历史研究所设有先秦史研究室、秦汉魏晋南北朝史研究室、隋唐宋辽金元史研究室、明史研究室、清史研究室、中国思想史研究室、历史地理研究室、中外关系史研究室、文化史研究室、社会史研究室、马克思主义史学理论与史学史研究室等11个研究室以及图书室和《中国史研究》杂志社（编辑部）,出版公开刊物《中国史研究》和《中国史研究动态》。

历史研究所博士后流动站建立于1995年，现有博士后合作导师19人，具有博士后招收资格的一级学科为中国史，涵盖中国古代史、专门史、历史文献学、史学理论、史学史等五个二级学科。

历史所博士后流动站十分重视博士后工作。主管领导对博士后工作情况非常了解，付出了大量的时间和精力。担任博士后合作导师的专家，以严谨求实的学风、认真负责的工作态度，指导博士后研究人员做好研究工作，付出了大量心血。博士后管理人员对博士后工作的各个环节都认真负责地落实到位，并首先提出了进站开题报告等工作制度创新。历史研究所博士后流动站自设站以来，先后共招收博士后31人，已出站26人，其中留所工作12人。在培养的博士后中，有的被授予“全省宣传文化系统首批‘四个一批’人才”荣誉称号，有的担任全国人大代表，参加国家“九五”、“十五”重大科研攻关项目研究及国家哲学社会科学“十一五”重点项目研究工作。这些博士后在各自岗位上都取得了突出的成绩，成为科研、教学的学术带头人或骨干。

在2005年全国博士后工作评估中，历史研究所历史学博士后流动站荣获“全国优秀博士后流动站”称号。