清代没有太学，最高学府称为国子监。

国子监虽号称国家最高学府，但在科举时代，其毕业生地位却相对较低。其学生来源主要是全国各府州县按名额贡入之生员，有岁贡、优贡、拔贡、恩贡、副贡等名目，号“五贡”。他们只有生员（即秀才）的功名，若想再进一步，仍须参加乡试。惟一的照顾便是无论国子监生之籍贯为何地，皆可应试于顺天府（大致相当于今北京市）。若不再考取功名，以国子监生身份入仕，则多被用做县丞，或教谕、训导等学官，秩低而俸薄，权轻而利小。因此，学生学习积极性一直不高，学校课业也就相对宽松懈怠。加之封建时代教学方式之陈旧落后，教学内容之枯燥贫乏，使得学生主要的功课便是背书、写字、作文。“青春作赋，皓首穷经”，即是对此辈的生动写照。

另外，国子监还培养了大批外国留学生。明洪武时期，南京国子监就有招收外国留学生的记载。先是有高丽国学子，后日本亦遣子弟入监读书，国子监增设号舍，专供留学生居住，国子监迁北京后，继续招收。清初近四十年间未接收外国学生。康熙二十三年（1684年），礼部奏曰：琉球国“国王尚贞，以本国远被皇仁，倾心向学，恳祈使臣汪楫等转奏，愿令陪臣子弟四人赴京受业，应准所请，听其遣臣子弟人监读书”。康熙下旨允行。“自后，每遇册封，遂沿为例”。从此，外国留学生尤其是琉球官生，入清国子监读书者络绎不绝。其后，朝鲜、俄罗斯、日本等周边国家也遣员来华，从中不难看出当时国子监所具有的亚洲最高等府的学术地位。

国子监监生身份向不为世人所重，而自明朝景泰皇帝开生员纳粟纳马入监（即例贡）之例后，国子监门槛愈低。尔后捐监之风大开，监生以钱铺路，良莠不齐，益为世人所轻。

光绪三十年（1904年），清廷下诏，于明年永停科举，各级学校皆改办新式学堂。国子监亦停止招生，祭酒改为国子丞，只负责孔庙祭祀等事务。1912年，清帝退位，国子监亦寿终正寝。