二十七日，前将军邓禹在安邑进攻更始定国公王匡，大破王匡军，杀掉他的将领刘均。秋七月初五，拜前将军邓禹为大司徒。

十一日，任命野王令王梁为大司空。

十六日，任命大将军吴汉为大司马，偏将军景丹为骠骑大将军，大将军耿..为建威大将军，偏将军盖延为虎牙大将军，偏将军朱佑为建义大将军，中坚将军杜茂为大将军。这时，皇室亲族刘茂自称“厌新将军”，率部投降，封为中山王。

八月初三，光武到怀县，派耿..率强弩将军陈俊驻扎五社津，戒备荥阳以东。派吴汉率朱佑及廷尉岑彭、执金吾贾复、扬化将军坚镡等十一将军在洛阳围攻朱鲔。

八月十六，祭社稷。

八月十七，在怀宫祭祀高祖、太宗、世宗。光武行进到河阳，更始廪丘王田立投降。

九月，赤眉军入长安，更始逃奔高陵。初六，光武下诏令说：“更始破败，放弃城池逃跑，妻室儿女赤身露体，流散道路，我很怜悯他们。现封更始为淮阴王，官吏平民有敢杀害他的，以大逆罪论处。”十九日，任平帝时高密令卓茂为太傅。

二十六日，朱鲔率洛阳全城人马投降。冬十月十八日，光武进入洛阳，临幸南宫却非殿，于是定都洛阳。派岑彭打击荆州群贼。

十一月三十日，光武到怀县。刘永自称天子。

十二月丙戌，光武从怀县回洛阳。赤眉军杀更始。隗嚣占据陇右，卢芳在安定起兵，破虏大将军叔寿在曲梁进攻五校贼，叔寿战死。

二年(26)春正月初一，日蚀。大司马吴汉率九位将军在邺东进攻檀乡寇贼，大败檀乡贼军，迫使他们投降。十七日，把功臣都分封为列侯，大的封国四县，其余多少不一。诏令说：“人的欲望满足以后，最怕的是放荡不羁，只求一时的快乐，忘却慎于刑罚的道理。想到各位将军功业远大，的确想代代相传，应当像站临深潭边、在薄冰上行走一样，战战兢兢，一天比一天更谨慎。有些有显著功绩，没有得到报酬，名未扬、官未封的人，大鸿胪赶快报上，我将分别录用。”博士丁恭提议说“：古代帝王封诸侯地不过百里，以‘利建侯’、‘雷震百里’为准则，中央强大，地方弱小，这是用来治理国家的方法。现在封诸侯大到四县，不合法制。”光武帝说：“古代国家的灭亡，都是由于国君无道，没有听说过功臣封地大而遭灭亡的。”于是派谒者马上授予列侯印绶，策书上说：“在上面不骄傲，虽高也不危险；节制谨守法度，虽满也不漫出。敬肃戒慎，传给你们子孙后代，永远做汉家的藩属。”十九日，更始复汉将军邓晔、辅汉将军于匡投降，都恢复了他们原来的爵位。壬子，修高帝庙堂，建社稷坛于洛阳，立郊兆坛于城南，开始明确汉主火德，崇尚赤色。同月，赤眉烧长安宫室，挖掘帝王园陵，寇掠关中。大司徒邓禹进长安，派府掾捧着十一帝的神主，供于高庙。真定王刘扬、临邑侯刘让谋反，光武派前将军耿纯把他们杀掉。

二月十六日，光武到修武。大司空王梁免职。十九日，任太中大夫宋弘为大司空。派骠骑大将军景丹率征虏将军祭遵等二将军攻打弘农寇贼，把他们打败，趁势又派祭遵围攻蛮中寇贼张满。渔阳太守彭宠反叛，在蓟城攻打幽州牧朱浮。

延岑在汉中自称武安王。辛卯，光武自修武回洛阳。三月乙未，大赦天下，诏令说“：近来狱中多有冤屈的人，用刑残酷，我很哀怜他们。孔子说：‘刑罚不得当，老百姓就不知怎样才好。’应当和中二千石、诸大夫、博士、议郎共同讨论省免刑罚的事。”派执金吾贾复率二将军攻打更始郾王尹遵，打败他，迫他投降。骁骑将军刘植攻打密地寇贼，战死。派虎牙大将军盖延率四将军讨伐刘永。

