二战前称为宫内省图书寮，现称宫内厅书陵部图书馆，是日本皇家藏书库。建立于明治十七年（1884），其藏书由献纳和接受两种来源。如昭和二十四年三月，一次接受的书籍仅汉籍就有18384册10568帖，以红叶山文库的藏书为主。献纳较多者如古贺家之藏书（古贺精里、古贺侗庵、古贺茶溪）于明治二十二年献纳于宫内厅书陵部，德山藩主毛利元次亦于明治二十九年将其中善本献于宫内省。宫内厅书陵部的汉籍藏书经神田喜一郎整理编目，分别出版有《帝室和汉图书目录》《增加帝室和汉图书目录》《图书寮汉籍善本目录》。2016年，宫内厅书陵部终于揭开神秘的面纱，向网络敞开胸怀，将所藏宋刊和盘托出，高清奉献。

5、早稻田大学图书馆古籍影像库

早稻田大学图书馆是日本最先进的图书馆，该馆以中央图书馆为核心，共有30座，藏书总数约427万册，利用者达180万人次。早稻田大学不但拥有巨大的藏书量，同时也拥有庞大而先进的图书管理系统，所有领域的学术信息都实现了在线搜索。并且早稻田大学的图书目录数据库被世界最大的图书目录利用机关OCLC（Online Library Center：本部在美国）所采用，供世界各国的研究人员所利用。早稻田大学收藏的汉籍有四库系列丛书、敦煌系列丛书、地方志系列等，以及四部丛刊、四部备要等，还收藏了大量从韩国以及中国大陆、台湾地区购买的汉文古籍珍本，如《礼记义疏》和被视为日本国宝级的《玉篇》。其汉籍目录有1991出版的《早稻田大学图书馆所藏汉籍分类目录》和1996出版的索引。其馆藏有约30万册的古籍，目前已对外提供其馆藏的部分影像资料。

6、东京大学东洋文化研究所亚洲电子图书馆

东京大学东洋文化研究所创办于1941年，时为“东京帝国大学”的附属研究所，创办至今已逾七十年。在此期间，研究所陆续积累了不少中国古籍。其中包括东方文化学院东京研究所的旧藏以及大木幹一、长泽规矩也、仓石武四郎等各具特色的个人收藏。这些藏书绝大部分都是在二十世纪二、三十年代在中国购买的。该馆1973-1975年间出版有《东京大学东洋文化研究所汉籍分类目录》，1995年又出版新增的《东京大学东洋文化研究所汉籍目录》。除图书以外，东洋文化研究所所藏研究资料尚有（一）殷商甲骨2，103片，数量仅次于京都大学人文科学研究所，（二）分藏于世界各处的中国绘画的图片资料，以及（三）明清时期中国社会的各种文书资料，包括北京、上海、苏州、嘉兴、武进等处之地主、当铺、商店资料一千余种。

上世纪90年代，东京大学东洋文化研究所便开始建立古籍目录数据库，于1998年公开该数据库，其藏书非常丰富，约有7万本汉籍，包括法律文书、明清戏曲小说以及一般图书等。该数据库只著录该所于2001年前收藏的汉籍书目，2002年后的书目则需利用东京大学的图书馆目录检索系统。数据库共有17种检索途径，有效地描述了古籍书目原始数据。而从2002年开始又建立古籍全文影像数据库，在互联网上免费提供开放性服务。

在日本东京大学东洋文化研究所丘山新教授和北京大学历史系桥本秀美教授的积极推动下，2009年11月，在中国国家图书馆詹福瑞馆长访日期间，双方签署合作意向书。东洋文化研究所将所藏中文古籍4000余种，以数字化方式无偿提供给中国国家图书馆，在国图网站上面向读者提供服务。

7、东京大学双红堂文库

日本东京大学双红堂文库全文数据库久为学界所知，由日本著名学者長澤規矩也将其所藏的中国小说、戏曲、史部、笔记等典籍数码化，放在互联网上供公众免费使用。

该数据库共有文献3365种，时间以明清为主，亦有部分民国时期文献。文献题材以戏曲、小说、杂史、列传居多，同时收有明清中国各地的乡贤传记、墓表，书籍大部分在中国刊刻，极少数为日本刻本。很多文献为存世孤本，其中各地方戏曲尤为珍贵。其中，经部仅3种，史部和子部约占十分之一，其他大多为集部。

所有文献馆方都提供了详细书目信息，可选择下载pdf全文格式，部分文献提供了更为高清的图像格式，供有需要者使用。

8、东洋文库图书馆古籍影像库

创建于1924年的东洋文库是日本一所研究东洋学的专门机构兼图书馆。所藏中国珍籍有：中国方志和丛书约4000部、中国方言辞典500多册、中国家谱、清版满蒙文书籍、中国探险队报告、中国考古学资料、《顺天时报》《华北正报》、各种版本的大藏经和其他西藏文献3100件等。

其中在东洋文库的特藏中，有五种汉籍被列为“日本国宝”。其中《春秋经传集解》《史记》（夏本纪、秦本纪）和《文选集注》三种，皆为平安时代（794—1185年）人仿唐写本的手抄本，相当于晚唐和五代时期，至为可贵。在日本汉籍史上，它们属于“准汉籍”。另外两种，即《毛诗》残卷与《古文尚书》残卷，皆为传入日本的中国唐人写本。

