但是，我们也应当在使用国际标准书号查重时注意由于一些特殊问题。有些书可能有三个书号（丛书书号、分丛书书号、本书书号）。例如，英国罗德里奇（Routledge）出版社出版的《文明史》（History of Civilization: a Complete History of Mankind from Pre-Historic Times）共有50卷，其总的ISBN是0-415-14380-2；它下面分六个部分，包括《希腊文明》（Greek Civilization）（7册）（ISBN 0-415-15612-2）、《东方文明》（Eastern Civilization）（10册）（ISBN 0-415-15614-9）等；而各个部分下的每一册也有自己的ISBN，包括《马其顿帝国主义和东方的希腊化》（MacedonianImperialism and the Hellenization of the East）（ISBN 0-415-15577-0）、《中国文明》（Chinese Civilization）（ISBN 0-415-15591-6）等。在这套书中，每本书上都印有三个ISBN。此外，同一种书在不同国家出版有不同的书号，不同的装帧形式（例如平装和精装）有不同的书号；这些情况都是很常见的。