在南明内部内讧不休、彼此残杀的同时，清军已经趁虚而入，从福建进入广东，先后攻占了潮州、惠州，直逼广州外围。一路上，清军软硬兼施、迫使大部分南明地方官员归降，利用他们的印信伪造文书，送交广州，以麻痹绍武政权君臣、使其疏于防备（永历政权因为远在肇庆，清军一时还顾不上）。

南明隆武二年、清顺治三年（1646年）十二月十五，就在绍武政权还沉浸在大败永历政权、巩固了自身皇统合法性的胜利喜悦中时，清军前锋已经悄悄抵达广州近郊。清军统帅佟养甲派出三百名士兵穿着普通百姓的衣服混入防备松懈的广州城，准备里应外合，一举拿下广州。佟养甲则亲率大军埋伏在城外，等待城中内应发出信号后，便即攻入城内。

朱慈煊（朱慈煊历史原型）

当日，绍武帝巡视广州武学，城中百官大多都随驾前往，因此广州城中各部主官都不在官署。清军内应入城后，趁守军不备，在闹市中突然聚集、随后脱去外衣，露出清军服装，大喊“清军已到”，随即四下砍杀，广州城内顿时大乱，满城奔溃。紧接着，城外清军趁乱夺取了东门，随即杀入城内。而广州守军主官此时都随绍武帝在巡察武学，不在指挥岗位，因此守军没有指挥，无法组织有效抵抗。

清军入城后，绍武帝和苏观生还在武学视察，突闻有清军入城，绍武帝还以为是谎报，后来才得知消息属实。苏观生急忙命令关闭城门、调兵迎战，但绍武政权军队的主力都被派去征讨永历政权，短时间内根本没法回师救援。

苏观生率城内少量宿卫军队和入城的清军激战了一个昼夜，原本已经将清军阻挡住，佟养甲一度有撤退的想法。关键时刻，內奸谢尚政向当面的清军献出防区，苏观生腹背受敌、不能抵挡清军的进攻，于是写下“大明忠臣义固当死”的遗书后，自缢殉国，广州城随即失陷。

广州陷落之后，绍武帝在混乱中脱下皇帝袍服，披着一条被子，准备化妆成乞丐爬墙逃出城外，但不幸被清军追上并认出，被俘后囚禁于广州府衙内。佟养甲、李成栋没有羞辱杀害绍武帝，还送食物饮水给他，准备把他送往京师。

不过，在此之前几乎没有任何亮点的绍武帝，这个时候倒是很有骨气，对清军送来的饮食拒绝接受，还颇为硬气地说：“我若饮汝一勺水，何以见先人于地下！”当晚，绍武帝趁看守不备，在监室内用衣带自缢而死，为国殉节了。从就任监国到兵败自尽，绍武帝在位仅仅四十四天。

广州失陷、绍武帝自尽殉国后，对于在肇庆的永历帝以及永历政权来说反倒是一件好事，因为南明正统之争，终于得以告一段落，永历帝也成为名义上南明几乎所有残余势力的共主（除了退居舟山、坚持不去除监国称号的鲁王以外）。南明政权居然因为清军的打击和进攻，反而消除了分裂、内斗，汇聚成单独的永历政权，这不得不说是一件讽刺的事情。

虽然在正统性和合法性上，永历帝的皇帝身份再也没有其他人可以质疑（即使鲁王，也只不过称监国，并没有否认永历帝的皇位本身），但此时的南明政权，在清军接二连三的打击之下，地盘所剩无几、军队丧失殆尽、号召力已经日薄西山，即将走到崩溃的边缘。永历帝虽然坐稳了皇位，但并没有可以依靠的强有力后盾，在之后的岁月中，永历帝更多的时间是在四处逃窜、躲避清军追杀中度过，皇帝当得那叫狼狈不堪。

时间退回到天启三年（1623年），这一年十月十九，尚未正式就藩的桂王朱常瀛在京师王邸中得到了他的第四子，起名为朱由榔。

因为当时大明朝廷入不敷出、财政紧张窘迫，且外有辽东后金进犯、内有党争纷纷、内斗严重，天启帝实在没有多余的精力以及心情，为当时还在京师的几位皇叔——瑞王朱常浩、惠王朱常润、桂王朱常瀛举行就藩之礼（福王朱常洵已经出外就藩，倒是不用担心了）；所以，身为皇叔的桂王朱常瀛不得不暂时住在京师，迟迟不能前往原定的封地——湖广衡州府（湖南衡阳）。

