康德曾试图对抗休谟的怀疑论并为数学和自然科学建立有效性，但他否定了作为物自体之先验科学的形而上学的可能。在他看来，理性神学、宇宙哲学和心理学都没有科学价值：我们无法通过理论理性来证明上帝存在、灵魂不死和意志自由；在这里无从提及理论知识，因为这些事物不是也不可能是经验的对象。诚然，我们可以形成一些具有或多或少的盖然性的形而上学假说，但无法通过这些假说来获得普遍的、必然的知识。然而，我们可以上升到关于自由、不死和上帝的更高种类的知识，其途径是道德直觉：实践理性为我们保证了此类真理的有效性，虽然我们无法赋予它们感性内容并在科学的意义上了解它们。

我们看到，康德的那些伟大的继承者—费希特、谢林、黑格尔—却没有他那样对于形而上学的忧虑。黑格尔为宇宙的所有不同阶段提供了一种逻辑解释，并且他的哲学在1840年之前的德国一直处于统治地位。然而，对理性主义形而上学的批判反抗始终在后康德学派之外持续着；这种反抗表现在弗里斯、贝尼克、赫尔巴特、叔本华和很多其他人的作品之中。哲学宣称在谢林的艺术直觉或黑格尔的辩证过程中拥有一种特殊的知识方法，很多具有科学头脑的思想家对此发起了挑战；并且拒斥唯心主义的观点，因为它宣称科学研究仅仅是哲学的准备，甚至是一种错误的方法。思辨哲学被指责忽视事实或是试图从自己的内在意识中编造事实，因此名誉扫地。进步的自然科学欢迎对经验的深层研究，并催生了实证主义以及对于—那种与后康德学派唯心主义者的思辨哲学相等同的—形而上学的蔑视。1842年，迈耶尔发现了能量守恒原则；1859年，达尔文发表了他的划时代作品《基于自然选择的物种起源》。唯心主义哲学的消退与自然科学的胜利鼓舞着唯物主义的成长。

19世纪50年代，德国唯物主义运动势头正盛，其代表有佛格特（Karl Vogt，1817年~1895年），曹尔博（H.Czolbe，1819年~1873年），莫乐斯舒特（J.Moleschott，1822年~1893年），和毕施纳（L.Büchner，1824年~1899年；著有《力与物》，1855年），他们是反抗唯心主义体系的领导力量。这一运动既抗议神学的反动理论，也反对思辨哲学的夸夸其谈；的确，其唯物主义形而上学与人道主义和唯心主义的伦理学结合在了一起。这群人所提出的理论，无一例外，全然不是前后一致的唯物主义理论，而是很多观点的杂糅体：心灵或思想时而被当作是运动，时而又被当作是运动的效果，有时被看作是运动的伴随物，有时又被看作是一种未知的潜在原则的某一方面，在这里，运动是此原则的类似表达。毕施纳的书很受欢迎，从50年代起，至少印行了20版。后来海克尔（Ernst Haeckel）的《宇宙之谜》（1899年）取代了它，但是同毕施纳的著作一样，这本书显示了同样的不一致性。

化学家Wilhelm Ostwald（1853年~1932年；著有《克服科学唯物主义》，1895年；《自然哲学》，1902年）摈弃了唯物主义和机械论，而青睐“能量”理论或活力论。物质的各种特性是能量的具体形式—动力的、热能的、化学的、磁力的、电力的等—它们不可以相互还原。精神能量是另外一种形式的能量；它是有意识或者无意识的神经能。相互作用被解释成是从无意识的能向有意识的能的过渡，相反的变化也是如此。