纂修队伍初步组建后，清史馆开始正式运转，而体裁、体例的确立是第一步工作，这是历代官方修史的传统，因为采用何种编纂形式并非简单的技术问题，而是直接制约内容的安置，实际上直观反映了再现客观历史的路径和方式，同时又与正统论、春秋笔法、笔削标准、是非判定、价值取向等紧密联系在一起，而民国取代清朝又在性质上有别于以往的王朝更迭，故而关于这一问题的讨论似乎本应充满新旧思想的交锋。

但是，袁世凯复辟帝制在某种程度上中断了民主共和进程，而清史馆的设置又是其中重要环节，袁甚至在设馆命令中已经作出带有明显倾向性的表述，因此有关清史编纂的体裁并未经过大的讨论就达成一致，差异仅在于具体体例的确定方面。

当时，清史馆就体裁、体例问题公开向社会征求意见，馆内外学人（以馆内纂修人员居多）纷纷就某一方面建言，比如于式枚等撰《拟开馆办法九条》、梁启超撰《清史商例》、吴廷燮撰《清史商例》、金兆蕃撰《拟修清史略例》、张宗祥撰《陈纂修清史管见数则》、朱希祖撰《清史宜先修志表而后纪传议》等。

多数人认为清史“为结束二十四史之史，清史以后体例如何，自当别议”，但清史乃“与二十四正史并列之书，实在矣数千年帝制结局之作”，故而主张沿用纪传体，并在类目上“大体近法《明史》，而稍有变通”。纪传体并非单一体裁，而是带有综合性质，能够容纳丰富的史实，从不同层面反映历史演进情形，但同时也是君主专制制度在史书体裁上的映射。

其时，“新史学”已风靡全国，以章节体为主的新式体裁已颇为流行，对旧式体裁的改造也方兴未艾，但以遗老为主体的清史馆显然未能表现出足够的求新意识，而是恪守传统，致使不少具有创新价值、反映时代进步的看法被有意忽略了。

比如，有人提出志、传应添加图，认为：“旧史无附图者，近代舆图，日以精密，工技之精，非图未辨，左图右史，古学所重，大约疆理、河渠、邮传之志，礼器之数，兵之船械，皆非有图，无以证明……既无因袭，亦可特创。”有人建议增加民俗志，认为：

志宜兼详民事。中国旧史，大都详朝廷制度，略民间礼俗，《史记》独多言民事，千古称之，今宜扩而充之。凡民间礼俗之大，居处饮食之细，及一切日用风教有关者，良窳得失，灿然无遗。

此类意见虽不占多数，但毕竟说明新的科学精神和史学理念已开始向官方修史领域渗透。

修史机构能否有序运转，很大程度上取决于是否具备完善的管理制度。然而，清史馆开馆之初，馆长赵尔巽并未制定详细的工作条例，仅设置总纂诸员分撰表和功课簿，依据馆员专长而分配任务，要求馆员每两个月到馆交稿一次。

由于秉承袁世凯羁縻“遗贤”的宗旨，上述考核制度多流为形式，并不具有实质上的约束作用。严格的监督和审查机制的缺失致使史馆组织涣散，出现许多“领执笔名义者、坐领厚薪者、饱食而嬉者”，他们“每天聚着谈谈，随便撰写一些，全无条例，有如一盘散沙”，甚至出现“有请人代撰者，其代撰之人，更不知学术”的荒诞现象，因此最初几年虽成稿数量众多，纪、传、表、志等均粗具初稿，但质量参差不齐。对此，朱孔彰曾建议对“全史体例加以审正，而慎选总领之人，商定分纂之办法，庶不致紊乱无纪，冀可观成”，惜未被采纳。

袁世凯称帝失败后，军阀割据、混战渐次粉墨登场，在动荡的局势下，清史馆因丧失政治象征意义而被新政权体系迅速边缘化，最直观的表现就在于经费的骤减：“馆中经费骤减十万，其后递减，月至三四千。此三四千者，犹不时至，或参以国库券公票之类。”馆员随之大半散去，仅余二十多人。

不过，政治负担的减轻以及素餐之人的离馆反而让赵尔巽能够放手整顿，他进一步统一凡例，明确分工，并特聘邵章为提调，专司其事，负责与编纂人员联系，同时整理先前已撰好的文稿，又在缪荃孙建议下制定了“以时代为段落，择人分任”的统稿、审查原则，馆风遂大为改善。

然而，直皖、直奉战争的爆发令东华门经常关闭，馆员无法“调书考证”，经费亦几近枯竭，“在馆人员，等于半尽义务”。最终馆内仅余十四人，并被迫进行馆外兼职，以维持生计。无奈之下，馆长赵尔巽向吴佩孚、张宗昌等寻求支持，而“诸军帅慕义乐善，而重公之名德……皆慨输巨款”。

1926年，鉴于全稿已粗具规模，史馆决定用两到三年时间进行终审定稿，并重新分配任务，即：柯劭忞总阅本纪、王树楠总阅志、吴廷燮总阅表、夏孙桐与金兆蕃总阅列传等。1927年春，随着北伐军节节胜利，赵尔巽以“时势之艰虞”和“年齿之迟暮，再多慎重，恐不及待”为由，决定将史稿付印。

部分馆员对此持赞同意见，希望以刊印后的稿费补发欠薪，而夏孙桐等则极力反对，认为史稿错漏太多，“断不可冒昧行之”，否则恐贻笑世人，并建议“实事求是，逐加修正，务延总阅，全体讨论，以期详审”。

但赵尔巽意在有生之年完成清史编纂心愿，遂坚持己见，并称：“吾不能刊清史，独不能刊清史稿乎？”不久，赵尔巽病重，适逢袁金铠来京，遂委以刊印之事，而袁又假手金梁负责。同年8月，赵尔巽病故，由柯劭忞代理馆长，并再次缩短刊印之期，造成大量书稿来不及审核、修正即付刊印。全书赶在北伐胜利之前仓促印刷完毕，计本纪二十五卷，志一百四十二卷，表五十三卷，列传三百一十六卷，共五百三十六卷，八百余万字。

当时，共印制一千一百部，其中四百部被金梁未经馆长批准即运往关外，称为“关外本”；留在馆内的七百部被馆员发现多有金梁私自增改之处（如增加康有为、张勋传，修改部分列传，删改艺文志序，增加校勘记等），遂重加纠正，称为“关内本”。后来，关外再次重印，对部分列传、史表等做了删改，称为“关外二次本”。