天启七年（1627年）八月，明熹宗天启帝患病驾崩，因为皇子皆早夭，所以遗命其弟信王朱由检继位，这就是明思宗崇祯帝。崇祯帝继位后，觉得诸皇叔老是留在京师长期居住，也不是个事，有关大明朝廷的尊严和脸面（让人认为皇帝穷得连给至亲叔父就藩的钱都拿不出来），于是咬紧牙关、从内帑中拿出钱来，安排诸皇叔前往各自封国就藩。

因此，已经虚岁三十一了的桂王朱常瀛，才终于得以带着自己的内眷和五个儿子，辞别皇侄崇祯帝，前往封地湖广衡州府就藩。时年五岁的朱由榔，随着父亲桂王一起，也来到衡州生活。

之后，桂王父子在衡州居住了十六年，在此期间，朱由榔于崇祯六年（1633年），十一岁之时，被堂兄崇祯帝册封为永明王。

崇祯十六年（1643年）八月，大西农民军攻克湖广岳州府、长沙府，直逼衡州府。为了不落入农民军之手，桂王在农民军进攻衡州时，当即带着第三子安仁王朱由楥、第四子永明王朱由榔、第五子永兴王朱由榛弃城南逃永州府（桂王长子、次子均早逝）。

但在南逃时，桂王一行人被农民军追上，激战中桂王只带着第三子安仁王朱由楥逃脱，转道奔往广西梧州府。桂王第五子永兴王朱由榛死于乱军中，第四子永明王朱由榔则被农民军于石期市（湖南东安）俘获，押往永州府看管。

在农民军内部的前明军将领杨国威、焦琏的协助下，永明王朱由榔奇迹般地从农民军手中逃脱，并在焦琏的护卫下，火速赶往梧州府，和父兄会合。而见到儿子平安归来后的桂王乐极生悲、太过于激动，使得原本就不太好的身体因此遭到损害，突然得了重病，此后一直未能痊愈。

桂王父子在梧州府暂居期间，先后经历了农民军攻破京师、崇祯帝自尽殉国，弘光帝承袭皇位、左良玉内讧、清军南下攻克南京、弘光帝被俘、隆武帝登基等等风云激荡的大事，大明的国势也在倾颓衰落。但好在梧州府当地还算安全，桂王父子虽然心情苦闷惶恐、情绪低落，基本的人生安全和生活待遇还可以暂时得到保证。

虽然生活待遇可以保证，但是身心的损伤不可恢复，南明隆武元年、清顺治二年（1645年）十一月初四，原本就重病缠身的桂王朱常瀛病重不治、于梧州府薨逝，年四十九岁。当时隆武帝已经即位于天兴府（福州），于是下诏赐桂王谥号“端”，以亲王礼仪安葬于梧州，命桂端王第三子安仁王朱由楥继任桂王。

南明隆武二年、清顺治三年（1646年）初，第二任桂王朱由楥也得了重病，暴薨于梧州府。此时桂端王诸子中，只有永明王朱由榔一人尚在世，于是隆武帝再次下诏，命朱由榔承袭桂藩、继任第三代桂王，移至广东肇庆府居住。

桂王朱由榔有幸出生在皇家，因此青少年时期享受到了皇族身份给他带来的悠闲富贵，假如没有变故的话，他将以永明王的身份，默默无闻地过完惬意荣华的一生，在史书上最多也只有寥寥几笔。他也是一个平庸普通的寻常人，并没有多少雄心壮志和出众的才华，但混乱的时势让具有帝王血脉的他被迫走到前台，去承受他原本不该承受、也承受不起的重担，并最终得到了悲惨的结局。这是朱由榔个人的悲哀，也是王朝更替时、衰亡一方所必须付出的代价。

南明隆武二年、清顺治三年（1646年）八月，南明第三代皇帝隆武帝朱聿键及皇太子朱琳源在汀州同时遇害，南明皇统因此中断。此时，明神宗万历帝的直系后裔中，只剩桂王朱由榔一人尚在世（万历帝其余儿孙，不是已经去世，就是被清军擒获杀害、或者失踪）。

