1902年11月5日,湖南在奉天的喇嘛庙黄寺内有重大发现,他在日记中称之为“东洋学上非常之宝物”。这一“宝物”就是用满文和蒙文两种文字所写的大藏经。当时的湖南还不懂这两种语言,但是当他于1905年再度访问此地时,已经能够通畅地阅读这两种语言了。这些文献资料后来被收藏于东京帝国大学图书馆内,但是在1923年关东大地震时被烧毁了。不过,当湖南1905年再度前往满洲旅行的时候,他还在奉天发现了《清朝实录》、记录了鲜为人知的满族早期发展史的《满文老档》三百册、有插图且以满汉蒙三体记载的满族入关前的记录《满洲实录》、满汉蒙三体记载的《蒙古源流》、太宗庙的官文书、满汉蒙回藏五体的辞书《五体清文鉴》等许多宝贵的文献资料。(3)

1905年11月,当湖南还在满洲旅途之中,正在北京的日本外相小村寿太郎将其招到北京。由于当时日本刚刚在日俄战争中取得胜利,而小村则奉命担任关于东三省善后条约谈判的全权大使,所以他把湖南请到北京做自己的顾问。1906年元旦,湖南与小村全权大使一起回到了日本。同年7月,湖南被外务省委任为间岛地区历史调查员,再度来到中国大陆。但是,这次旅行对他来说,绝对不是简单的调查旅行。湖南在同行者的帮助下,对已经于1905年发现的众多文献以及此次旅行中新发现的文献,进行了笔录和拍照的工作。湖南等为了借阅《蒙古源流》而企图进入宫廷藏书库,并因此招致中国方面的不满。为此,奉天的萩原总领事虽然在发给外相林董的电报中抱怨“如果蒙文《蒙古源流》对查明间岛问题是绝对必要的话”云云,表示不理解湖南此举,但最终还是用贿赂使得盛京将军赵尔巽同意借览该书。(4) 从这一小插曲也可以看出,当时的湖南是在利用自己外务省委派人员的身份收集自己的研究所需要的文献资料。