之后，孙中山又重新回到日本。

1897年8月的一天，孙中山在日本横滨陈少白的寓所，接待了慕名而来的一位日本人宫崎滔天。

日知会（日知会是谁建立的）

宫崎滔天原名寅藏，别号白浪奄滔天，出生在自由民权运动活跃地区的一个“自由民权之家”——日本熊本县荒尾村一个下级武士的家庭。他少怀大志，早有救世的念头，对弱肉强食的现状深恶痛绝，对现今国与国之间的竞争甚为憎厌。目睹当时亚洲大部分国家变成欧美侵略者的殖民地和半殖民地，他曾经希望日本能负起挽救亚洲的责任。可是，明治维新后的日本政府，却成了欧美列强压迫中国和亚洲一些国家的伙伴，充当了侵华急先锋。这样，他把复兴亚洲的希望寄托于中国革命事业。他遍访才俊之士，终于得遇孙逸仙先生。

孙中山通过宫崎和平山周的介绍，不但认识了民党领袖犬养毅和大畏重信，随后又结识了萱野长知、头山满、平冈浩太郎、山田良政、内田良平、福平诚、宗方小太郎等人。

1899年，孙中山往返于东京、横滨、长崎等地，宣传革命，结识同志，为了再次策划武装起义，派兴中会会员毕永年偕同日人平山周等赴湖南、湖北等地联络哥老会，提出兴中会和哥老会联合反清的建议。他们在湖南、湖北对哥老会各首领进行了发动。

孙中山命陈少白、郑士良等人在香港设立会党机关，与广东三合会取得密切联系。

这年冬季，联络会党的工作基本就绪后，兴中会便邀约哥老会、三合会各首领在香港集会，陈少白、郑士良、杨衢云、毕永年、杨鸿钧、李云彪、张尧卿、宫崎寅藏、平山周等人都出席了会议。

会上，议定纲领三则，歃血为盟，兴中、三合、哥老三会结成一个大团体，取名“兴汉会”，一致推选孙中山为总会长。

1903年夏至1905年夏，中国的反清革命运动有了进一步发展，反清革命团体秘密地或公开、半公开地进行活动。它们和兴中会一样，共同的目标就是用革命手段推翻清朝政府。这些革命团体中比较有作为的有：1903年5月留日学生成立的“军国民教育会”，1904年2月由黄兴、宋教仁、刘揆一等领导的以两湖留日学生为中心的“华兴会”，7月湖北知识青年曹亚伯、吕大森、刘静庵等在武昌成立的科学补习所，10月蔡元培、章炳麟（太炎）等领导的以江浙一带知识分子为主的“光复会”，还有湖北的“日知会”等等。

1905年夏，孙中山从欧洲回到日本。

7月22日，孙中山在东京见到了革命同仁黄兴。

黄兴，号克强，1874年生于湖南善化县龙喜乡凉塘。他是留日学生中才华横溢的佼佼者。他11岁就萌发力求新知与救亡图存之志趣。1900年，26岁的黄兴参加了自立军起事的密谋。1902年，他赴日本留学，结识宫崎滔天。次年，他自东京启程回国，与刘揆一、章士钊、宋教仁、周震鳞等湖南志士发起组织革命团体华兴会，被举为会长。接着他筹划长沙起义。起义事泄失败后，化装成海关办事人员离开长沙，乘日本轮船避走日本东京，与留日学生组织革命同志会，成了公认的学生领袖。

孙中山、黄兴邀约各省有志革命的留学生和旅日华侨70多人，于7月30日下午在东京黑龙会会址集会，共同讨论创建新的革命团体大事。他们中间有兴中会、华兴会、科学补习所以及其他团体的成员。全国内地17省均有代表到会，这是中国革命者一次史无前例的聚会。

会上，孙中山提议成立中国同盟会(中国国民党的前身）。中国同盟会应以“驱除鞑虏，恢复中华，创立民国，平均地权”为宗旨。

8月20日，中国同盟会在东京赤坂区召开成立大会，出席会议的有100余人。黄兴首先倡议：“公推孙中山先生为本会总理，不必经选举手续。”这个倡议，人心所向，众望所归。众人举手赞成。

孙中山根据章程规定，当场指定黄兴为执行部庶务。庶务居协理地位，总理缺席，有全权主持会务。黄兴在同盟会中的副领袖地位，也正式确定了下来。从此，人们把孙中山、黄兴两人并称为“孙黄”。

同盟会章程规定：以东京为同盟会本部所在地；本部下设支部，支部下设分会；国内应设东（上海）、西（重庆）、南（香港）、北（烟台）、中（汉口）5个支部，分辖各省及蒙、藏、新疆等区分会；海外应设南洋、欧洲、美洲、檀香山4个支部。

同盟会成立之后，留日学生相继加盟的400多人；至1906年末，仅东京一地加盟的已达800多人。不到一年，海内外会员总数迅速扩展到1万人以上。

在同盟会本部领导机关中，除黄兴外，同孙中山最接近的干部还有胡汉民、汪精卫、朱执信、廖仲恺等人。胡汉民担任评议部议员，后任执行部书记部书记，汪精卫担任评议部议长，朱执信担任评议部议员兼书记，廖仲恺担任执行部外务部干事，兼任中国留日学生会会长。

孙中山、黄兴和战友们制定了《中国同盟会革命方略》，加强宣传工作，发展各地同盟会组织，扩大革命力量，募捐革命经费，准备在国内发动武装起义。