因此，南明残存的部分朝臣及广东地方官员，以吏部左侍郎吕大器、两广总督丁魁楚、广西巡抚瞿式耜为首，于十月十四拥立人在肇庆、且在皇统继承宗法伦序上居首位的桂王朱由榔就任监国，以承袭皇统。十一月十八，桂王在肇庆正式称帝，以明年为永历元年，这就是南明第四代、也是最后一代皇帝——永历帝。

之后的事情，前文已经叙述过——隆武帝之弟、唐王朱聿鐭抢在监国桂王之前先行称帝，建立了绍武政权，并和桂王所建立的永历政权对立抗衡，发生了内讧。绍武政权一度击败永历政权，但被清军乘虚偷袭政权所在地广州，绍武帝以及大部分朝臣殉国，绍武政权因此灰飞烟灭，永历政权这才死里逃生、并意外地成为了南明余下残余势力的共主，皇统的合法性得到确立。因为在前文中已经介绍过这段史实，所以这里就不再重复讲述了。

南明隆武二年、清顺治三年（1646年）十二月十五，清军偷袭并攻克广州、绍武帝被俘自尽，绍武政权覆灭。十二月二十六（阳历已经到了1647年1月），闻知清军已经向肇庆攻来的消息后，永历帝惊慌失措，立即放弃肇庆，逃往梧州府故地。此后，肇庆失守，梧州也受到清军的威胁，永历帝再次弃守梧州，向北逃往桂林府，躲避清军兵锋。

在南明武冈总兵刘承胤的蛊惑下，永历帝于南明永历元年、清顺治四年（1646年）正月离开桂林，北上前往全州（广西全县）暂避，然后进一步北上，驻跸于刘承胤的防区湖广武冈府（湖南武冈），以原岷王府为行宫，改武冈为奉天府，并封刘承胤为武冈侯，后来更晋刘承胤为吴国公、加上柱国，赐尚方剑、蟒袍玉带，命其督师。

永历帝自认为武冈府距离清军更远、更安全，想要长期住在这里，但刘承胤的本意其实是想学曹操“挟天子以令诸侯”，如果事情不济，也要效法当年的田雄、马得功，把永历帝作为“投名状”，献给追击的清军以换取富贵。

因此，当永历帝不明就里来到武冈府之后，刘承胤对皇帝和朝廷的态度越来越不尊重，甚至不耐烦，时时以自己手中掌握的兵力来要挟朝廷，获取好处。永历帝这才知道上当，但行宫为刘承胤兵士所守卫，永历帝投鼠忌器，不敢和刘承胤马上翻脸，只能苦苦等待时机，以便逃出武冈。

南明永历元年、清顺治四年（1647年）八月，清军攻克湖广常德府（湖南常德），奉天府（武冈）因此告急，留守桂林的南明东阁大学士兼吏部左侍郎瞿式耜奏请永历帝马上返回桂林，以免被清军围于武冈。永历帝当即召刘承胤前来商议对策，但刘承胤茫然无以应对。

数日后，清军即将南下的警报迭至奉天府，刘承胤仔细衡量之后，决定挟持永历帝投降清军，获取富贵。可永历帝的逃难直觉极度灵敏（没办法、这么久以来，逃跑都习惯了），在刘承胤还没来得及下手前，就带着皇太后、皇后、皇子，以及部分朝臣、侍卫，连夜逃离了奉天府，经靖州（湖南靖州）逃到广西柳州，脱离了刘承胤的控制。不过在逃难时，永历帝于柳州遭到当地土司的勒索，全部的仪仗和行李细软被劫掠一空。

南明永历元年、清顺治四年十二月（阳历是1648年1月），永历帝在归附南明朝廷的大顺农民军余部郝永忠（郝摇旗）的护卫下，历尽艰辛、从柳州返回桂林，暂时得以安全。而那个准备出卖永历帝换取富贵的无耻小人刘承胤，在投降清军后被送到武昌闲住，又因为暴露了自己的巨额家产，因此被清军所嫉妒，于南明永历二年、清顺治五年（1648年）四月，全家被清军包围诛杀，家产也全部充公，得到了一个叛徒应有的下场。

永历帝返回桂林后，得到了大顺农民军余部的主动归附，永历政权因此获得相对有力的外部援助。郝永忠在送永历帝安全到达桂林后，立即率部反攻全州，大败清军，进入了湖广南部（即今湖南），并同永历政权的何腾蛟、瞿式耜所部一起，连连取得胜利，几乎收复湖广南部全境。

