《水浒传》主题鲜明，《隋唐演义》主题平淡。《水浒传》史为我用，《隋唐演义》我被史役。《水浒传》一意统万军，处处聚精神；《隋唐演义》处处有立意，百意不一致。《水浒传》站在社会底层和梁山好汉的立场，“将善尽归绿林，将恶尽归朝廷”，热情讴歌了梁山好汉们不惧邪恶、替天行道、勇于同黑暗腐败的蔡京集团斗争的英雄气概，对他们为国家民族建功立业的怀抱及惨遭奸臣迫害的结局表达了无限的愤慨，也体现了对乱世末世正不压邪造成王朝覆亡惨痛教训的反思，其主题是鲜明的，给人以强烈的精神震撼。和《水浒传》相比，《隋唐演义》似乎缺乏强烈性，看问题总是淡淡的，观点不鲜明，有些地方还是矛盾的。《隋唐演义》前半，揭露隋炀帝沉湎玩乐、使民无节，导致国家大乱、群雄并起，秦琼等一批英雄人物南征北战，最后归唐，实现国家统一。它的后部，写太宗至玄宗各朝的演变，虽然通过写争夺皇位、排斥异己等事件表现了最高统治集团内部斗争的残酷性，但这与前部颂扬秦末英雄征战归唐使国家走向统一强大的立意已经完全不是一回事了。还有，在后部，《隋唐演义》虽然通过写玄宗因宠幸杨贵妃而导致安史之乱，批评最高统治者因情误国，却又不象宣扬“红颜祸水”论，因为这部书对很多女性都是看好的，这就矛盾了。

最为致命的是一部书前后内容体现的思想性很难融合在一起。尽管作者以炀帝转生为玉环、朱贵儿轮回为李隆基当作一条大线，力求把前半与后部故事撮合在一起，但这只是外在故事的编排，并不能形成整部书思想性的高度统一。如果读者硬把《隋唐演义》前后部分当作一个有机整体看，也只能推导出“别管哪一代，无论炀帝还是玄宗，当政者只要近女色、贪玩乐，都会误国”这一类的解读。这样的解读也很勉强，因为，无论写炀帝还是写玄宗，都充分表现他们与妃子的深深爱情，而爱情是需要批判的么？作者笔下的炀帝，有那些女士面前，有情有义，懂得爱怜，他们在一起赏景观花，吟诗作赋，看不出多少丑恶来。唐玄宗对杨玉环，也是一往情深。《隋唐演义》真是够杂的，故事构思的外在一致，掩盖不住思想的混乱：它一方面写炀帝因女色败坏了国家，一方面又让一批“贞烈”之人为他殉节；一方面写秦琼不忘长官恩义，在张须陀死后扶棺痛哭，一方面又让唐万仞挖苦秦琼背主保身；一方面同情妇女们在乱世的遭遇，一方面又数落萧皇后一再嫁人；一方面写炀帝残暴误国，一方面让王义在炀帝墓前殉忠而死；一方面写以唐代隋是历史的必然，一方面又对叛唐者给予很大同情，渲染瓦岗旧部为李密发丧、秦怀玉为单雄信发丧、窦线娘为曹后发丧。倒是后来的改编者，比如单田芳、田连元的评书，在去芜存精、凝聚主题方面，远远高于《隋唐演义》，它们集中精力揭露封建帝王的荒淫残暴，讴歌英雄们救世壮举，也就弘扬了正气，鞭挞了邪恶，起到了文学艺术作品的道德教化作用。