1697年，康熙皇帝用了八年的时间终于消灭了噶尔丹势力，从此外蒙古正式纳入到了清朝版图。然而，清朝和准噶尔汗国的战争才刚刚开始。噶尔丹刚服毒自杀，准噶尔汗国的大汗策妄阿拉布坦就开始和清朝对抗，并且争夺蒙古高原和青藏高原。两国在青藏高原的争夺尤为激烈，最终加速了西藏和青海纳入清朝版图的过程。

准噶尔叛乱（准噶尔叛乱是谁平定的）

策妄阿拉布坦，是原准噶尔汗国首领僧格的长子。1670年，僧格在内乱中被杀，噶尔丹（僧格的弟弟）从西藏返回准噶尔平定叛乱，自立为大汗，策妄阿拉布坦兄弟被迫依附于噶尔丹。

1688年，噶尔丹担心阿拉布坦兄弟反叛，于是派人暗中进行迫害。策妄阿拉布坦的弟弟索诺木阿拉布坦被杀，策妄阿拉布坦则带领5000部众逃到了博尔塔拉河，击败了噶尔丹的2000追击。此后，策妄阿拉布坦投靠清朝，占据准噶尔本部，阻断了噶尔丹的退路，加速了噶尔丹的灭亡。

1698年，策妄阿拉布坦正式成为准噶尔大汗，并将准噶尔汗国的国力推向了顶峰。第二年，他派遣其弟大策凌敦多布西征哈萨克汗国，击败了头克汗，使哈萨克分裂为大玉兹、中玉兹和小玉兹三部分。他还带兵和俄国交战，成功阻止了沙俄的南下。

哈萨克分裂

策妄阿拉布坦非常注重发展经济，他将大量的南疆维吾尔族工匠迁徙到了伊犁，发展手工业，建立了皮革、造纸、布匹、呢绒、印刷等手工业作坊。当时准噶尔的武器制造业得到了很大的进步，有专门制造武器的“鄂拓克”5000多户，专司火炮的“包沁”1000多户。

1716年，俄国派遣3000军队南侵，在亚梅什湖建立了一个据点。大将策凌敦多布带领1万军队围攻亚梅什，最终大败俄军。此战中，准噶尔俘虏了一名瑞典人，也就是雷纳特。他原本是一位瑞典军官，后来在俄瑞战争中被俄国俘虏。

雷纳特将俄罗斯视为仇敌，于是就帮助准噶尔制造火炮，训练炮兵部队。有了雷纳特的帮助，准噶尔的火炮技术得以迅速提高，使得准噶尔拥有了对抗俄国和清朝的资本了。

噶尔丹自杀之前，策妄阿拉布坦一直恭顺清朝，然噶尔丹一死，策妄阿拉布坦则公然和清朝抗衡。他派遣军队截走了噶尔丹的尸骸及其部下300人，康熙多次下令将他交出，他拒不执行。直到第二年，他才在康熙的强硬要求下交出噶尔丹之尸，送回噶尔丹之女钟齐海等。

多伦会盟后，外蒙古已经纳入到清朝版图，策妄阿拉布坦觉得在喀尔喀已经没有扩张的可能，于是他将重点转移到了青藏高原，准备灭和硕特汗国。

明朝对青藏地区的管理仅限于名义上的册封，这给蒙古再次征服青藏高原提供了便利。16世纪初，蒙古谢布部领主亦不剌为了避达延汗锋芒而逃到青海，这是蒙古重返青海的开端。1510年，达延汗击溃亦不剌，将青海纳入到了蒙古版图。

随后，蒙古开始以青海作为据点，在青藏高原疯狂扩张。在16世纪后期，俺答汗又征服了康区（今川西一带），并在西藏进行渗透。1577年，俺答汗和西藏格鲁派的领袖在青海会盟，正式皈依喇嘛教(藏传佛教、黄教)，开始了蒙藏一体的道路。

1611年，辛厦巴家族建立了藏巴汗王朝，打压格鲁派，于是格鲁派再次请求青海蒙古帮助。随后，支持噶举派的喀尔喀蒙古却图汗又远征青海，使得格鲁派再次陷入危机。关键时刻，格鲁派请卫拉特盟主固始汗帮助。

1636年，固始汗让侄子鄂齐尔图汗继任盟主，自己则带领卫拉特1万大军赶往青海，击溃了却图汗，将青海变成了自己的领地。随后，固始汗又出兵占领了康区和西藏，灭苯教政权和藏巴汗王朝，实现青藏高原的统一，建立了强大的和硕特汗国。