南明永历二年、清顺治五年（1648年），南下的清军因为内部的争权夺力而导致内讧，清两广总督佟养甲在内讧中被杀，原清江西提督金声桓、广东提督李成栋、广西巡抚耿献忠、大同总兵姜瓖、延安参将王永强、甘州副将米喇印先后打出反清旗帜、归附永历政权。

此时，南明永历政权名义上控制的疆域扩展到云贵、两广、湖广南部、江西、四川，以及北方的山陕、甘肃。另外，鲁王监国政权保有浙江沿海岛屿，郑成功所部据有金、厦及其周边，属于南明一方的势力大涨，国家恢复局面一度呈现大好之势。

就在形势一片大好之际，南明内部的内讧传统再一次爆发——永历政权从建立那天起，就没能彻底解决内耗、各个政治势力矛盾重重、相互攻讦不止，新归附的大顺农民军即使立下战功，也依旧不被南明君臣所重视、甚至加以鄙视。

永历政权君臣始终以王朝正统自居，视归附的农民军为“贼寇”，处处猜忌、排挤、乃至故意打击。因此农民军各部心会意冷、不愿继续出力协助永历政权，纷纷退往四川、湖广等地，结寨自保。永历政权因此失去了一股强大的有生力量。

对于反正归明的的金声桓、李成栋、耿献忠、姜瓖等人，永历政权也不能团结、不加信任及重视，导致他们得不到有效的援助，只能各自为战，这就给了慌乱中的清朝以喘息之机，得以从容调兵，将归明的诸将各个击破。

南明永历三年、清顺治六年（1649年）二月，清军集中兵力围攻南昌，而永历政权援救不及，南明南昌守将金声桓战败自杀，南昌失守。就在金声桓自杀的同一天，南明大学士何腾蛟在湘潭战败被俘，因为拒不降清，于六天后在长沙遇害。

三月初一，在援救江西途中，南明广东守将李成栋于江西信丰与清军交战失利，撤退途中不慎溺死在河中。至此，永历政权好不容易才得到的湖广南部、江西等地全部失去。十月，南明大同守将姜瓖在清军的围攻中，被部将杨振威所杀，杨振威随后献大同给清军，南明在北方的势力范围也全部失去。

南明永历四年、清顺治七年（1650年）正月，南明重要的后方基地、广西桂林府被清军攻克，南明东阁大学士瞿式耜，桂林总督张同敞（张居正曾孙）被俘，不屈被杀。至此，永历政权的实际控制疆域几乎全部丧失。

桂林失陷后，从肇庆逃到梧州、又从梧州逃到南宁的永历帝胆战心惊、又不知道接下来该逃往何处，几乎陷入绝望境地（当时清军尚未到达的云贵两省，由大西农民军和明朝黔国公势力控制，四川南部、湖广西北由大顺农民军控制，福建、浙江沿海由鲁王监国政权以及郑氏延平政控制，实际上都不受永历政权的掌握）。

幸好，在永历帝即将陷入绝境、永历政权也将在清军的进攻下彻底覆灭的危难之际，已经占领云贵等地的大西农民军出于联合抗清的目的，主动和危难中的永历政权联系，表示愿意归附于永历政权之下，共同对抗清军。

南明永历五年、清顺治八年（1651年）四月，大西农民军在首领孙可望、李定国的指挥下，从贵州出兵湖广南部，对占据沅江流域的清军展开进攻，并以此缓解在两广南部苦苦支持的永历政权所面临的压力。至当年八月，大西农民军攻克沅州（湖南芷江）、靖州（湖南靖州）、武冈（湖南武冈），占领长沙，清军在湖广南部只能据守岳州（湖南岳阳）、常德（湖南常德），以及作为前方据点的辰州（湖南沅陵），其他地方都被大西农民军所占领。

与此同时，永历帝赖以安身的南宁被清军于十一月底攻陷，永历帝再次出逃，躲避于濑湍（广西崇左），已经快到了安南边境之地。此时的永历帝，身边已经没有多少护卫力量，几乎是光杆司令，而属于永历政权直辖的疆域（两广地区），绝大部分都被清军所攻占，再也没有了安全的藏身之所。

