原因是多方面的，主要原因是封建伦序使得万历帝不敢逾越；次要原因是万历帝在册立太子的关键时侯，与福王的生母郑贵妃发生了矛盾；其三是万历帝生母李太后反对册立福王。所以，万历帝册立太子一事，多少带有赌气的成分在内。

万历新皇（万历新皇碗里女皇）

皇长子朱常洛（即后来的明光宗），是万历帝生母李太后的宫女王氏所生。一次，万历帝到慈宁宫，在“索水盥手”的时侯看中了王氏，于是“私幸之”，使之怀孕。万历帝起初并不承认，直到李太后拿出内起居注当面对质，万历帝才无法抵赖。虽然王氏为万历帝生下了第一个皇子，但他仍然对王氏非常疏远，不仅没有因此晋封王氏的位号，而且对这个皇长子也不甚喜爱。

皇次子早殇，在此不再赘述。

皇三子朱常洵，生母是万历帝独宠一身的郑贵妃。他比皇长子朱常洛小四岁。朱常洵刚出生，郑贵妃就向万历帝“乞怜”，请求立朱常洵为太子。爱屋及乌，万历帝对这个皇子非常喜爱，也生了废长立幼的想法。据说，万历帝曾向郑贵妃写下册立朱常洵为皇太子的“密誓”，并由郑贵妃保存，作为万历帝兑现承诺的凭证。皇帝这种感情用事的作法，既不符合封建王朝的长子继承制，而且使得满朝大臣为之惊愕。连一向“务承上指”的内阁首辅申时行也不能接受，要求万历帝早立皇长子为太子。而万历帝的答复是：“元子婴弱，少俟二三年举行。”显然，万历帝想用拖延战术消弥朝内的反对声。但是，满朝文武并不买账，户部主事姜应麟给万历帝上了一道言辞激烈的奏疏，要求“册立无嗣（长子朱常洛）为东宫，以定天下之本”。这个奏疏不仅正面提及册立皇长子为太子的请求，而且还对万历帝打算晋封郑贵妃为皇贵妃的想法进行了指责。万历帝阅后大怒，虽然不顾反对，仍然晋封郑贵妃为皇贵妃，但是，也不得不降旨道：“立储自有长幼。”由此可见，万历帝虽然心向朱常洵，但仍然不得不顾忌封建社会的长幼伦序这个传统规范。

万历帝生母李太后闻讯后，训斥万历帝道：“母以子贵，宁分差等？”万历帝听后惶恐伏地，无以自容。即使如此，万历帝仍然不愿册立朱常洵为太子。大臣们看到皇帝迟疑不决，担心生变，就接边上疏。先是礼部给事中王三余，接着是大学士申时行。工部主事张有德见皇帝还没有动静，也上疏力谏，被万历帝罚“俸三月”。申时行任首辅后，也上疏劝谏，惹得万历帝大怒。官员罗大纮、黄正宾因触怒皇帝，被削职为民。礼科给事中李献可同六科诸臣上疏力谏，除李献可被职级外，其他官员一并被罚俸半年。科臣孟养浩上疏为李献可说情，被杖责一百。继任为首辅的王家屏，看到皇帝如此专断，不但将皇帝下发的圣旨封存，而且上疏力谏。万历帝听不进去，王家屏只好“引疾求罢”，在任仅半年时间。万历帝为了朱常洵连接处罚如此多的官员，由此可见他对朱常洵是多么的偏爱。

继任为首辅的王锡爵一贯奉迎皇帝，但关于立储一事上，他也不敢掉以轻心。万历二十一年（公元1593年）八月，彗星进入紫微垣，这在当时被视为非常不吉利的星变。王锡爵趁机密奏道：“天以皇上为子，皇以太子为子，天子这象帝星，太子之象前星，方今禳彗第一义，莫如册立。”万历帝很受触动。王锡爵又劝谏道：“外廷以固宠阴谋，归之皇贵妃，恐郑氏举族不得安，惟陛下深省。”万历帝听后，“心益动”。确实如此，朝中大臣见皇帝宠幸郑贵妃，都想借郑贵妃固位邀宠，这对朝局是非常不利的。

万历二十九年，在大学士沈一贯等廷臣的再次劝谏下，万历帝终于决定册立长子朱常洛为皇太子，同时，三子朱常洵、五子朱常浩、六子朱常润、七子朱常瀛分别被封为福王、瑞王、惠王和桂王。

除了前面介绍的诸多原因，还有一个不可忽视的因素是万历帝与郑贵妃产生了矛盾。情况是这样的，万历二十九年，万历帝病重，常常进入昏迷状态，每次醒来，都是皇长子朱常洛的生母王氏陪在身边，细心照顾。而郑贵妃则趁皇帝昏迷之机，阴谋策划不轨之事。万历帝大失所望，遂决定册立朱常洛为皇太子。