嘉靖三十三年（1554）,葡萄牙人主动同明朝政府合作，帮着明政府翦除海盗何亚八、张西老帮派。广东海道副使汪柏大喜之下，接受了葡人贿赂，同意了葡人提出暂居澳门的要求。《早期澳门史》记载当时葡人索萨(LeoneldeSousa)在信中隐晦的提及“为获此生意及和约，颇费心机与财帛，其详情恕不赘述”，估计就是指贿赂一事。葡人在澳门获取立足之地后，随着时间的推移，葡人在澳门由“初仅茅舍，商人牟利者渐运瓴甓榱桷为屋”发展到“高栋飞甍栉比相望。”

到万历年后期，留居澳门的葡萄牙人，包括了欧洲各国人、黑奴等等，已经有数万之众。而明政府沿袭中国传统“番坊”制度，允许葡人在澳门居留经商，也允许葡人在万历十一年（1586年）建立了自治制度，选举六人组成元老院对澳门葡籍居民进行管理，但对于涉及中国人之事，葡人是无权过问的。明朝政府对澳门的主权、治权、司法权有着明确的最终裁决权，华人居民内部以及华人和葡人之间的纠纷犯罪事宜，统归中国政府管辖。

自万历初至清朝初年，澳门的葡人不仅控制了中国至欧洲的贸易，而且得利于明政府对日本厉行海禁，长时间垄断了广东、福建沿海一带对日贸易，每年的澳门对日贸易舰队司令这一职位，相当于澳门行政首长，因为获利太大，甚至要在从果阿、马六甲到澳门各地的葡人贵族富商中进行高价拍卖竞争。

朱印船贸易（朱印船贸易属于日本）

葡人记载：葡人每年仅从中国运至欧洲的绢至少达一千三百箱以上，金块二千二百多枚（每枚重十两），麝香八百斤及数量可观的珠宝、瓷器、砂糖等商品。由于日本市场缺生丝，葡商人又将中国生产的大批生丝运到日本市场出售。换回金银及日本所产的漆器、刀剑再转手倒卖，从中大获其利。

后人估计，仅在万历四十四年至崇祯十四年（1616-1641）间，葡人从日本所获金银，每年不下三百万磅，其纯利润仅白银就多达四百七十万两。葡人逐渐把澳门变成当时重要的国际通商口岸，他们“南走澳门，至于红毛、日本、琉球、暹逻斛、吕宋、帆踔二洋，数千里以中国珍丽之物相贸易，获大赢利。”（万历《广东通志》）

原先应该是明朝中国政府享有的对外贸易利益，现在都归于葡萄牙人手里，为葡萄牙帝国的发展奠定了物质基础。从果阿到澳门,从澳门到果阿,澳门葡人在贸易的每一个环节，包括从日本长崎等地都可以赚到很多钱,在整个贸易过程中约可赚得数百万金币。这还不包括他们在返回印度时向马六甲海关、果阿海关交纳的税金，也不包括将中、日等国的货物从印度运到欧洲后所获得的利润。（博克塞:《葡萄牙绅士在远东》）

总之在这个时代,澳门在国际上的地位甚至比广州、长崎、马尼拉、马六甲、巴达维亚更为重要。它成了远东最著名的商品集散地,中国最重要的与海外交通的窗口,没有之一。欧洲人一致认为，澳门是葡萄牙人在亚洲最好、最繁荣的居留地，是葡萄牙远东殖民帝国的支柱。

这是澳门的黄金时代，一直持续到17世纪30年代,前后共达半个多世纪。

1、繁荣中潜藏威胁

明朝万历年间，甘肃天水人刘天虞到广东为官，曾向友人介绍过澳门葡萄牙人的音乐、美术、食物以及使他佩服不已的西方雕塑艺术:“见塑像,几欲与之言……”。刘天虞的朋友,明朝戏剧家汤显祖在1591年贬官徐闻时,特意绕道澳门去了解风土人情,并写下《听香山译者》、《香山验香所采香口号》、《香岙逢贾胡》等多首诗篇，描绘了当年澳门黄金时代华洋杂处、东西方文化交相辉映的盛况。

汤显祖作为戏剧家，在澳门旅游时的关注点明显偏向异域人文，他说葡萄牙商人:“不住田园不树桑,珴珂衣锦下云墙。明珠海上传星气，白玉河边看月光。”(《香岙逢贾胡》)，并且说葡萄牙少女:“花面蛮姬十五强,蔷薇露水拂朝妆”;他还记载了明政府不惜以巨金从澳门葡人手里购买龙涎香:“千金一片浑闲事，愿得为云护九重”。

汤显祖显然对这次澳门自由行念念不完，在自己的不朽剧作《牡丹亭》中,还让剧中的男主角柳梦梅作了一趟澳门之旅,介绍了香山岙和海外的一些情况。这应该是中国历史上第一次在戏曲舞台上展现了澳门奇特而繁华的风光。

