看了前面2个回答，一点自己观点都没有，我来说说我的看法吧。要想知道区别，首先要了解一点历史

秦始皇焚书坑儒，禁止儒家所有书籍的传播(注，这个观点我认同秦史学者马百非的观点，焚书只针对或者主要针对儒家)，汉初随秦制，直到汉惠帝4年除挟书令，这时候儒家经典也开始逐步恢复，尚书的出现最早是在汉文帝时期济南伏(此字还可写作异体，不过十三经注疏点校本写作伏)生，主要是能研究尚书的人当时只有伏生一个，算了，长话短说。

伏生的今文尚书是用汉代的今文即隶书写的，而相对的古文在汉代则指的是在春秋战国时期书写的诸国文字。

但是为什么会有争论呢？因为焚书坑儒给儒家带来的伤害太大，儒家的典籍到了汉文帝时代连懂尚书的人一时间都差点绝迹，直到有人说济南伏生研究尚书，于是中央派了晁错去记录下来。

但是问题是伏生这时候已经老了，说的话不清楚，普通人很难听懂，如果不刻意听的话。(另一说他的话只有其女羲娥才能听懂，只好先由伏生言于其女羲娥，再由羲娥转述给晁错)总之，最后晁错写了28篇。

由此带来一个巨大问题。尚书篇幅缺了，缺了78篇(如果按照孔子说的，不过现在人一般认为尚书是55篇，但是当时人一般不这样认为，因为这个说法是孔安国(武帝时代一位古文经大师)考证过的)况且伏生是战国齐人，他那时候都老了，记忆力有所衰退，他背的书你敢保证其中有多少不是自己的私货，加上他自己藏书时候太匆忙，字迹写的潦草写的省略赶时间都是有可能的。这对于汉代严谨的学者来说简直不能忍，不过在文帝时代黄老是显学，这时候儒家的争论还不算激烈。

但是，武帝时代的儒学走向复兴，大批儒家经典开始被发现，孔壁的原文被发现，这是学术界值得庆祝的喜事啊。但是这在当时人们并没有很高兴，甚至很反感。因为这时候已经是利益之争了。你想，今文尚书这时候流行了50，60年了，一大帮的今文尚书得利者这时候已经形成一个集团了，他们自然而然的抹黑古文经学。 我来解释一下，这时候古文经学从学术上来说是尚书原文，但是限于门派利益之争，这时候古文尚书输了，虽然它是对的。

另一次更大的交锋则在王莽新朝，刘歆刘向父子为了学术事业，抨击今文尚书是不全面的，真理在古文尚书里，强推古文经为官方意识形态，打到落后的今文经(主要是因为这时候很少有人有勇气要和全国读书人作对，二刘的魄力我很佩服，真正的学者)，结果很残酷，新朝被打倒，东汉又以今文经为意识形态了(可惜啊，明明今文经是对的，但是为了国家意识形态，还是选择了错误的今文经)

接下来，中国文化史的悲剧开始了 西晋永嘉南渡，大量文化典籍毁于夷狄和汉人内斗之中，古文尚书在所难免(一是很少有人重视，二是当时人语言也很少有人看懂)

东晋元帝为突出正统，各地献书。 献书的话，我来说一下，对于这样的政治任务，大量假书和伪书，即自己写一本书但是把名字改成古书这样的行为是聪明的中国人的常态。

豫章内史梅赜献了一本古文尚书，他宣称10多年前失传的古文尚书我这儿还有一本，并且可以和今文尚书对应。于是整个东晋都相信了(不过这本书改编的很高明，它几乎编的全部都是在先秦古文中尚书有关的语句中找的，所以如果没有很多新材料的出现和学识，几乎是发现不出来内容的错误的，不过有一个比较容易发现的错误，排的篇章和内容是很多不重合的，但是这是在南宋首先发现的)

但是此后战乱不断，直到唐代孔颖达出了尚书正义这本书，正式将梅赜的伪古文尚书定为正本，而唐代孔颖达的尚书正义这时候其实已经是官方的教科书了。

于是这时候在汉代的今古文没有斗争了，换句话说都不存在了，因为这些书实际上已经消失了。再说一句，今天我们能看的尚书，除了清华简的几篇，剩下的也只有伪古文尚书了，但是问题是伪古文的价值也是巨大的，无可否认的。

即我们今天看的，一半是汉代的今文尚书，另一半是古文尚书(这里解释一下，梅赜的改编的时候还有很多古书在，但是现在很多古书也已经失传了)

换句话说，这时候说今，古文尚书已经是一笔糊涂账了，因为我们连这俩本书的原貌已经找不到了，只能靠古人的记载，因为他们当时看过。

但是由此而来引发更大的学术地震！疑古，这个问题更大，即一代一代的汉代学者的记载的可信度越来越不可靠，而如果要恢复到最原始的记载的话，我们连孔安国，司马迁们西汉一代的学者对今古文尚书的记载都近乎没有了，就是这样的史料不足，导致在20世纪的新今古文经之争(从康梁开始的，具体自己百度吧)

鉴于此，我来说说我的感慨吧，利益之争，赤裸裸的利益之争，今古文从一开始就不是意气之争或学术之争。个人看法，不喜勿喷，谢谢