《晋书》为唐朝官修史书，由宰相房玄龄领衔编写，参与其事者多达21人，其用于记载帝王事迹的部分，有帝纪十卷和载记三十卷。其中帝纪专用来记载两晋皇帝事迹，载记则记述十六国政权的演变及大事件，尊奉司马氏为正统的特点明显。本文主要对东晋哀帝、废帝、简文帝、孝武帝、安帝、恭帝的本纪进行评点，采用文言文形式。评点如下：

哀帝司马丕：哀帝耽于黄老之术，遂至毒殒，其夭亦以弱冠。帝既多病，不亲政事，朝柄掌于桓温之手，温势遂愈强矣。当此之时，燕、秦并侵，晋数丧师失地，河南将不复其所有也。

废帝司马奕：废帝之时，权归桓温，政非己出，嘿然充位而已，然亦无大过，盖欲隐忍待变耳。桓温僭越久矣，本欲立威河朔然后行篡位之事，然自枋头之败后，威名大损。计无所出，遂欲以废立之事树威，帝之去位，实以桓温势大难制也。归藩之后，终不得见害，以其忍辱偷生耳，哀哉！

简文帝司马昱：简文帝以柔克刚，使桓温终不得行篡立之事，然终为清谈之士，亦不能有所匡救，嘿然充位，遂至晋室之衰无可救也！

孝武帝司马曜：孝武之初，谢安秉政、桓氏听命，君明臣贤、上下用心，俨然有中兴之气。初以苻秦势盛，难于争锋，遂保境安民，抚养士卒，蓄势待发。苻坚南侵，江东有危卵之忧，虽胜于肥水，实以侥幸。坚即北遁，秦遂分崩，江北复为乱离。诸胡蜂起，割裂州郡，转相攻屠，岁无宁日。江东乘势而动，大举规划兴复，颇有功效。

然谢安之后，司马道子、王国宝用事，帝亦渐昏聩、耽于酒色，法纪松弛、朝政遂坏，奸邪日多、苛敛实繁。于是天下咸怨，将士寒心，北伐之事然终至效微，孝武亦以酒后戏言为姬妾所害，惜哉！孝武之后，晋政之崩不可救也，终至于亡。以此观之，孝武之咎大也！

安帝司马德宗：安帝愚昧，颇类惠帝，当国二十余载，政归权臣，制非己出。辅政之臣，或道子、元显之昏邪，或桓玄、刘裕之奸雄，晋室之亡，良可知也！国祚之不振，盖自孝武始，然犹迁延数十载，缘何？以其尚有忠臣良将为之守义也。

待桓玄、孙恩之乱起，朝廷、州郡忠良义士被屠戮实多；待至刘裕，以继次以剪除，安帝亦无能为也，终至朝堂、州郡臣守皆出裕门。安帝羽翼即除，封授非己，或死或禅，随时而已。安帝终见缢杀，曾不见一忠义之士为之啼血呼号，以此可知天下士民之心归刘裕之久矣！

恭帝司马德文：恭帝亦刘裕傀儡矣，其之所以得立，实裕以应谶“昌明之后有二帝”耳。恭帝享国未及二岁，嘿然充位，政之所急，备禅让之礼而已。国祚之移，晋政之堕，诚非恭帝之咎，然终受亡国之任，惜哉！

观夫前汉、后汉、三国之亡君，皆得裂土封国，奉祀宗庙，尊崇甚厚，传及子孙，固受禅之君之美德耳！晋恭帝既退居藩国，所欲求者，全身苟活而已，而裕犹弑之，何其残狠若此？禅让之君，顷遭屠戮，盖自晋恭帝始，刘裕之丑大焉！