据史料载，朱之锡字梦九，号梅麓，公元1623年10月6日出生在浙江义乌一户普通农民家庭。1646年他24岁进京参加殿试，当时黄河年年决口，水患给黄河流域及江苏人民特别是淮安人民带来重大灾难，当年的顺治皇帝独出心裁，给考生的应试题是《治河策》。按现代人观点可以写成一篇议论文，朱之锡在这道试题中首先抓住治河的重点，他首先提出“论据”，中间议论黄河决口，水灾给人民带来的灾难、对社会和谐的影响，给国家造成的重大损失，最后陈述“治河十事”。这篇文章在众多考生中名列前茅，主考官阅后认为文章写得好，顺治皇帝看后也很满意，文章得到了很高的分，他考中进士。

1657年，他因政绩卓著官累升至吏部右侍郎，不久以兵部尚书衔皇帝任命他为河道总督，驻守在江苏清江浦。他上任后即1658年后的30多年间，黄河决口八次，其中黄水南下夺淮六次，平均每二到三年就有一次，其中较大的是他上任的当年初夏，黄河在滑州韩村决口，南流徐州，夺泗水入淮，淮安地区遍地泽国，水势汹涌，丰收在望的小麦全部被黄水淹没。朱之锡身为河道总督，他首先亲自去决口处任命官员组织人民疏浚河道，让黄水向附近的大河里流泻，再加大力度用石块等材料堵塞决口。他立即又回到淮安，组织人民疏浚河道，加固泗水、淮水河堤、堵塞上游泗水的决口，在淮水下游引水入海。水患治好后，淮安地区遍地荒芜，人民纷纷逃向外地。他为了稳定人心，首先拿出自己的俸禄从江南买粮食煮菜粥供应灾民，他上谏皇上要求拨专款赈济淮安人民。当年淮安地区没有因水灾而饿死人。

1658年，河决山阳湾（现在的板闸），水势汹涌、田庐尽没，人民逃离，他首先查明原因是上游宿迁董家口的旧河道为流沙淤塞所致，他带领人民先将董家口旧河道上每二里筑一水门，用流沙更相洄注的办法，发展了在多沙河流上采用多水门形式引水放沙的新技术，并向东开新河八百丈引水入运道，在山阳湾筑渡槽、涵洞、开新河将汹涌的河水引向其他河道，在决口处筑“方梁”、“石洫”。就是筑断面较大的河堤，因河堤较宽，梯形断面近似方形，故谓之方梁。在向水的一面衬砌石块，谓之石洫。这样大的水患他带领人民一个月治理就胜利完成了。

他在任期间，淮安地区水患频发，他都以自己在治河中积累的丰富经验把河道治理好。在治河的日子里，朱之锡日夜操劳，未曾安枕，在水灾之年，他不但捐款救济淮安地区灾民，还向扬州、徐州灾民伸出援助之手。在治理河道方面他积累了丰富的经验，给皇帝上谏说：“我朝数百万京粮、茶叶都要从江南发到淮安储存、运向北方，食盐从淮安打包发运全国，凡筹河者必兼筹济运，治河势在必行。”因而他提出十项治河及防止弊端的措施，皇帝看到后，皆如所请行。

1662年康熙元年，因他治河有功，皇帝加封他为太子少保。当年九月，河南省的原武、祥符、兰阳等地河堤决口，水流遍野，墙倒屋塌，人民到处逃难，朱之锡接到圣旨后，立即从清江浦驰骋灾区，亲自督促当地官吏、率领百姓用丰富的治河技术堵决口、疏淤道、移民居、赈济灾民。

在清代运输主要靠水运，南来北往的船只都要经过运河，淮安是运河的咽喉，每天经过淮安的船只不计其数，从清江浦至山东省南旺的数十道闸门启闭难控制。启闭节宣，以资挽运，若差船、兵船不时驶至，该闭者强之以开，泄水下注，则重运在上游者受阻；应开者强之以闭，留水待船，则重运在下游者又阻矣。为此朱之锡安排重要官员管理各处闸门，严守待命，没有重要的敕旨差遣，不得擅自启闭闸门，他并上谏皇上，请求准旨在淮安、宿迁、台儿庄等地再新建八个船闸，以控制运河水位，确保水运畅通无阻和灌溉运河沿线农田。

朱之锡在河道总督任上，为淮安地区乃至全国治理河道作出众大贡献，淮安地区、邳州、宿迁、河南中牟、阳武、山东曹县、南旺、台儿庄等地的百姓都尊称他为河神。

1664年二月，朱之锡大功未成，积劳成疾死于任上。