此外,经澳门入华的一些传教士和士兵还帮助明朝政府抵御后金军的进攻，把红夷大炮及火枪技术传入内地。一些居留澳门的欧洲传教士还与来华的朝鲜使臣有过交往,通过他们将千里镜、西洋大炮及翻译的书籍等传到了朝鲜。

繁华的澳门在当时已经引来了不少窥视者和捣乱者。1608年11月30日这一天,一艘日本幕府“朱印船”船员在澳门的码头上与葡萄牙人发生纠纷,一伙倭人上岸寻衅,打伤了前来处理的澳葡官员。中日贸易船队司令佩索和愤怒的葡人士兵、市民进行反击,杀死20多名日本人、俘获近百。

第二年秋天,澳门冲突的消息传到日本,幕府将军德川家康决定惩罚正在长崎贸易的佩索船队。日本人调集军队在1610年1月3日晚上对佩索指挥的大帆船发动围攻。葡萄牙人坚持抵抗，战斗持续到1月6日晚上,在佩索旗舰起火后,佩索毫不犹豫地点燃船上的火药库,将他自己连同价值上百万两银子的金银和近3000担生丝全都炸沉海底，同归于尽。

这事导致了澳门和日本之间贸易关系停滞了一段时间。

但是，与日本人的冲突对于葡萄牙人来说还只是一般性纠纷,对澳门最严重的威胁来自荷兰。此刻的葡萄牙和西班牙人共享同一位国王，是伊比利亚半岛上西葡两国难得的合并时期。16世纪末，荷兰发动反对西班牙统治的起义后，也就和葡萄牙人的澳门开始了互相仇视攻击的历史。

荷兰人首次来到澳门，是1601年9月27日早晨。荷兰人奈克带领2艘战船和1艘双桅戎克船,因未能攻克其他葡萄牙殖民据点,驶往广州之际意外地来到澳门附近。奈克观察了半天，确认这座到处是欧式建筑的海港就是澳门,就放下一艘扯着白旗的小艇去测量港湾。

葡萄牙人发现了这些荷兰船舰,十分紧张。他们急忙将眷属与财产转移到东望洋山顶的修道院内,准备将东望洋山作为最后的阵地。同时,中日贸易船队司令保罗派出几艘武装船,捕获了荷兰测量艇。第二天一早,荷兰人的双桅船也冒冒失失地闯入澳门内港,又被几艘澳门船只俘获。随后,在释放被俘人员的要求遭到拒绝后,奈克只得于10月3日驶离澳门，因广东的税监李凤“召其酋入见”,去了广州，企图游说中国官员让荷兰人进入中国贸易。

荷兰人在广州待了将近一个月,澳门的葡萄牙王家法官坚决主张从速处决这次抓到的20名荷兰俘虏,以免中国官府要求引渡,最后释放他们,甚至允许荷兰人居留贸易。因为，澳门葡人无权拒绝明朝官府的命令。

荷兰战舰

尽管这批荷兰俘虏们试图以改宗罗马天主教来挽救自己生命,澳门的葡萄牙人抢在明朝官府作出反应之前，将其中17人当作海盗处以死刑，被绞死的荷兰人尸体悬挂在澳门海港码头上，吹了很久的海风。其余的一名代理商和2个未成年荷兰少年在押送果阿后才获得自由。

澳门的葡萄牙人此举实在是有点理亏，堪称是暴行。从1602年起，被激怒的荷兰人开始在澳门与果阿之间的必经要道马六甲海峡，组织舰船专门截击从澳门驶出的葡萄牙船。

1603年3月，一艘满载中国瓷器等贵重货物的葡萄牙大帆船圣卡塔利娜号，以及一艘给马六甲提供日常生活用品的澳门帆船，被荷兰人在海上截获。荷兰人将圣卡塔利娜号的货物运回阿姆斯特丹，经公开拍卖共得350万荷兰盾，可谓是满载而归，引起荷兰居民的轰动。圣卡塔利娜号被劫的消息是7月30日传到澳门的，当地的葡萄牙人全都十分懊丧。紧接着的糟心事发生在当天晚上，澳门的港湾内该年度驶往日本的大帆船满载1400多担生丝和大量其他货物，即将扬帆出航。这天晚上，躲在附近小岛后的3艘荷兰船突然冲了出来，它们一面向澳门开炮，一面劫持了这艘大帆船。这艘船的船员都在岸上作出航准备工作，眼睁睁看着船被荷兰人俘获掳走。澳门葡萄牙人在整整10天中不敢把货物装上其他船只，港口内各国商船的水手也纷纷弃船上岸躲避。直到8月10日，明朝水师战船出现，荷兰人烧毁那条大帆船、驾船驶往外洋，澳门才恢复正常。

