刘玄建立更始政权后，派遣使者招降河北各郡国，允许“先降者复爵位”。使者到上谷，寇恂随从耿况前往迎接，缴上太守印信。寇恂见使者收了印信并无归还之意，乃率兵入见使者，夺回印信。不久，王郎起兵邯郸，又派使者到上谷征兵。寇恂以刘秀“尊贤下士，士多归之”，与同僚闵贡劝说耿况拒绝王郎，归顺刘秀，耿况畏惧王郎势大难拒，又建议联合渔阳（郡治在今北京市密云县西）太守彭宠共抗王郎。

朱鲔涉血于友于的意思（朱鲔涉血于友于典故）

耿况接受寇恂的建议，派他前去渔阳。在约彭宠后，他在返回上谷途中行经昌平，乘王郎使者不备击杀之，夺取其部众后，遂与耿况之子耿弇率军南下，追刘秀到了广阿（今河北隆尧县东）。刘秀拜寇恂为偏将军，号称承义侯。寇恂从刘秀进攻河北农民军。在行军中，多次同邓禹商议军国大事，邓禹以为奇才，相交甚厚。

镇守河内

刘秀攻占河北地区后，乘胜南下，又攻取了洛阳以北的河内郡。当时更始政权大司马朱鲔、舞阴王李轶等率领大军镇守洛阳，同时并州地区亦驻有更始政权军队，形成南北包围河内之势。刘秀以河北形势严峻而必须固守，但很难选择一位足以胜任这一艰巨任务的人，征求邓禹的意见。邓禹说：“昔高祖任萧何于关中，无复西顾之忧，所以得专精山东，终成大业。今河内带河为固，户口殷实，北通上党，南迫洛阳。寇恂文武备足，有牧人御众之才，非此子莫可使也。”

朱鲔听说刘秀派遣寇恂守河内后，率领大军北上进攻河北农民军，乘河内兵力薄弱之机，派遣大将苏茂等将兵三万余人渡河进攻温县（今河南温县西）。寇恂闻讯后，立即发兵前往救援。军吏都劝他调集众军之后才可出兵。寇恂说：温县，是河内郡的藩蔽，“失温则郡不可守”。遂驰赴救之。次日晨，两军交战，适逢偏将军冯异率领所部以及各县援军前来救授，寇恂乃令士卒乘城鼓噪，大呼：“刘公兵到！”苏茂军闻之，阵动，恂因奔击，大破之，追至洛阳，遂斩贾强，茂兵自投河死者数千，生获万余人。恂与冯异过河而还。“自是洛阳震恐，城门尽闭。”捷报传到河北，刘秀大喜曰：“吾知寇子翼可任也！”诸将纷纷庆贺，乘势劝刘秀称帝，于是光武帝在鄗邑即位。

转运粮饷

当时东征西讨，军粮奇缺。寇恂亲自督促粮运，畜力不足，又组织人力挽车，奔赴各地，前后络绎不绝，从而保证了军粮供应，甚至文武百官月支的禄米也由他运粮接济，在后勤工作上很有劳绩，光武曾多次赐书慰劳嘉奖，功名威望日益提高。儒生董崇警告他说：“上新即位，四方未定，而君侯以此时据大郡，内得人心，外破苏茂，威震邻敌，功名发闻，此谗人侧目怨祸之时也。”建议他“宜思功成身退之计。”寇恂听从董崇的意见，当即称病不视事，请求引退，光武不听；请求从军，又不听。乃令其侄寇张、外甥谷崇从军充当先锋，光武以为忠，擢寇张、谷崇为偏将军。

光武对待功臣虽然优厚，但对其过失也要依法惩处。建武二年（公元26年），寇恂因擅自处罚上书人被免官。这时颍川（今河南禹县）人严终、赵敦与密县（今河南密县东）人贾期聚众起义，光武乃起用寇恂为颍川太守，令其与破奸将军侯进率兵前往镇压。事平之后，以功封雍奴侯，食邑万户。当时，大将军贾复任统率禁军的执金吾之职，因事前往汝南郡，其部将在颍川擅自杀人，为太守寇恂捕获，依法斩之于市，贾复深以为耻，在从汝南返洛阳途中道经颍川，对他的随从说：“吾与寇恂并列将帅，而今为其所陷。大丈夫岂有怀侵怨而不决之者乎？今见恂，必手剑之。”寇恂已经预料到了他会这样做，不愿相见，但又恐礼貌不周。外甥谷崇愿执剑充当护卫，寇恂以为不应采取敌对态度，他说：“昔蔺相如不畏秦王而屈于廉颇者，为国也。区区之赵，尚有此义，吾安可以忘之乎？”乃令所属各县多多准备羊羔美酒，对贾复及所部将士厚加款待，亲自出郡城迎接贾复，不等他发作，立即称病告退。贾复欲率兵追之，但所部将士皆酒醉饭饱不能上马，无奈只好返回洛阳。

迫降高峻建武七年（公元31年），寇恂调任执金吾之职，第二年随光武出征割据陇西的隗嚣。隗嚣死后，他的部将高峻拥有精兵万人盘据高平（安定郡郡治，今宁夏固原）。光武遣建威大将军耿弇等围之，未能攻下。建武十年（公元34年），光武亲率大军西征，寇恂以“士马疲敝，方履险阻”相谏，光武不从，下令进军，结果正如寇恂所料。乃转而采取招安的办法，命寇恂前往。既至高平，高峻遣军师皇甫文前来谒见。相见时因礼貌不周，出言不逊，寇恂怒，欲斩之。“诸将谏曰：‘高峻精兵万人，率多强弩，西遮陇道，连年不下。今欲降之而反戮其使，无乃不可乎？’”恂不听，斩之，令其副使回报。高峻惶恐，即日开城投降。诸将请问何以戮其使而反降的缘由？寇恂说：“皇甫文，峻之腹心，其所取计者也。今来，辞意不屈，必无降心。杀之而峻亡其胆，是以降耳。”诸将都表示叹服。可见其平生智谋过人。高峻招降两年后（公元36年），寇恂病故，谥为威侯。

寇恂足智多谋，临事果决，既长于吏治，又善于用兵，可谓才兼文武。

在保证军粮供给中更是成绩斐然，史称：“子翼守温，萧公是埒，系兵转食，以集鸿烈。”