因此，永历帝不得不向大西农民军发出求援信，请他们派出救兵，接自己前往云贵避难。南明永历六年、清顺治九年（1652年）正月，孙可望、李定国派出军队，将在濑湍避难的永历帝接到贵州，安置于安龙千户所（贵州安龙县），更名为安龙府，作为永历帝的行在。农民军承诺负责皇帝以及诸朝臣在安龙府的供应及开销，永历帝则下诏准许孙可望“今后大小战事，可先斩后奏”，大西农民军和永历政权此时才真正合并为一体。在逃亡多年后，永历帝在安龙府终于过上了虽然不是很自由、但总算安稳平静的生活。

南明永历六年、清顺治九年（1652年）初，明军李定国部出兵广西。七月初四，李定国在桂林一战中取得大捷，击毙清定南王孔有德，随后收复广西全境，广东西北部、江西西部也被收复，李定国乘胜攻入湖广衡州府；十一月二十四，李定国在衡州设下埋伏，引诱清定远大将军、敬谨亲王尼堪进入伏击圈，激战中阵斩尼堪，清军失去主帅，随即大败溃散。获胜后，李定国让人绘制了孔有德、尼堪的画像，以及描写桂林、衡州战役的布告，“刊发粤楚、露布告捷”。

李定国出兵后，获得桂林、衡州两次大捷、“两蹶名王”，使得清廷朝野震动，战栗不已；而尼堪的阵亡，也是明清两方开战以来，清朝方面第一个在作战中被击杀的宗室亲王。李定国出征一年，就收复湘、桂、赣等地，正面击败数十万清军的进攻，这在之前的明清战争中，是从来没有出现过的事情（指明军一方）。清朝因此胆战心惊，几乎要割云、贵、黔、湘、赣、桂、粤七地与南明议和。

就在局势大好时刻，南明内部又开始内讧（老传统了），掌握实权的孙可望嫉妒李定国所立下的战功、以及因此带来的崇高威望，所以准备削弱李定国的权力、甚至对其加以暗害。

此后，孙可望故意不给李定国所部及时供应粮秣，又阻挡永历帝加封李定国为“西宁王”的谕旨，并于南明永历七年、清顺治十年（1653年）正月亲自率大军前往沅州，三天中写了七封信，催促驻军宝庆（湖南邵阳）的李定国前来相见、准备伺机抓捕并暗害李定国。

在前赴沅州途中，有知情人向李定国告知了孙可望的阴谋，李定国左右为难之下，为了不使内部起纷争，于是主动退却，向广西方向撤退，把湖广南部留给了孙可望。

二月，得知孙可望、李定国发生龃龉内讧后，清朝再次出兵入湖广南部，与追赶李定国的孙可望部在宝庆相遇。孙可望骄傲轻敌，和清军交战不能获胜，大败而走，衡州、武冈、靖州、沅州等地又被清军攻占，广西梧州、桂林也被清军趁机占领。李定国当初取得的大好局面和广阔疆域，就这样被孙可望丢弃殆尽，功亏一篑。

李定国退入广西后，在和清军的交战中因为后勤不济而连连受挫，进攻广东时又大挫于新会，不得已撤回广西，所率兵力折损过半，只得暂居南宁。此时，永历帝因为被孙可望逼迫，已不得不封孙可望为“秦王”，并且处处受其压制、监视。孙可望自立“秦王府”于贵阳，将永历帝软禁在安龙府，形同高级囚徒。

永历帝在此不利情形之下，和大学士吴贞毓密谋，派使臣往广西召李定国回师护驾。但谋事不密，孙可望得知了此事，在南明永历七年、清顺治十年（1653年）十一月，以“欺君误国，盗宝矫诏”的罪名，赐吴贞毓自缢、斩牵扯此事的其他十七名朝臣，即“十八先生之狱”。从此之后，孙可望更加跋扈专横，野心膨胀之下甚至欲自立为帝。

南明永历九年、清顺治十二年（1655年）底，被孙可望逼迫得走投无路的永历帝再一次派使臣赴南宁，以‘血书’的形式向李定国告发孙可望“僭逼、谋叛”之事。李定国接诏后伏地痛哭，决心为永历帝铲除奸逆，恢复社稷。

南明永历十年、清顺治十三年（1656年）正月，李定国自广西火速返回贵州，孙可望得知李定国返回，于是派白文选赴安龙，想要把永历帝劫持到贵阳。但白文选权衡之下，拒绝执行孙可望的命令，反而以“舆徒不集”的理由，拖延迁移永历帝的时间。当年正月二十二，李定国率军队抵达安龙、拜见永历帝，君臣相见后，抱头痛哭。