东洋文库相继编纂了馆藏汉籍目录：《东洋文库所藏中国古籍目录集部》（1967年出版）、《东洋文库所藏中国古籍目录经部》（1978年出版）、《东洋文库所藏中国古籍目录史部》（1986年出版）、《东洋文库所藏中国古籍目录子部》（1993年出版）。“东洋文库所藏汉籍目录”数据库以已出版的书目图书为底本而建，读者可直接输入繁体中文检索相关数据。其中“贵重书”和“岩崎文库”可实现图像阅览，其中“岩崎文库”藏有国宝5件：《古文尚书》初唐钞，《毛诗》初唐钞，《春秋经传集解》平安朝钞，《史记》平安朝钞，《文选集注》平安朝钞。

9、京都大学人文科学研究所东方学数字图书馆

日本大学中收藏中文古籍最多的要数京都大学人文科学研究所和东京大学东洋文化研究所。这两个研究所都是利用第二次鸦片战争清政府的赔款设立的，原名为京都研究所和东京研究所，均属于东方文化学院。其任务就是开展对中国文化和社会的研究。1945年日本战败后，这两个研究所分别归属京都大学和东京大学。京都研究所根据所长狩野直喜的方针，重点购置收藏以清代考据学为中心的实用图书，其中就有天津著名藏书家陶湘的明清丛书数百种，共26985册。战后又接收了松元文三郎的全部藏书，以及中江丑吉与村本英秀的旧藏，内藤湖南关于满洲、蒙古的部分旧藏。其图书馆收藏汉籍珍本、善本极为丰富，仅甲骨文片就达3600多片，龙门、云冈石窟资料5600多件。

该所出版有《京都大学人文科学研究所汉籍分类目录》（1964、1965）《京都大学人文科学研究所汉籍目录》（1979、1980）。它与内阁文库之汉籍目录《内阁文库图书第二部汉书目录》一起，成为日本汉籍目录编纂的样本。

除人文科学研究所外，其附属图书馆以及京都大学各部图书馆内也存有汉籍。如文学部，其《铃木文库》《狩野文库》《今西文库》等个人文库内的汉籍都相当丰富。但遗憾的是，自1959年编成的《京都大学文学部汉籍分类目录第一》以来，反映新增汉籍的新书目一直没有公开刊行。

10、京都大学贵重资料电子数据库

京都大学贵重资料电子数据库将京都大学图书馆所藏珍贵古籍、古文书等学术资料电子化，并进行公开。截至2023年2月，已完成电子化的资料近2万4千件。

11、东京国立博物馆汉籍影像库

日本东京国立博物馆藏有很多精品汉文文献，如可知的有元赵孟頫兰亭十三跋（局部），该帖为赵孟頫赏玩《定武兰亭》原石拓本之后所写的十三段跋文及《兰亭序》全文临本。乾隆间为谭组绶所藏，不慎被火烧残，后为翁方纲所得，又辗转进入东京国立博物馆。

国立博物馆新近开放有藏书全文图像库，目前公开的图书以日文古籍为主。汉籍主要为本草类珍本。打开链接，在“种别”里指定汉籍，就可打开汉籍一览网页。

12、淑德大学中国石刻拓片数据库

淑德大学是一家具有佛教背景的私立大学。创建于1965年，创始人为净土宗寺院主持长谷川良信。淑德大学书学文化中心收藏拓片总数约6000件，所藏主要为南北朝碑刻拓片，天放楼汇装，历代碑帖拓本，四川博物馆汉画像砖拓片等，是日本收藏中国碑刻拓片重镇，编有《淑德大学藏中国石刻拓本目录》。

13、日本国立天文台珍贵古籍库

日本国立天文台将其所藏天文方面的古籍分九大类：天文历书、测量书、推算稿、观测录、附历本类、算术、星图类、编历业务、杂书。其所藏中文古籍大多为清代版本，都可图像阅览。

14、长崎大学藏晚清汉译西书全文影像库

长崎大学图书馆藏有晚清中国翻译的大量西学珍本书籍，其中颇多名作，且为初版本。馆方将38种书籍全文数码化，放在互联网上供公众免费使用。这些文献包括史书、地理、医学、科学、语言等学科，作者包括晚清著名中外历史人物如林则徐、魏源、严复、理雅各、丁韪良等，对于研究近代中西文化交流、中国近代科技史具有重要价值。

部分书目如下：《智环启蒙》、《智环启蒙》（日本刻本）、《智环启蒙和解》、《智环启蒙塾课》、《智环启蒙塾课初歩》（日本刻本）、《地球略解》、《海国图志》（初版本）、《英吉利纪略》、《重学》、《化学鉴原》、《博物通书》、《华英字典》、《汉英通用雑话》、《天演论》、《外国史》、《地球说略》、《律例精义》、《律例精义大意》、《民法论纲》、《西医略论》、《全体新论》、《内科新说》、《妇婴新说》（4部医书作者均为合信）。