夏四月，在睢阳围攻他。更始将苏茂杀淮阳太守潘蹇，依附刘永。四月初二，封叔父刘良为广阳王，兄子刘章为太原王，刘章弟刘兴为鲁王，舂陵侯嫡子刘祉为城阳王。

五月十九日，封更始元氏王歙为泗水王，故真定王刘杨子刘得为真定王，周朝后代姬常为周承休公。二十二日，诏令说：“老百姓有不得已出嫁的妻子、卖掉的儿女，想要回归丈夫、父母身旁的，都要听任他们的意愿，谁敢拘禁逮捕他们，依法论处。”六月初七，封贵人郭氏为皇后，子刘强为皇太子，大赦天下。增加郎官、谒者、从官俸禄各一等。十五日，封宗族子刘终为淄川王。

秋八月，光武帝亲自统兵讨伐五校，二十六日，帝到内黄，在戏阳大败五校军，使之投降。派游击将军邓隆援救朱浮，与彭宠战于潞城，邓隆军队吃了大败仗。盖延攻克睢阳，刘永逃奔谯城。破虏将军邓奉占据氵育阳反叛。

九月初二，光武帝从内黄回洛阳。骠骑大将军景丹去世。延岑在杜陵大败赤眉军。关中饥荒，发生了人吃人的现象。

冬十一月，任廷尉岑彭为征南大将军，率八将军在堵乡讨伐邓奉。铜马、青犊、尤来残部在上郡共立孙登为天子。孙登将领乐玄杀孙登，率领部众五万余人投降。派偏将军冯异代理邓禹讨伐赤眉。派太中大夫伏隆拿着符节安抚青、徐二州，招降了张步。十二月三十日，诏令说：“想到宗室列侯被王莽所废，先人神灵无所归宿，我非常哀怜他们，一并恢复他们的封国。若列侯本人已去世，由列侯子孙所属的郡县记录列侯子孙的现名上交尚书，封爵授官。”这年，盖延等在沛西大败刘永。以前，王莽末年，国家旱灾蝗灾，五斗粟要卖一斤黄金，到现在野生的谷子不播而长，麻、豆长得尤其茂盛，野蚕结茧，散布在山岗上，人们便去收取其利。

三年(27)春正月初六，任偏将军冯异为征西大将军，杜茂为骠骑大将军。大司徒邓禹及冯异与赤眉军在回溪交战，邓禹、冯异大败。征虏将军祭遵打败蛮中寇贼，杀张满。二十三日，立亡父南顿君上四庙。二十四日，大赦天下。

闰月初一，大司徒邓禹免职。冯异与赤眉军在崤底交战，将赤眉军打得大败，残部南逃宜阳，光武亲自领兵征伐。己亥，光武帝到宜阳。甲辰，帝亲统六军，大摆兵阵，大司马吴汉的精锐排列在前面，中军排列第二，骁骑、武卫分列左右。赤眉军望而生畏，派人求降。丙午，赤眉君臣反绑双手，奉献高祖刘邦传下的玺绶投降，诏令城门校尉办理受降事宜。戊申，光武从宜阳回洛阳。己酉，诏令说：“群盗横冲直闯，残害人民，刘盆子窃取皇帝尊号，惑乱天下。我领兵奋起讨伐，顷刻土崩瓦解，十多万部众束手降附，先帝玺绶归还王府。这都是靠祖宗的威灵，将士的力量，我怎能够格享此殊荣呢！应选择吉日祷告高庙，赏给天下应当继承父后的长子爵位，每人一级。”二月初一，祭祠高庙，光武接受传国玺。刘永妄封董宪为海西王，张步为齐王。张步杀光禄大夫伏隆反叛。光武帝到怀县，派吴汉率二将军在轵西进攻青犊，大败青犊军，使之降服。

三月十六日，任大司徒司直伏湛为大司徒。彭宠占领蓟城，并自立为燕王。光武亲自统兵征讨邓奉，到达堵阳。

夏四月，在小长安大败邓奉，并杀了他。冯异与延岑战于上林，把延岑打败。吴汉率领七将军与刘永将苏茂战于广乐，大败苏茂。虎牙大将军盖延在睢阳包围了刘永。

五月二十四日，光武帝回洛阳。三十日，晦，日蚀。

六月初七，大赦天下。耿..与延岑在穰县交战，大败延岑。

秋七月，征南大将军岑彭率领三将军讨伐秦丰，战于黎丘，大败秦丰，活捉了他的将领蔡宏。二十六日，光武帝诏令说：“俸禄不满六百石的县令，下至县长，侯国之相有罪，都先请示再处治。男子八十以上，十岁以下，及妇女因亲属犯罪连坐的，只要不是犯有‘不道’罪，诏书点名逮捕的，都不得扣押。应当对证的马上对证，女子判刑，可让她出钱雇人伐木抵罪，放回家。”盖延攻克睢阳，捉了刘永，但苏茂、周建又立刘永子刘纡为梁王。