接连丧失2艘满载货物的商船，使当地的葡萄牙商人和传教士几乎丧失全部资本，损失十分惨重。荷兰人却由此尝到甜头，对澳门产生了更大的兴趣。1604年6月，荷兰海军上将麻韦郎(WybrantVanWarwyck)率领舰队进逼澳门。因受台风影晌，他们南下澎湖列岛。荷兰人在澎湖列岛建立据点，打算在台湾海峡拦截澳门驶往日本的商船，并企图与中国建立贸易关系。结果，明朝福建当局以几十倍的人力物力围攻荷兰人的寨子，断绝他们的粮食接济，逼着荷兰人撤离。1607年7月，荷兰海军上将马特列夫(CornelisMaatelieff)率领的舰队再次抵达澳门附近海域。马特列夫一面拦截葡萄牙商船驶往日本，一面再次企图与中国建立贸易关系。这时的澳门中日贸易船队司令就是后来在日本自爆的安德烈.佩索，他派人向中国官员宣传荷兰人的凶恶，并率领6艘武装船，以损失1艘为代价，赶走了荷兰舰队，马特列夫舰队此行也白跑了一趟。

2、澳门的防御准备

西班牙与荷兰在1609年订立12年休战条约，但在马六甲海峡一带，荷兰战船还是大肆袭击葡萄牙商船。从1611年起，果阿的葡印总督不得不派战船为商船护航，但葡萄牙战船不能接近日本海域，日本幕府严厉禁止葡萄牙战船接近日本海岸线。于是，荷兰战船就到台湾海峡和日本附近海域去拦截葡人船只，依然让葡人损失严重。

从1618年开始，葡萄牙人就在远东航线停止使用船速较慢的卡拉克型大帆船，而是改用多艘三四百吨以下帆桨两用的小船(galliot)。这种小船配备桨帆、火炮、士兵，可以抵抗小型荷兰战船，又能靠船速和灵活度摆脱大型荷兰战船的追捕。葡萄人这么干实际上就是承认无力与荷兰船在海上战斗，默认荷兰人控制了远东的制海权。

此刻，葡萄牙人最担心的是荷兰人对澳门发动直接进攻，只能开始在澳门加紧设防。从1605年开始，澳门葡人招纳数以百计的日本浪人为战斗人员，还通过贿赂守澳中国官员的方法，未经中国正式允准，擅自在圣保禄教堂以北地区修筑城墙。1615年，澳门先后建成控制南湾的伽思栏炮台和南环炮台，在妈阁庙附近、控制北湾的小炮台，还在1616年由耶稣会传教士提供资金，雇佣中国工人修建位于澳门中央高地、俗称大炮台的三巴炮台，最终在1622年完成北起大炮台山麓、东抵伽思栏炮台附近海滨的一段城墙。

1614年，香山县府官员发现在澳的倭人越来越多，赶紧上报。万历四十二年，总督张鸣冈向朝廷发出警告说：“粤之有倭贼，如虎之传翼也。”明朝政府作出决定，张鸣冈下令澳门葡人限期驱逐倭人出海，澳门葡人只能服从命令。他们立刻动手，毫不留情赶走了数百名日本浪人，手段强硬，导致那些被驱赶的倭人把怨恨矛头指向了澳门葡人，怀恨在心立志复仇。在驱逐倭人以后，广东地方官又与葡人订立规程，刻在石碑上立于澳门议事厅的大殿内。内容包括严禁倭人到澳门、严禁买卖中国人口，不许未结婚的葡萄牙人上岸等等。

没有了倭人炮灰，澳葡当局从1616年起招募了一些葡萄牙人来充当火枪手,l621年，这支部队约有100人。他们还训练了数百中国籍的辅助兵，应明朝政府的要求还出兵为明朝当了一回雇佣兵，去打击东北后金兵。同时，澳门葡人花大价钱从马尼拉的西班牙人手中买了数门大炮，冒险闯过荷兰人的拦阻，安置到了各个炮台上。澳门葡人曼努埃尔.博卡罗还在澳门建立了一家兵工厂，不少优秀的中国工匠在此工作，制造了远东最好的青铜大炮。总之，到了1622年，澳门的防御能力已经大大加强了。

另一方面，明朝中国政府对澳门葡人并不是很放心，嘉靖后期至明末，明政府对在澳门的葡人一直戒备森严。香山县城至澳门交界处有雍陌营，有重兵驻守，对由此出入的葡人严加盘查，以防不测。《明史·佛郎机传》说：“设参将于中路雍陌营，……防御益密。”天启元年，明政府又在雍陌营附近建立前山寨，有步兵七百名，水军一千二百名，战船五十艘防备葡人。香山县丞直接到前山寨办公，专门处理葡人与当地居民的纠纷。

万历年间，巡抚御史庞尚鹏建议，在澳门与大陆处今望厦村以北设立莲花茎关闸，关闸中央有门，按时启闭。《澳门纪略》（官守篇）中记载：“莲花茎一闸，岁放米若干石，每月六启，文武官员会同验放毕，由广肇南诏道驰符封闭。”澳门葡人由此可以获得大陆方向的粮草供应。

明朝政府的军事部署形势，客观上为澳门葡人的对海防御态势构建了稳固的大后方，澳门葡人永远不需要担心被包围和被切断粮草供应。任何来自海上的敌人，都不可能登陆从澳门的后方包围澳门城，除非这些澳门的敌人打算和整个中国开战，否则只能老老实实地从澳门南部的海上方向正面进攻澳门城。