1652年，固始汗派遣班禅和达赖向清朝朝贡，顺治皇帝对班禅、达赖和固始汗进行了册封，建立了宗藩关系，这为清朝干预西藏事务提供了便利。

然而好景不长。1655年，固始汗去世，和硕特汗国就分裂为了西藏和青海两部，青海部分由达什巴图尔管理，西藏部分由达延汗管理。和硕特分裂后，西藏的宗教贵族试图驱逐蒙古人，使西藏的矛盾变得更加复杂。

当时，西藏宗教首领第巴·桑结嘉措以以达赖喇嘛的名义号令西藏。拉达克和不丹为了维护噶举派，就派兵攻打西藏。战争一开始，五世达赖喇嘛就去世了，为了不影响军心，桑结嘉措决定“秘不发丧”。

第巴·桑结嘉措

1694年，桑结嘉措借五世达赖喇嘛的名义请求清朝册封，康熙皇帝册封桑结嘉措为“法王”。如此，桑结嘉措就有了对抗和硕特的实力。此外，他还秘密寻找达赖转世灵童，最终选中了著名的仓央嘉措。

他还准噶尔建立了联盟。桑结嘉措曾经是噶尔丹的老师，僧格被杀后，他支持噶尔丹回去平叛。他和噶尔丹联系的事情激怒了康熙皇帝，康熙皇帝消灭噶尔丹灭对桑结嘉措问罪，下令查明达赖喇嘛的真假。

桑结嘉措诚惶诚恐，赶紧向康熙皇帝解释清楚。康熙宽赦了桑结嘉措，但下令将仓央嘉措押到北京，仓央嘉措行到西宁一带去世。就在这时候，西藏出现了政变，准噶尔和清朝将在西藏一决高下。

1701年，西藏达赖汗去世，其长子旺扎尔继位。第二年，达赖汗次子拉藏台吉毒死其兄窃取了汗位，史称“拉藏汗”。拉藏汗和桑结嘉措的矛盾非常突出，两人爆发了战争，最终桑结嘉措战败被杀。

此后，拉藏汗又将自己私生子认定为五世达赖喇嘛之转世灵童，取法名意希嘉措，试图控制西藏的格鲁派。然而，格鲁派贵族对拉藏汗的做法表示不满，他们向康熙告状。康熙派遣官员来西藏进行审查，结果因意希嘉措年幼，康熙决定“再阅数年始议给封”。

为了防止拉藏汗在西藏坐大，康熙皇帝于1709年派遣侍郎赫寿到西藏“协同拉藏办理西藏事务”，这是清朝设置驻藏大臣的开端。格鲁派贵族则坚持反对拉藏汗，他们到康区拥护达赖转世灵童格桑嘉措。为了干涉西藏事务，青海和硕特诸台吉将格桑嘉措转移到了西宁供养。

1700年的局势

此时，准噶尔大汗策妄阿拉布坦也想劫持达赖号令西藏。早在1706年，策妄阿拉布坦就派人在半路企图劫持仓央嘉措，但是因为清军戒备森严而没有得逞。此后，策妄阿拉布坦和西藏各派建立联系，向西藏渗透势力。

他一方面暗中和格鲁派的贵族取得联系，煽动格鲁派反对拉藏汗；一方面又和拉藏汗联姻，使得拉藏汗认敌为友，恃亲疏防。他准备派遣军队远征西藏，为了引开清军的注意力，他派遣一支2000人的部队偷袭哈密，又派遣一支300人的部队去青海，试图劫持格桑嘉措。这两个骚扰行动都因为清军防范严密而失败。

准噶尔进军西藏地图

1717年，他以护送噶尔丹丹衷回藏和帮助拉藏汗对付不丹为名，让大策凌敦多布率兵6000人向西藏进军。在出发之前，他还放出风声，说准备再次西征哈萨克。大策凌敦多布的进步十分隐蔽，他们绕过戈壁，翻越了帕米尔高原，涉险冒瘴，昼伏夜行，在悄无声息之中进入了西藏腹地。

拉藏汗被策妄阿拉布坦的谎言欺骗，疏忽防守。当大策凌敦多布军到达拉萨，拉藏汗只能仓促应战。而格鲁派贵族则纷纷起兵响应准噶尔，拉藏汗走投无路，最终在突围中被杀死，就这样，西藏和硕特汗国宣告灭亡。

大策凌敦多布在拉萨进行了大规模的杀掠，西藏百姓遭到了空前的迫害。随后，大策凌敦多布继续派兵征服西藏各地。面对西藏的变故，康熙皇帝决定派遣大军远征，这就是“驱准入藏”的故事了。