李定国接出永历帝后，决定奉皇帝移驾至云南，以避开孙可望的骚扰。二月十一，李定国护卫着永历帝到达云南曲靖府，当时大西农民军的云南守将是刘文秀，他也不赞同孙可望的篡位之举，于是和李定国会面，共同盟誓，坚决不做孙可望僭越跋扈之事。

因此，永历帝得以平安入云南，并改昆明府为”滇都”，作为新的行在。此后，永历帝册封李定国为晋王、假黄钺（代理皇帝办理政务），刘文秀为蜀王，白文选为巩国公；以后云南所有军国大事，都归晋王李定国处理。

李定国接走永历帝之后，在贵阳的孙可望勃然大怒，从此和李定国断绝兄弟情谊（原本也没有多少情谊）。李定国本想挽回和孙可望的关系，几次派出使者到贵阳向孙可望求和解，又把孙可望留在昆明的家眷都送回贵阳，但孙可望坚决不接受李定国的和议请求，还把李定国的使者、蜀王刘文秀给扣押了，准备调集大军，和李定国开战。

南明永历十一年、清顺治十四年（1657年）八月，孙可望从贵阳出兵，以“清君侧”的名义向云南进攻，南明又一次展开了内讧。李定国在无奈之下，也只得率军队北上迎战，两军在交水（云南沾益）相遇，随后接战。

虽然孙可望急切想要击败李定国，一统云贵两省，但他部下的大部分将领都不愿意和威名赫赫、忠心报国的晋王李定国对抗，在战前就暗自决定要归顺晋王。因此，孙、李两军开战后，孙部大部分将领纷纷高喊“迎晋王”，然后在阵前倒戈，向李定国投诚。孙可望没想到居然是这个众叛亲离的结果，瞠目结舌之下，只得狼狈地带着几十个死党仓皇逃走。

孙可望在内战中失败后，不愿承认李定国的地位，又不愿就此退隐，于是势穷之下，可耻地选择了向清军投降。南明永历十二年、清顺治十五年（1658年）二月，孙可望带着家眷和私产，跑到湖广长沙府，向清廷主动请降。

得知南明永历政权实际上的并立第一号人物居然主动来降，清朝君臣大喜过望，立即加封孙可望为“义王”，并在长沙府为其举行了盛大的册封仪式。南明永历十二年、清顺治十五年（1658年）五月初二，孙可望奉诏抵达京师，顺治帝命简亲王济度、安亲王岳乐出城迎接第二天，顺治帝在皇宫太和殿亲自接见了孙可望。

如此高规格的待遇让孙可望受宠若惊，于是为了向清廷回报，孙可望将自己所知道的南明内部机密、明军在西南的军事部署统统告诉了清廷，还详细指导绘制了西南区域的地图。清军因此得到了永历政权在云贵地区的一切虚实，为接下来出兵攻击云贵、消灭永历政权做好了充足准备。

南明永历十二年、清顺治十五年（1658年）四月，在进行了充足的准备后，清军再次发起对南明的进攻，随后兵分三路，从湖广南部、四川、广西三处进攻云贵。在清军的猛烈进攻下、以及孙可望所献情报、地图的协助下，原属孙可望势力范围的贵州首先遭到攻击，遵义、贵阳、独山先后失守，贵州全境很快失陷。

在清军的凌厉攻势下，李定国独木难支，不能击退合围云南的清军；而之前与孙可望之间的内讧，也让永历政权元气大伤，精锐折损过半，再也不能阻止清军的步步进逼。南明永历十二年、清顺治十五年（1658年）十二月十三，受挫的李定国率军退回滇都（昆明），向永历帝奏报了目前的不利局面，请皇帝作出最后判断，决定下一步向何处撤退。

原本按照李定国的建议，永历政权应该撤往湖广西部，在那里坚持战斗，如果获胜，“六诏可下”，不能获胜，也可以南下广西、安南。另外，按照已经去世的蜀王刘文秀遗表中的建议，也可以撤往巴蜀，和大顺农民军“夔东十三家”会合，经营陕洛，再图恢复。

但永历帝的近臣大都是云南本地人，不愿意远离家乡，害怕路途遥远、陡生祸端。在勋臣、黔国公沐天波，权臣、锦衣卫指挥使马吉翔的劝阻下，永历帝决定退守滇西，一旦清军追击而至，则可以就近逃入缅甸。李定国无奈之下只得同意。

