明史研究室的前身为1954年成立的中国科学院历史研究所二所明清史研究组，组长为白寿彝、副组长王毓铨。1978年中国社会科学院成立后独立建室。1994年再度与清史研究室合并为明清史研究室，2002年再次分离，独立建室，自1978年建室以来，王毓铨、刘重日、张显清先后任主任（明清史合室期间林金树、万明先后任副主任）。现任主任万明研究员，副主任张兆裕研究员。本室现有成员8人，其中研究员4人，副研究员2人，助理研究员2人。博士生导师1人。中国社会科学院徽学研究中心依托本室。

本室主要研究方向涵盖明朝断代史、徽学及明清中外关系史。自1980年以来，该室研究成果丰硕，已出版各类专著37部、论文百多篇。其中《中国通史•明时期》、《中国经济通史·明代经济卷》、《明代政治史》、《晚明社会变迁：问题与研究》等4部为国家社科基金项目。王玉欣、周绍泉主编《徽州千年契约文书》（40卷）和王毓铨的论文《论明朝的配户当差制》获得中国社会科学院第一届优秀成果奖，栾成显《明代黄册研究》获得院第三届优秀成果奖，万明的论文《明代中葡两国的第一次正式交往》获院第四届优秀成果奖，周绍泉的论文《透过明初徽州的一桩讼案窥探三个家庭的内部结构及其相互关系》获院第五届优秀成果奖。万明主编《晚明社会变迁：问题与研究》获院第七届优秀成果奖。

自20世纪80年代以后该室主持编辑不定期丛刊《明史研究论丛》（已出版10辑）和古籍整理丛刊《明史资料丛刊》（已出版4辑）。1981年该室编辑出版的《中国近八十年明史论著目录》获学界普遍好评，在其基础上续编的《百年明史研究论著目录》即将出版。2010年与天一阁合作整理出版《天一阁藏明代政书珍本丛刊》54种、22册。目前承担的主要科研任务有《明代官私文书研究》、《徽州土地文书与明代土地所有权研究》等。