柯尔克孜族主要分布在新疆克孜勒苏柯尔克孜自治州等地及黑龙江省富裕县等地区。柯尔克孜族是一个具有悠久历史的民族，古时的柯尔克孜族主要分布在叶尼塞河上游地区。

唐贞观二十二年（648年）柯尔克孜族地区归属唐朝，正式列入唐朝的版图。由于战争的原因，柯尔克孜族在清朝初期曾有过两次较大的迁徙。第一次是在康熙四十一年（1702）从叶尼塞河流域迁往西部天山一带，第二次是在乾隆二十年至二十三年（1755-1758）间从新疆西部迁入黑龙江西部的嫩江、乌裕尔河流域。黑龙江的柯尔克孜族，就是第二次从新疆迁徙而来的柯尔克孜族人的后裔。黑龙江柯尔克孜族，主要聚居在富裕县五家子村等几个地方。

柯尔克孜族从新疆迁入黑龙江以后，一直混住在蒙古族当中。很长时期内，他们的情况鲜为人知。到了1940年，日本人有了对他们的记载：“……康德七年（1940），兴安局关于兴安省外四旗土地报告中的一五○页，载有依克明安旗外旗蒙人计有喀拉沁、科尔沁、达斡尔，与此同时列有柯尔克孜族八户，人口四十九，原先住地是龙江县。流入该旗外来人的顺序是，达斡尔、喀拉沁、科尔沁、柯尔克孜等族人。时间大约在光绪末年，入旗条件是参加农耕劳动。对同旗杜尔布德务图克小泉子屯部落调查时，有柯族二户，都是被雇佣者。”

柯尔克孜语（柯尔克孜语翻译器）

1943年，日本人田村在黑龙江富裕县五家子屯发现了柯尔克孜族，并在报上发表文章介绍该族的情况。“田村股长在上年（1943）给东大和田清博士、大连图书馆岛田好当向导调查省内蒙古部落时，发现富裕县五家子屯柯族部落，并在《齐齐哈尔报》上著文介绍该族。”第二年7月，日本人楢原正人到五家子屯作调查，并写了一篇题为《访柯尔克孜族》的文章，介绍了五家子屯柯尔克孜族的历史、文化、风俗、宗教等情况。

1952年4月，为了进行民族识别，黑龙江省政府组织了调查组到五家子村实地考查，经识别，确认这里的柯尔克孜族为“吉尔吉斯”人。1960年，又把“吉尔吉斯”改为“柯尔克孜”。

汉初，强大的匈奴征服了周围许多民族部落，其中就有北方的鬲昆（即柯尔克孜族）。公元前1世纪70年代，匈奴日趋衰落，鬲昆也在这个时期摆脱了匈奴的统治。《汉书·匈奴传》中的“坚昆”是“鬲昆”的音转，是汉朝人对古柯尔克孜人的另一种称呼。那时柯尔克孜族在乌孙的北面，康居（今哈萨克斯坦）的西面，乌揭（在丁灵及坚昆以南）的西面，相当于现在的叶尼塞河上游地带。三国时期，公元3世纪坚昆已相当强盛，已有3万兵力，与西部的丁令、乌孙、康居、呼得等部为邻。

6世纪以前，被称为“契骨”的柯尔克孜人处在阿辅水和剑水之间（剑水，即今叶尼塞河）。6世纪中叶，突厥木杆可汗消灭了柔然，并“东走契丹，北并契骨”。柯尔克孜族又受突厥汗国的统治了。

唐贞观4年（630），唐朝灭掉了东突厥，被称为黠戛斯的柯尔克孜族开始与唐朝有了直接交往。天宝三年（744），回纥消灭了东突厥，黠戛斯又属回纥汗国的统治。

9世纪30年代，黠戛斯强盛起来，在其首领阿热的带领下，于开成五年（340）消灭了回汗国，建立起黠戛斯汗国。

辽太宗天显六年（931），黠戛斯成了契丹的属国。作为属国，黠戛斯每年要向契丹朝贡。如遇战争，还要出兵帮助契丹作战。

11世纪后期，据记载，柯尔克孜之西是塔塔尔人，东边靠近秦国（中国）。《元史·地理志》对吉利吉思的记载：“其境长一千四百里，广半之，谦河经其中，西北流。……注于昂可刺河，北入于海”。《元史》中的谦河，即《新唐书·黠嘎斯传》的剑河。剑、谦是叶尼塞河土名克穆的对音。昂可刺河，是从贝加尔湖向西北流出的安加拉河。文中说此河流入海。这个时期的柯尔克孜族仍然分布在叶尼塞河上游地区。

元代，吉利吉思受元朝统治，在叶尼塞河上游曾设万户府。至元七年（1270），元朝派刘好礼任吉利吉思谦谦州等五部断事官，以益兰州为治所（即今后厄格列斯河下游贝占列克古城）。

《世界疆域志》记载，在卡尔鲁克地区有个名叫“宾除勒“（乌什县内）的地方，由柯尔克孜人统治，又说喀什噶尔的北面是柯尔克孜人。《准噶尔概论》记载，1253年，旭烈兀向波斯进军时，曾在天山一带发现柯尔克孜人。并说他们游牧于天山和杭爱山之间。当时在天山地区已有部分柯尔克孜人居住。

《元史·刘哈喇八都鲁传》记载，在和林（或哈拉和林）及肇也有一部分乞儿吉思人。至元三十年（1293），元廷命刘哈喇八都鲁在今黑龙江省肇东市八里城修建肇城时，曾“以兀速、憨哈纳斯、乞里吉思之部人居之。”这说明，在这个时期，柯尔克孜人已分布于叶尼塞河上游、天山和黑龙江肇东三个地方。

明朝，西北边疆的柯尔克孜汗国。在柯尔克孜汗乌盖赤（《明史》作鬼力赤）时，乘明朝军队大败瓦剌之机，取得了对瓦刺的统治权。1436年，脱欢在瓦剌汗国当权，开始排挤柯尔克孜人。到脱欢的儿子也先为太师时，瓦剌人和柯尔克孜人的斗争就异常激烈。也先死后，瓦剌被喀尔喀蒙古战败。这时，一部分柯尔克孜人被迫向西南移动，一直到阿克苏地区。