以今天的眼光来看，神农就是炎帝，两者代表同一个人，因此《五帝本纪》中对神农与炎帝的描述，用词就颇让人不解：

《五帝本纪》：“轩辕之时，神农氏世衰。诸侯相侵伐，暴虐百姓，而神农氏弗能征。于是轩辕乃习用干戈，以征不享，诸侯咸来宾从。而蚩尤最为暴，莫能伐。炎帝欲侵陵诸侯，诸侯咸归轩辕。”

黄帝之时，神农王朝衰落，于是诸侯互相战争，导致民不聊生，但神农氏无力平叛。接下来，黄帝部、蚩尤部、炎帝部三国鼎立，犹如上古版三国演义。

其中，司马迁为何分别说神农与炎帝，而不是说“神农炎帝”？实际上原因很简单，历史上神农是神农，炎帝是炎帝，两者不是同一个人。更为重要的是，神农与炎帝是两个阶段的历史人物（或部落代号），一个出自母系社会，一个出自父系社会。

先秦文献中，神农与炎帝的关系并未明确，但一般炎帝是炎帝，神农是神农，即便一段话中同时出现两者时，语气上也表明似非一人。

《国语·晋语》记载说炎黄乃兄弟二人，“黄帝以姬水成，炎帝以姜水成”。虽然炎黄兄弟说不太可信，但也说明两人可能大致处于同一时代。

《周易·系辞》：“包牺氏（伏羲）没，神农氏作，斫木为耜，揉木为耒，耒耨之利，以教天下。”伏羲去世或伏羲部落衰败后，神农氏开始兴起，大兴农耕技术。

可见，神农与炎帝不太可能是同一个人，神农远在黄帝、炎帝之前，因此《五帝本纪》记载的意思是，神农氏统治衰落后，黄帝、炎帝、蚩尤开始兴起，准备建立他们的统治。

不过，由于先秦文献中没有明确神农与炎帝的关系，于是可能就此让后人误解。

西汉末年，宗室刘向校订《世本》时，将炎帝与神农视为同一个人。此后，神农与炎帝渐渐就成了一个人，其中以皇普谧带来的影响最大。

魏晋皇普谧在《帝王世纪》中，绘声绘色地记载了“神农炎帝”身世：“神农氏，姜姓也。母曰任姒，有蟜氏女，登为少典妃，游华阳，有神龙首，感生炎帝。人身牛首，长於姜水。有圣德，以火德王，故号炎帝。”

自皇普谧之后，神农炎帝正式合二为一，后世史家在注释先秦文献时，都将两人注释为同一个人，影响直至今天。

但仔细分析皇普谧的这段记载，却也可以看到神农与炎帝不可能是同一个人。

根据皇普谧对“神农炎帝”的身世揭秘可知，神农炎帝的氏族图腾有二，即神农的“有神龙首”与炎帝的“人身牛首”，前者以龙为图腾，后者以牛为图腾。那么，同一个人（或部落）身上为何有两个大不相同的图腾？显然不可能，唯一合理的解释是神农与炎帝是两个人。

问题在于，如果神农与炎帝是两个人，那么他们会是什么关系呢？

皇普谧提到的三个图腾，除了龙与牛之外，还有一个是“蟜”，即“有蟜氏”崇尚“蟜”。所谓“蟜”，其实就是“虫”。古文中虫通蛇、也通龙，因此崇尚“虫”的“有蟜氏”，与崇尚“龙”的神农，其实可以说是崇尚同一样东西，出自同一个部落。

上古时的婚姻，母系氏族图腾随母，父系氏族图腾随父。从“蟜”与“龙”的图腾上看，神农随母，还处于母系氏族社会。《庄子·盗跖篇》记载：“神农之世，民知其母，不知其父。”这就进一步证明了神农处于母系氏族社会。

其实，“龙”在中国文化中，还代表（女性孕育）众多子孙之意，母系氏族以此为图腾，符合龙的寓意，上世纪以来不少学者认为神农是女性，其实是有道理的。与之相反的是，“人身牛首”的“牛”图腾崇拜，驾驭耕牛进行锄耕，充满了阳刚之气，更可以收获更多的粮食，父系社会带来更多的粮食，经济基础决定上层建筑，因此只能说明当时进入了父系氏族社会。

也就是说，神农炎帝的二个图腾，其实代表着母系氏族与父系氏族两个阶段。

上个世纪以来，考古发现在一定程度上也证明了这个结论。

传说中的神农与炎帝，他们最早的活动区域是在陕西渭河流域，而在这个区域内，考古发现了两种上古文化，即代表母系氏族社会的陕西仰韶文化与代表父系氏族社会的陕西龙山文化。

陕西仰韶文化遗址中，出土了很多原始农具，比如石刀、石铲、石斧等，没有大型农耕用具，整体还处于刀耕火种的时代，这些工作总体上不需要太多的力气。

陕西龙山文化遗址中，出土了不少更为先进的或更大型的耕种用具，比如出现了陕西仰韶时代没有的石锄、骨锄，开荒使用的大型磨光石斧、石奔，以及大型窖穴与大型陶瓮等。总之，从陕西龙山文化遗址出土的文物来看，当时已经进入了更需要力气的锄耕时代。

学者张玉勤在《神龙、炎帝、黄帝关系辨》中指出：神农代表的是陕西仰韶文化，炎帝代表的是陕西龙山文化，两人处于母系与父系的不同历史时期，汉代之后人们将两人错误地混为一谈了。

通过上文分析可见，所谓“神农氏世衰”，反映的应该是母系氏族社会的衰落，父系氏族社会的兴起。在母系父系社会交替过程中，黄帝、蚩尤、炎帝为代表的父系部落极为强势，为争夺适宜的农耕用地而爆发了一系列冲突。