负责纂修明史的官员遵照康熙帝为尊者讳的旨意，尽量少记载明朝皇帝的阴暗面。为了掩盖明代皇帝的一些暴虐或昏庸行为，相关官员便把皇帝所犯的错误及责任推到大臣及太监身上，并列名于《明史·奸臣传》，当中的“代罪羊”有胡惟庸、陈瑛、严嵩、周延儒、温体仁、马士英等[26]【 顾诚《论钦定《明史》作“奸臣传”之微意——兼为严嵩等人重新定位》】。

《明史》部分内容有“偏颇”之处，例如抗倭名将张经之冤死，《明史》归罪于内阁首辅严嵩，称“（严）嵩皆有力焉。”[27]【《明史》卷308《严嵩传》】，“时人多为其称冤”。但据时人王世贞指出，张经之死与事实上与徐阶的挑拨有很大关系。[28]【王世贞指出，徐阶家在松江华亭，“而是时倭事起，上以所蹂躏多（徐）阶乡，而（徐）阶又晓畅军事，以故数以询问（徐阶）……江南督臣张经素贵而汰，然老将能持重，守便宜，不轻与贼斗。而恶之者谓（张）经家在闽，故近贼，不欲击以市恩。而（徐）阶信之，数龁于上。其后（张）经破贼，卒不免于死。前后督臣杨宜、周珫斥，抚臣彭黯、屠大山、李天宠逮，（徐）阶有力焉。”。（《献征录》卷16《大学士徐公阶传》）】

《明史》成于众人之手，编修时间过长，被魏源批评其列传繁冗，认为“可删去十分之三”，而且指出“食货、兵政诸志随文钞录，全不贯串”，并否定此书出自万斯同之手[29]【魏源，《书明史稿一》，《古微堂外集》】。

清人赵翼（1727—1814）认为《明史》是二十四史中的后几部史书中体例严谨的一部，在《论诸朝正史之优劣》曾说：“近代诸史，自欧阳公《五代史》外，《辽史》简略，《宋史》繁芜，《元史》草率，惟《金史》行文雅洁，叙事简括，稍为可观，然未有如《明史》之完善者。”又称明史特点有三：“修于康熙时，去前朝未远，见闻尚接，故事迹原委多得其真”“经数十年参考订正，或增或删，或离或合，故事益详而文益简”“是非久而后定，执笔者无所徇隐于其间，益可征信”。

中国军事科学院军史研究室主任刘庭华指出修撰时间与史著质量成正比，时间越长，质量往往越高。反之，仓促草率成书，舛误陋劣必多，并称时间是史著质量的重要保证之一，亦指出《明史》体例严谨，首尾连贯，材料翔实，文笔简洁，舛误很少，是自清代以来史家公认的一部质量上乘的史著；同时亦拿《明史》跟《元史》和《晋书》作对比，指出《元史》在政治压力下草成，因此舛误甚多，内容前后重复、互相矛盾的地方随处可见；而《晋书》同样错误百出，内容中鬼神妖异因果报应之说甚多，亦指出书中多有史事失实、疏漏，前后矛盾之处[30]【 刘庭华《中国历史是干部的教科书》，《北京日报》，2007-04-02】。

《剑桥中国史》评价道：“在二十四史中，《明史》被列为编纂得最 仔细因而也是最可靠的史书之一。正史编纂者可以得到的许多资料如今已不复存在。另一方面也很明显，正史对明朝历史所作的解释，是根据清朝政府官方的新儒学正统观念。在这方面某种偏见是可以预料的。凡是涉及晚明时期明帝国与满洲和蒙古的关系的题目，其论述必然是偏颇的。不过，作为一种资料，这部官修史书最严重的不利在于，在很大程度上代替它的明代原始资料尽管有所遗失，许多仍然存在。就此而论，值得在这里指出，清代文字狱中禁止的大多数作品一直被保存下来，而大多数遗失的作品不在被禁之列。这可能是直到今天在许多国家看到的现象的又一种说明。一本被列入禁书名单的书，被认为有特殊价值，从而被小心地保存下来。禁令实际上是最有效的广告形式。”[31]【[英]崔瑞德＆[美]牟复礼《1368-1644年剑桥中国明代史（上卷），中国社会科学出版社，1992年】