1890至1911年进入兼管、兼充大臣时期，由于两广总督废止了在船政协造军舰的计划，已经开工的造穹甲鱼雷巡洋舰“广丁”被船政接手继续建造，改名为“福靖”号。为了与“福靖”号配合，船政计划建造一艘快船“建靖”号。建造两年后，1895年“建靖”号下水，但此时正值甲午战后，北洋海军遭灭顶之灾正急需新建，因此“建靖”号在北洋向船政支付完建造费用后被领走。所有权归属北洋后，“建靖”号不仅被魏瀚部分改造，还被更名为“通济”号。1897年初，船政局聘请法国水师制造学堂帮办教习杜亚尔担任正监督，杜亚尔绘制了鱼雷快舰的图纸，经中方研究，认定其为新式舰船，决定开工建造两艘。第一艘“建安”号于1898年4月7日正式开工，1899年1月29日下水。第二艘“建威”号于1899年2月11日动工兴建，1900年3月3日下水。“建威”级的武器装备完全模仿法国“迪波威尔”，甚至连具体的型号都一样。这一时期的船政除了建造以上几艘大型舰船外，还建造了一些杂类船只。

第三阶段是民国后船政时代，这时期中国时局动荡，政府更迭频繁，船政也随之没落。1911年10月10日夜武昌起义爆发，全国各省陆续回应，一场旨在推翻清王朝的辛亥革命爆发。一年后，中华民国临时政府在南京成立，孙道仁被任命为福建都督，福建成为中华民国的行省之一。随着新政府的形成，船政作为福建管辖范围内的机构，也被改称为福州船政局，由福建都督府直接统辖。自此，船政的历史已经过去，进入后船政时代。此后船政局的发展也与清王朝时的船政存在巨大差别。