清华大学国学研究院直属清华大学，为跨学科研究机构，国学研究院特聘及专职研究人员以高、精、尖为原则。国学院设立访问学者制度，支持学者的研究，国内外学者亦可自带经费申请到研究院访问。根据情况设立课题组和研究项目，经学术委员会批准立项，实行课题负责人制度。建立博士后流动工作站，吸引清华本校各人文学科及其它名校博士毕业人员参加研究院的科研工作。

国学院将设立“梁启超讲座”、“王国维讲座”、“陈寅恪讲座”， 以纪念这三位奠立了清华文科基石的大师。三大讲座每年各一次、每次若干讲，各讲座将分别邀约哲、文、史诸领域的世界级学者，围绕特定的专题，来清华园进行讲演，并与国内同行进行深度的交流。每一系列讲演的内容，包括讲座期间与国内学界的对话与辩难，经由整理、翻译和修改，都将扩充为《清华国学讲座》丛书之一种。

国学院将编辑《清华国学文存》，计划以每人一册的形式，广泛精选绝大多数院友的著作，以为永久性的表彰与追思，也藉此突显20世纪20年代的清华国学院在短短四年内，对我国现代文科所做的贡献。将编辑《清华国学研究》，丛书内容将包括：整理有关国学的讨论，老清华国学研究的历史，清华人文大师的传记，尤其是国学院专任、兼任、客座教授、访问学者、博士后学人，以及其它本院支持的研究计划的研究成果，以展现本院的国学研究成果。