在商部高等实业学堂时期，确定了“讲求实业，以能见诸实用为要旨”的办学方针。计划将学校办为四科，“一商业科，二航海科，三轮机科，四电机科”。

1906年9月，唐文治接任高等实业学堂监督之后，重新制定了学校的办学宗旨和各种规章，学堂面貌为之一新。学堂宗旨在于“造就专门人才，尤以学成致用振兴全国实业为主，并极注重中文以保存国粹”。

1909年7月，船政科诞生。

自1912年一战开始，再历经武昌起义，辛亥革命等，大部分船校船校暂行停办。直到1929年，部分商船学校开始复校，囿于当时条件所限，仅设驾驶一科，后来增设轮机专科，学制均为四年，其中在校修业两年，上船实习两年，期满考试合格者即发给毕业证书。

1937年抗日战争开始，商船学校停办。1939年，国民政府为继续培养商船人才，开始复校，复校的基本指导思想是：“网罗造船与驾驶专家，以方面招生教授，以造就专门人才；一方面研究设计抵抗敌舰之方案。”学校成立后，学制与之前相同。

1945年抗战胜利后，给教育的复苏带来了机遇。商船专科学校再度复学后，以国民政府教育宗旨及施政方针之“教授应用科学，养成航海技术人才”为宗旨。

从1954年到1959年，学校的基本办学思想和方针是：突出重点，办出特色，稳固发展，以航海类专业为主同时办好管理类专业，努力为社会主义航运事业培养高级技术人才。

1960年，国家进入国民经济发展的第二个五年计划时期。为了满足国家高速建设社会主义的需要和适应我国文化、教育、科技迅速发展的形势，学校提出：各系都应“分批增设高、精、尖、缺的新专业”。

1966年-1976年，“文化大革命”使学校工作受到严重冲击。

1978年6月，学校勾画出新的办学目标：“使学校成为用现代科学技术培养船舶运营管理高级技术人才和能掌握现代化通信导航技术、计算机技术、自动化控制技术高级专门人才的一个海运教育中心，成为能够承担上述科学技术重大研究任务的一个海运科研中心，成为我国海运交通建设的一支重要方面军。”

1980年10月，根据交通部和我国航运事业发展要求，学校在制定十年发展规划过程中，首次提出三步走的办学思想：第一步以调整、整顿为主；第二步以整顿、提高为主，适当发展；第三步以提高、攀登为主，积极发展。

1981年，学校建设发展方向必须向多学科、多层次、多种形式培养等航运技术人才的方向发展，以适应航运现代化建设的需要。在办好全日制海运高等教育的同时，发展海运函授、夜大教育以及为在在职高级船员开办新技术培训班；通过以上规划的实现，把学校建设成为一所以海洋运输类专业为主的、具有中国特色的、达到国际水平的新型综合性重点航运大学。

1984年3月，学校提出设想：“把学校建设成为具有航海特色的、综合性的、在教学科研方面具有国家队水平的重点院校……把学校建设成为世界第一流的高等航海学府，承担国内、国际培养高级航海技术人才的任务，为国际航海科学技术的发展作出自己的贡献”。

20世纪90年代以来，面对我国交通运输事业的跨越式发展，面对新形势，根据高等教育特别是高等航海教育的发展趋势，大连海运学院在办学思想、目标定位、航海类专业改革与发展等发面取得了共识，学校抓住“科教兴国”“科教强交”的机遇，办学水平显著提高。

20世纪90年代以来,上海高等航海教育进入了全面发展阶段。为了更好地适应交通运输事业和浦东开发开放的需要，使学院教育上层次，教学质量上水平，先后提出了重点课程和教材建设、师资队伍建设、专业学科建设、学风校风建设等一系列深化改革的措施，力争到90年代中期，把上海海运学院建设成含博士、硕士、学士和成人教育在内的以海运为特色，高水平、多层次、国际型的包括商船学院、管理学院、工商学院、文理学院、成人教育学院的新型大学，使发端于上海的上海高等航海教育在新的历史条件下，继往开来，再创辉煌。