公元前90年（征和三年） 56岁。 司马迁约死于这一年。死因不明。 一说司马迁死于公元前87年（汉武帝后元二年）， 又一说死于公元前86年（汉昭帝始元元年）。 关于司马迁死因，历来有三种说法：一，惹恼武帝，秘密捕杀。 陕西人民出版社1990年8月版《司马迁与太史祠》一书说，汉武帝征和二年（公元前93年），55岁的司马迁给朋友——已定死罪的前北军使者护军任安复信中，有为自己七年前为李陵说情，蒙冤下狱的埋怨语句，任安在狱中大声朗读，被狱卒抢去，经贰师将军、仇家李广利及其当贵妃的妹妹转达汉武帝，武帝大怒，下旨将司马迁秘密逮捕处死。终年56岁。 这一说法难以服人。首先，司马迁入狱两年，即由汉武帝一手给纠错平反，任命他为中书令，相当于中央秘书长，职位比先前的太史令高了许多级，既然不计前嫌反委以重任，会因信中几句怨言将他杀害吗，而且还是秘密杀害，这太不符合汉武帝的治国理念与雄才大略的气质了吧！如此，汉武帝那52年龙椅又是怎么坐稳当了的呢？另外，《报任安书》说到当年为李陵辩护求情，是“欲以广主上之意”，“未能尽明”，是为了宽慰皇上减少烦恼，是自己没有把话说清楚。这明明是再度向皇上敬献忠心，自我反省的话，无论如何也不致“龙颜大怒”吧！再细看《汉书》中《司马迁传》和《贰师将军传》，里面并没有司马迁秉笔直书历史，拒收贰师将军白璧贿赂，两人结怨的记叙。

贰师将军在司马迁给任安复信这年，已奉旨率兵七万出征匈奴去了，没在京城。 二，《史记》出版，高兴而死。 《司马迁与太史祠》一书又说，汉武帝下旨秘密捕杀司马迁，一天深夜，两名蒙面狱卒将司马迁押上囚车，运到城外渭河边，将他推进河里，被船夫救起上华山学道。十多年后，司马迁以道士形象探视女儿司马文英，从平通侯、外孙杨恽处得知，经杨恽争取，汉宣帝批准，《史记》已经出版发行，当即大笑三声倒地而亡。女儿、外孙从他内衣里发现一块手帕，上面写着“太史公司马迁被害落水，船夫搭救后上山修道”。担心变故，女儿将他的遗体悄悄运送回故乡韩城县（市）高门原秘密安葬。 这更是小说家之言，上一个故事的曲折延伸。试问，圣上钦点的死刑犯能让两个普通狱卒偷偷丢进河里了事？那时虽然没有可“立此存档”的摄像机，也会有监斩官吧？不然怎能向皇上交待。另是，太史公落水被救上华山隐居修道十多年，没有任何证据或可靠历史记载。再则，被封杀一二十年的《史记》能够出版发行，作者为国家立了一大功劳，表功都来不及，其亲属还用得着悄悄安葬他么？逻辑错误证明此说殊不可信。 三，退居故里，无疾而终。 此说见于今韩城市司马迁祠内《翟邑侯重修太史庙记》碑文，文中说：“众为太史公生辰，华山方外士自信知其详，谓司马子长四柱为甲寅、戊辰、庚午、丙戌，寿七十三岁。

卒于丙寅年九月初四日。” 该文认定，司马迁生于公元前127年，即汉元朔二年5月7日，卒于前55年（汉五凤元年）9月4日，享年73岁。碑文虽为清康熙七年韩城知县翟世琪先生所撰写，但他记叙的是华山“方外士”遗留的证言，比较可信。因为记述司马迁生卒时间很具体，没有前叙不合逻辑的传奇故事。司马迁晚年的真实生活应该是：他56岁修订完《史记》后，随汉武帝又干了几年中书令，60余岁退居“二线”，闲适中上华山与道士们探讨人生之道、长寿之法，《史记》出版后，70岁正式退休回故乡颐养天年，至73岁无疾而终。