古代

夏商周时期，公元前486年，吴王夫差开挖中国大运河最早开凿河段——邗沟（即京杭大运河的扬州至楚州段），沟通长江、淮河，由此与运河相伴相生。 故成为春秋战国列强争夺的重要地区，先后为吴、越、楚所有。

秦统一六国后，推行郡县制。市境分属泗水郡和东海郡，始置县邑有淮阴（治今淮阴区码头镇）、盱眙（治今盱眙县城东北）、东阳（治今盱眙县马坝东南）。西汉年间，市境大体属临淮郡，又增置淮浦（治今涟水县西）、射阳（治今淮安区东南）、富陵（治今洪泽湖中）等县。东汉分属下邳国和广陵郡。

魏晋南北朝时期，市境长期处于战争和对峙的前沿，建置紊乱，隶属多变，今市区码头镇、淮城镇其时均为军事要塞，多设州郡治所，为边帅驻节之地。长年战乱带来的是“江淮之间，赤地千里”的凄惨景象，经济和文化遭到严重破坏。南齐永明七年（489），割直渎破釜以东，淮阴镇下流杂100户置淮安县，“淮安”之名始见。

隋唐五代时期，境内长期处于安定的环境，建置也较稳定，大抵淮北属泗州（治今盱眙县城北淮河对岸），淮南属楚州（治今淮安区淮城），经济得以持续发展和重新繁荣。楚州、泗州成为运河沿线的两座全国性名城，楚州更被白居易誉为“淮水东南第一州”。

北宋，境内较为太平，市境先属淮南路，分属楚州、泗州；后分淮南路为淮南东、西路，市境属淮南东路。

南宋和金、元对峙时期，市境再度成为前线，为双方反复争夺，建置亦复紊乱多变。元代，境内先后置淮东安抚司、淮东总管府、淮安路（治今淮安区淮城镇）。淮安路辖境包括今苏北地区大部和皖北一部。

明代淮安府辖山阳、清河、安东、盐城、桃源、宿迁、沭阳、睢宁、赣榆、邳州、海州，计9县2州，范围包括今苏北五市绝大部分地域。其间，还有漕运总督、南河总督驻节淮安。漕运总督还经常兼巡抚江淮，节制淮（安）、扬（州）、庐（州）、凤（阳）四府及徐（州）、滁（州）、和（州）三州，管辖范围包括今江苏、安徽二省的长江以北广大地区。

清代淮安府继承明代淮安府，辖境缩小，分出海州直隶州（沭阳县、赣榆县），又划出邳州（宿迁县、睢宁县）归属新设的徐州府。直至清末淮安府辖山阳、清河、盐城、阜宁、安东、桃源6县，俗称“淮六属”。

近现代

光绪31年（1905年），一度设立江淮省，巡抚驻淮安，即省会所在地，后旋即撤裁。

民国二年（1913年），废府存县，淮安府撤销，次年，山阳县改名淮安县，清河县改名淮阴县。后今淮安市境大部属淮扬道（道署设今淮安市区），后属淮阴行政督察区、第七行政督察区。

抗日战争和解放战争时期，境内成为重要的根据地和解放区，中共中央华中局、新四军军部、中共中央华中分局、华中军区、苏皖边区政府等都曾驻节境内。由于处在敌后环境，根据地和解放区的政区变化很大，头绪繁多，大抵分属淮海区、盐阜区、淮南区、淮北区。

抗战胜利后至1946年9月的一年间，淮安是华中解放区的中心、苏皖边区的首府，时苏皖边区南界长江、北界陇海铁路、东至黄海、西至裕溪口一线，横跨苏皖豫鲁四省之境，辖53个旧县。

1948年12月，市境全部解放。

1949年，成立淮阴专区，辖淮阴、淮宝（由原淮安、宝应两县运河以西的部分地区所组成，县人民政府驻岔河镇）、泗阳、沭阳、灌云、宿迁、睢宁、新安（由原沭阳、宿迁两县的一部分地区所组成，县人民政府驻新安镇）、邳睢（由原邳县陇海路南及睢宁县北部地区所组成，县人民政府驻土山镇）、涟水10县。专员公署驻淮阴县。

1950年，盐城专区涟东县并入淮阴专区涟水县；撤销淮宝县，分别并入淮阴、淮安和扬州专区的宝应3县；淮阴县城设立清江市；淮阴专区辖1市9县。

1953年1月苏南、苏北行署与南京市合并恢复江苏省，淮阴专区属江苏省领导，专署驻清江市。同年，睢宁、邳睢、新沂3县划归徐州专区。

1954年，淮安县从盐城专区划归淮阴专区；同年12月，原属安徽省宿县专区的泗洪县，滁县专区的盱眙县划入淮阴专区，辖9县。

1970年，淮阴专区改称淮阴地区，专署驻清江市。

1971年，六合地区所属盱眙县、金湖县2个县划入淮阴地区，辖1市12县。 [10]

1983年，清江市更名为淮阴市，改由省直辖，撤销淮阴地区。市区设清河区、清浦区2个区，将涟水县、洪泽县、盱眙县、金湖县、灌南县、沭阳县、宿迁县、泗阳县、泗洪县、淮阴县、淮安县11个县划归淮阴市领导，辖2区11县。同时将灌云县划归连云港市领导。]

1987年，淮安县、宿迁县改为县级市。

1996年8月，宿迁市、沭阳县、泗阳县、泗洪县4个县市从淮阴市析出，成立地级宿迁市。同时将灌南县划入连云港市。

2001年，江苏省政府实施“三淮一体”战略，地级淮阴市更名为淮安市，县级淮安市更名为淮安市楚州区，淮阴县更名为淮安市淮阴区。

2012年，淮安市楚州区更名为淮安区。

2016年，淮安市清河区、清浦区合并更名为清江浦区，洪泽县更名为淮安市洪泽区。

至此，淮安市下辖4区3县：清江浦区、淮阴区、淮安区、洪泽区、涟水县、盱眙县、金湖县。