十二月十五，永历帝率大部分朝臣及侍卫、家眷放弃滇都，在李定国的护卫下，向滇西撤退，先到永昌府（云南保山），又退到腾越（云南腾冲）。南明永历十三年、清顺治十六年（1659年）正月初三，清军攻占昆明。

南明永历十三年、清顺治十六年（1659年）二月，为了打击追击清军的气焰，李定国在永昌（云南保山）发动了自己一生中最后一次大规模战役——磨盘山之战。此战明军和清军两败俱伤，李定国部阵亡过半，元气大伤，清军也阵亡固山额真沙里布以下中高级将领十八人，不得不后退三十里，不再紧追不舍。

磨盘山之战后，永历帝不敢继续留在云南境内，于是在马吉翔的挑唆下，于八月间由腾越逃出国境、到缅甸境内避难，随即与李定国失去了联系。从此后，南明永历政权在实际上已经覆灭，失去了国内的所有疆域（大顺农民军的夔东十三家、郑氏延平政权控制的金厦地区除外）。永历帝出逃后，李定国在边境地区坚持抵抗，多次出兵入缅，想要接回永历帝，都不能实现。

南明永历十五年、清顺治十八年（1661年）三月，缅甸内乱，缅王莽达被弟弟莽白弑杀，随后莽白自立为王。八月，莽白以饮咒水盟誓为名，欺骗被软禁的永历帝君臣前来盟誓，趁机将永历政权的四十二名大臣和近侍杀死，永历帝全家都关押在营中，成为囚徒。

十二月初二，在清军威胁要入缅讨伐、索取永历帝的情况下，莽白将永历帝以及皇太后、皇后、皇太子等家眷全部交给了清军。在交出永历帝前，缅人欺骗永历帝，说是晋王（李定国）派人来接他，永历帝不疑有诈，欣然出营。

当来接人的清军抬着永历帝的肩舆过河时，心中疑虑的永历帝才出言询问，为首清军将领回答：“臣平西王麾下前锋高得捷”，永历帝这才知道上当，自言自语说：“平西王，吴三桂也，今来此乎？”随后木然无语，不再说话。清军在接到永历帝及其全家后，从缅甸边境撤退。

南明永历十六年、清康熙元年（1661年）三月十三，永历帝被清军押回昆明。为了断绝依旧奉永历帝为主的其他南明抵抗力量的希望，清军驻防云南的主帅、平西王吴三桂于当年四月十五将永历帝与其皇太子朱慈煊杀害于昆明城外篦子坡。永历帝遇害时，年四十岁。

六月十一，是李定国四十二岁生日，当天，他在驻军地景线得到了永历帝已经遇害的消息，顿时痛哭流涕、披发徒跣，下令全军为永历帝戴孝发丧。之后，李定国忧虑生疾，久治不愈，于六月二十七病逝于景线（一说勐腊），临死前还嘱咐儿子李嗣兴“宁死荒外，勿降也！”（可惜，李嗣兴最后还是降清了）。在此之前，延平王郑成功因为父亲郑芝龙被清廷杀害、郑家内部发生内讧、又闻报永历帝也在昆明遇害，数痛攻心之下，于五月初一日突然病逝。南明最后的复兴希望，就此湮灭。

南明永历十六年、清康熙元年（1661年）十一月，继任延平王郑经，在掌握了明郑延平政权之后，追谥永历帝为“应天推道敏毅恭俭经文纬武礼仁克孝匡皇帝”，上庙号“昭宗”。延平政权名义上依旧封永历政权为正朔，继续沿用永历年号。

但明郑延平政权，实际上已经自立，和南明政权不是前后传承的关系了。而永历帝的遇害，标志着大明朱氏皇统就此完全断绝，历时十八年的南明政权，也随着永历帝的遇害而彻底走进了历史。

永历帝遇害后两年，清康熙三年（1664年）八月，在川鄂茅麓山地区坚持大明旗帜的大顺农民军余部“夔东十三家”，在清军的围攻中遭遇失败，全部遇难。又二十年后，清康熙二十二年（1683年），清军渡海对明郑延平政权发动进攻，第三代延平王郑克塽不敌而降清，延平政权覆灭。受延平政权保护的最后的大明宗藩、宁靖王朱术桂不愿归降清朝，于是自杀殉国，南明最后的遗孑不复存在，中华重归一统。

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