当，所以在何平（王平）呵斥魏延行径的时候，才有了“延士众知曲在延，莫为用命，军皆散。延独与其子数人逃亡，奔汉中。”的结果。面对这样一个不遵军令，耽误退军以致蜀军陷入险境的将领，并且在其还有内讧倾向和一战之力的情况下，我认为杨仪遣人追而斩之的应对是完全合理的。

而且值得注意的是，在这场闹剧的过程中，成都方面面对的情况是：“延、仪各相表叛逆，一日之中，羽檄交至。后主以问侍中董允、留府长史蒋琬，琬、允咸保仪疑延。”所以魏延面对的罪名不仅仅是陷三军于险境的军事大错，更有叛逆国家的政治罪名。因此，在成都方面决定相信杨仪的那一刻开始，魏延已经是死罪了。这也才有了后来“（杨仪）遂夷延三族”的结局。单从魏延反叛的定罪而论，对于魏延的处置是并不失当的。所以杨仪传中才会记载：“仪既领军还，又诛讨延，自以为功勋至大，宜当代亮秉政。”

但是季汉政权对于这场火并的态度，也并非一味地不顾事实，尊杨贬魏。其实从陈寿的记载中也可看出：“原延意不北降魏而南还者，但欲除杀仪等。平日诸将素不同，冀时论必当以代亮。本指如此。不便背叛。”显然，作为季汉遗民，陈寿对于魏延死前的举动也是认为由魏延“但欲除杀仪等”所致。我个人认为可以推测这一定程度上代表了季汉对于魏延事件的看法，反叛有过，而于军大罪。所以，陈寿在蜀书十中对于魏延等人的评语才会是：

评曰：刘封处嫌疑之地，而思防不足以自卫。彭羕、廖立以才拔进，李严以幹局达，魏延以勇略任，杨仪以当官显，刘琰旧仕，并咸贵重。览其举措，迹其规矩，招祸取咎，无不自己也。 ——《三国志·蜀书十》

综上，直面题主的问题，对于魏延案，杀害魏延的直接行刑人是三国志中记载的马岱，间接主使者是长史杨仪，且长史一手推动了后来的“夷延三族”，参与定罪魏延的还有成都方面的蒋琬，董允等，但是从根本上致使魏延死罪的，还是他不遵军令和危及主力的军事犯罪行为！

当然，以上分析均是建立在三国志陈寿的记载下的。对于身为季汉遗民的陈寿，和魏延传中详细的史料，我认为三国志的记载是非常可信的，当然，裴注也给了《魏略》所记载的另一则说法：

【魏略曰：诸葛亮病，谓延等云："我之死后，但谨自守，慎勿复来也。"令延摄行己事，密持丧去。延遂匿之，行至褒口，乃发丧。亮长史杨仪宿与延不和，见延摄行军事，惧为所害，乃张言延欲举众北附，遂率其众攻延。延本无此心，不战军走，追而杀之。臣松之以为此盖敌国传闻之言，不得与本传争审。】

从魏略的记载来看，魏延事件的大体过程和三国志记述差异不大，不同的地方在于，魏略所云：“亮长史杨仪宿与延不和，见延摄行军事，惧为所害，乃张言延欲举众北附，遂率其众攻延。延本无此心，不战军走，追而杀之。” 这就把魏延案描绘成了杨仪陷害魏延的冤案，和三国志中魏延不遵军令烧毁栈道的军事罪犯形象有所差异。考虑到对于魏国而言，魏延这样一个敌国的大将身死于内，利用其死亡大做文章，抹黑季汉的可能性是完全存在的。因此，裴松之给的结论才是“臣松之以为此盖敌国传闻之言，不得与本传争审”。故我以为，对于魏略的记载，实不足取。

关于魏延，杨仪，诸葛亮三人关系的深层次分析，我也在这里贴上一篇个人观感还不错的回答，虽然未必完善，但作为科普文章，我还是觉得挺有意思的，值得一读！

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最后实名反对 @大风清扬 的答案。

1.什么叫做诸葛亮知道“杨仪不会公报私仇”？三国志，汉晋春秋等史册哪一本这么记载过？这历史发明的可还行？

2.单凭魏延不遵军令就说诸葛御下无方？没看到汉军和季汉政权在面对魏延搅屎棍般的军事行动后的一系列合理决策吗？没看到魏延军“众知曲在延，莫为用命，军皆散”的知法畏法吗？汉军在新丧元帅和大将背反后的一系列举措，无不彰显孔明治军严谨，无不表现孔明之下的国家依靠制度可以安然运作，有实力应对突发变故。到你这因为一个有着一定军事自主权的将领因为一己之私而做出一件不顾大局的举动就是御下无方，那三国御下有方者更有何人？

3.最后这“明面保魏延暗地要他命”这般阴谋论的论调，真以为一国之首只会用阴谋御人乎？何其陋也！