巴纳德的组织理论是他的管理理论的基础，他对组织的定义提出了同传统的管理理论截然不同的观点。他首先指出组织是一个是由两个或两个以上的人组成的协作系统，在这里，巴纳德采用了与传统的组织理论不同的定义方式，传统的组织理论认为组织就是人的集合体。例如，一个医院，就是医生与病人的集合体等。由此可见，传统的组织概念还停留在对组织的表象和功能的表述上，并没有抓住组织的本质进行深入的研究。而巴纳德不是从组织结构的角度，而是从行为的角度对组织下定义。巴纳德把组织看成是一个协作的系统。他提出了构成组织的三个基本要素：(1)信息交流；(2)作贡献的意愿；(3)共同的目的。这是对组织这一概念的内涵所作的理论概括，在管理学中首次分析了组织的组成要素。关于组织要素的分析，在以前的古典管理理论中是没有的。虽然社会系统学派从组织的角度研究管理，但巴纳德认为组织的要素只包括人，不包括物和其他要素，所以对组织的研究就转变成对人的研究。我们看巴纳德的职能就可以看出，巴纳德把财和物排除在组织的组织要素之外，他提出的经理人员的职能没有对财和物管理的职能。因此，巴纳德对组织要素的划分并没有得到管理学家的承认。

巴纳德的管理职能理论和古典管理理论大不相同。古典组织理论关于管理职能的划分，是从对管理的过程的分析中提炼出来的，而巴纳德是以自己的组织理论为基础来展开管理职能的分析，把管理者的职能归结为提供信息交流的体系、促成个人付出必要的努力和规定组织的目标，从而把管理者的职能作用同组织的要素联系起来，同组织的生存和发展联系起来，从组织的要素来分析管理的职能，这是其他学派所没有的。