冬十月十九日，光武帝到舂陵。告祀园寝宗庙，在旧宅设置酒宴，款待众多故旧与父老乡亲。

十一月已末，自舂陵回洛阳。涿郡太守张丰反叛。这年，李宪自称天子。西州大将军隗嚣呈上奏书。建义大将军朱..率领祭遵与延岑战于东阳，杀延岑将张成。

四年(28)春正月初二，大赦天下。二月初一，光武帝到怀县。二十一日，从怀县回洛阳。派右将军邓禹率领二将军与延岑战于武当，打败了延岑。

夏四月初七，光武帝到达邺城。十九日，行进到临平。派大司马吴汉在箕山攻击五校贼，贼大败。五月，光武帝行进到元氏，初二，又行进到卢奴。派征虏将军祭遵率领四将军在涿郡讨伐张丰，杀掉了张丰。

六月初二，光武帝返回洛阳。

七月十四日，光武帝至谯县。派捕虏将军马武、偏将军王霸在垂惠围攻刘纡。董宪将领贲休率兰陵城兵马投降光武，董宪围攻贲休。虎牙大将军盖延率领平狄将军庞萌援救贲休，没有成功，兰陵为董宪所攻陷。

秋八月初十，光武帝到寿春。太中大夫徐恽擅自杀临淮太守刘度，徐恽因此犯法被诛。派扬武将军马成率领三将军讨伐李宪。

九月，在舒县包围了李宪。

冬十月初七，光武帝回到洛阳。太傅卓茂去世。十一月十九日，光武帝到宛城，派建义大将军朱..率领二将军在黎丘围攻秦丰。十二月二十日，光武帝到黎丘。这年，征西大将军冯异与公孙述将领程焉在陈仓战斗，打败程焉。

五年(29)春正月十七日，光武帝还洛阳。二月初一，大赦天下。捕虏将军马武、偏将军王霸攻克垂惠。二十日，光武帝到魏郡。二十七日，封殷商后代孔安为殷绍嘉公。彭宠被奴仆所杀，渔阳平定。大司马吴汉率领建威大将军耿..在平原攻击富平、获索贼，大败贼军，迫使其投降。又派耿..率领二将军讨伐张步。三月初八，调广阳王刘良为赵王，刘良始进入封国。平狄将军庞萌反叛，杀楚郡太守孙萌而东附董宪。派征南大将军岑彭率领二将军在津乡讨伐田戎，大败田戎。

夏四月，天旱，蝗灾。河西大将军窦融开始派人进贡。五月初二，光武帝下诏令说：“久旱，麦子受害，秋播没有下种，我十分担忧。莫非是残酷的官吏不称职，狱多冤案，老百姓愁苦怨恨，触怒了天神吗？现命令中都官、三辅、郡国放出在押囚犯，除了非处死不可者外一律免除查办，徒刑免为平民。务必进用温良的人，罢免贪婪残酷的人，各部门整顿好自己的职事。”六月，建义大将军朱..攻克黎丘，活捉秦丰；庞萌、苏茂围攻桃城。这时，光武帝刚好到了蒙县，于是亲自领兵征伐庞萌、苏茂。先在任城整顿军队，然后救援桃城，大败庞萌等。

秋七月初四，光武帝到沛县，告祭高帝庙。诏令修复长安的帝王陵墓。行进到湖陵，征讨董宪，又到蕃县，在昌虑攻打董宪，获大胜。

八月初六，光武帝行进到郯县，留下吴汉攻打刘纡、董宪等。光武帝转而巡视彭城、下邳。吴汉攻下郯县，捉到刘纡；吴汉又进军在朐县围攻董宪、庞萌。冬十月，光武帝还洛阳途中，经过鲁地。派大司空祭祀孔子。耿..等在临淄和张步战斗，大败张步。光武帝到临淄，行进到剧县。张步杀苏茂投降，齐地平定。开始设立太学。光武帝回到洛阳，巡视太学，分别赏赐博士弟子。

十一月初一，大司徒伏湛免职，任尚书令侯霸为大司徒。

十二月，卢芳在九原自称天子。西州大将军隗嚣派遣儿子隗恂入宫侍卫光武帝。交阝止牧邓让率领七郡太守派人进京进贡。诏令免除济阳县二年的徭役。这年，野生的谷物逐渐减少，耕种的田地越来越多了。