1901年，在袁世凯成为直隶总督和北洋大臣后，更是获取了广进财源的许多机会。他还对李莲英和西太后都大献殷勤，赢得他们的充分信任。

但是袁世凯这样明显的举动必然会招致非议，也惹来许多人的不满。1908年，在光绪与西太后驾崩后上台的摄政王载沣便是其中之一。

载沣对袁世凯十分不满，招兵买马希望将袁世凯铲除。但是载沣优柔寡断，缺乏远见和魄力，还是没有下死手。只是将袁世凯驱赶回家，名义上用“开缺回籍养病”为由。

载振庆亲王和溥仪的关系（载振载沣的关系）

但是，这可谓是给了袁世凯东山再起的机会。他在回到老家之后，明面上按兵不动，享受着养老生活。

但是暗地里，他通过冯国璋和段祺瑞暗中监视军队生活。因此，北洋军的实际指挥权依旧掌控在袁世凯手中。

而武昌起义的发生，给予了袁世凯复出的机会。

1911年10月10日，武昌城内的人们正准备休息，却听见一阵猛烈的枪响，随后便看见步兵、炮兵乃至于军事学校的学生都冲向了街上，记载史册的武昌起义爆发了。

武昌起义之后，举国上下迅速响应。各地纷纷宣布起义，一举要推翻清政府。

这可吓坏了清廷，连忙派遣官兵镇压。又星夜传信让袁世凯任命为湖广总督，要求他迅速将起义的军队镇压。

可谁知，袁世凯嫌弃职位太小，觉得自己在家呆着挺舒服，找了个借口不去。他私下里却指挥冯国璋先按兵不动，观望事态演变，并要求清廷给予自己水陆军队的兵权，才肯再度出山。

清廷见状，也只能先行作罢。可前往湖北镇压的大臣荫昌撑不住了，官兵接连败退，眼看着就要打到天子脚下了，清廷才向袁世凯服软。

就这样，袁世凯重掌兵权，被任命为钦差大臣，获得指挥水陆大军的大权。但袁世凯仍旧不满足，他对武昌起义的革命军队进行拉扯式的打法，窃取了革命果实。

1912年，袁世凯成为中华民国大总统。

1915年，日本趁一战爆发后西方列强无暇顾及中国，借机侵占。日本首先占据山东，获得了德国在胶州湾的租借权；接着向袁世凯提出进一步的要求，签订了丧权辱国的“二十一条”。

丧权辱国的条约签订之后，袁世凯遭到了举国上下的辱骂。日本人眼看袁世凯政权不稳，放弃了与他进一步建交的计划；甚至在暗地里培养反袁势力。

而在北洋军阀内部，也有许多人表示了对袁世凯的不满，甚至发生了冲突。冯国璋和段祺瑞都对袁世凯表达了失望，不想继续在他麾下做事。

袁世凯知道自己一生作恶多端，寿命将休。于是，他便考虑起了自己的身后事，一生多疑的他担心自己的坟墓在日后被人挖出来报复，于是想出了一个好办法。

他将自己的儿子叫到床前，说道：“等我死后，你不要去送葬，要披麻戴孝，手拿枪，看到一个身穿红色衣服的人之后，就立刻将他击毙不要犹豫，他是叛徒，懂了吗？”

在将儿子传唤后，袁世凯又将段芝贵叫了过来，说：“我一直把你当作亲生儿子一样看待，你要记住，等我死后，你送葬时候，要披着一身红衣，把我的棺材安葬到你一人知道的地方。这样我才可以上天堂。”

段芝贵装出一份悲痛的样子，表示知道了，并且表示自己会用心处理好袁世凯的后事。

送葬这一天，几口真假棺材同时出殡，分别埋到了不同的地方。而当送葬队伍回来之后，袁世凯的亲生儿子见到段芝贵穿着红衣，勃然大怒，认定他是叛徒，拔枪便射。这样，谁也不知道袁世凯的棺材究竟在哪了。