清朝灭亡以后，安放档案的内阁大库由于年久失修，档案都暴露在外面。这些档案有的流散出去，有的因日晒雨淋生了霉斑。民国时期，北洋政府成立历史博物馆，将清代內阁大库档案移交历史博物馆管理。1921年，历史博物馆因经费困难，除自留一部分较好的档案外，将其余部分约八千麻袋计15万斤以4000元的价格卖给纸店，准备化成纸浆重新造纸。

清朝遗老罗振玉得知这一消息，到纸店以重金购回这些档案，并对其中部分档案进行整理，但已损失两万斤约数十万件。1924年，因财力不支，罗氏将档案转卖给前清驻日公使李盛铎，1929年李盛铎又将这部分档案转卖给中央研究院历史语言研究所，始得归公。抗战前夕，为使祖国珍贵的文化遗产免于沦陷敌手，从1933年开始，文献馆的重要档案3700余箱，隨故宫文物一起南迁上海。1935年，又从上海迁运南京朝天宫新建库房。两年后，“七七”事变爆发，日寇全面侵华，南京也非安全之地。于是，这些档案与文物又分批经水陆多路西迁，最后分存于四川巴县、乐山、峨嵋三县的多处庙宇祠堂內。抗战胜利后，先将三处档案、文物集中重庆，于1947年运回南京，再次存入朝天宫库房。1949年，国民党政府逃离大陆时，将其中清代內阁、军机处、宫中及清史馆等机构的档案204箱携往台湾，造成了人为的分割。几经周折，使大量清代档案流散离失，造成了一次严重的破坏。

这件事，就是档案史上有名的“八千麻袋”事件。当时国学大师王国维在《清华周刊》上撰文，把这八千麻袋的清宫档案和安阳殷墟甲骨文、西域木简、敦煌汉唐写经一起，并称为近代中国文化的“四大发现”。

中华人民共和国成立后，文献馆改称故宫博物院历史档案馆，1955年，这部分档案划归国家档案局管理，1980年改称中国第一历史档案馆。在档案馆简朴的大楼里，收藏着中国最后一个封建王朝——清王朝268年间的秘密档案，共一千多万件。假如一个人每件档案看一分钟，每天连续不断看8小时，那么全部看完需要60年时间。