1206年元太祖铁木真统一蒙古，立国位于漠北的蒙古草原，定国号为“大蒙古国”，至1271年元世祖忽必烈定都元大都，将国号改为“大元”之际，共六十五年，史称为大蒙古国时期，又称蒙古帝国。

13世纪初，金朝走向衰落，蒙古乞颜部铁木真开始了统一蒙古草原的征程。历经十三翼之战、帖尼河之战等大大小小数十场战争，打败了草原各部落，整个蒙古高原都被铁木真控制，最后平定蒙古高原，统一蒙古各部。1206年春，蒙古贵族在斡难河（今鄂嫩河）源头召开库里尔台大会，铁木真得到成吉思汗称号，建国大蒙古国（即蒙古帝国），后被尊称元太祖。

除了在中国灭金灭宋外，蒙古帝国还进行了三次西征：第一次，灭中亚新兴大国花剌子，经过今伊朗高原北部，进攻杀掠亚美尼亚王国、格鲁吉亚、阿塞拜疆高加索等三国，并越太和岭（今高加索山脉），抵达钦察（位于俄南），击溃基辅罗斯诸国与钦察忽炭汗的联军，西进军到今乌克兰西部的德涅斯特河，折转围攻基辅后东返，攻击伏尔加河中上游的河谷伏尔加保加利亚，最后渡过伏尔加河东返中亚；第二次，攻占了钦察草原、基辅罗斯等各公国并进犯匈牙利、摩尔达维亚、波兰、立陶宛大公国、摩拉维亚原南斯拉夫地区、保加利亚第二帝国、拉什卡等中东欧各国；第三次，攻占阿拔斯王朝领地美索不达米亚的巴格达，占领大马士革和阿勒颇。

蒙古灭宋用了几年（蒙古灭宋关键一战）

至此，蒙古铁骑打遍欧亚大陆无敌手，蒙古帝国横跨欧亚大陆，疆域辽阔，国土面积达到3450万平方公里，由自己的儿子分别建立了五个相对独立的国家：元朝、金帐汗国（又称钦察汗国）、察合台汗国、窝阔台汗国、伊利汗国，对世界交通、军事、商业、文化等各个方面起到了深远的影响。

早在成吉思汗时期，成吉思汗将大蒙古国的土地分给他的几个儿子。由于各个儿子则均听从成吉思汗的号令，故所封的汗国成为一个整体，服从大汗的领导。

不过，随着成吉思汗三子、第二代的窝阔台大汗驾崩，蒙古各派系对大汗的继承人存在争论，一度形成了危机。后来在西征领导人拔都的支持下，蒙哥继承汗位，大汗之位于是由窝阔台家族转移至拖雷家族。作为对拔都的报答，蒙哥允许拔都建立的钦察汗国保持相对独立的地位。

蒙哥1258年亲征南宋但失利，1259年卒于四川，蒙哥去世时未指定继承人，导致拖雷家族成员之间的内斗，因为大汗的头衔升级为内战。其弟忽必烈和阿里不哥分别于1260年集会自称为大汗。随后身在中原汉地的忽必烈与留守蒙古本土的阿里不哥开始展开了内战。这场从1260年到1264年忽必烈和幼弟阿里不哥间的战争，史称“拖雷家族内战”，又称“蒙古帝国帝位继承战争”。

忽必烈汗于1260年开始进攻南宋，当时他收到有关阿里不哥正在挑战他继承权的消息。阿里不哥与蒙古贵族的强大成员结成联盟，以支持他为大汗的候选人。蒙哥的大多数亲属支持阿里不哥，包括窝阔台、察合台和术赤家族的成员。忽必烈和南宋讲和，并动员他的部队与阿里不哥作战。1260年5月，忽必烈在开平召集了一个库里尔台，在那里他被选为大汗。这是第一个在蒙古家园或中亚之外宣布大汗的库里尔台。1260年6月，阿里不哥在哈拉和林召集了自己的库里尔台，也宣布他为大汗，从此蒙古帝国产生了两个大汗。当时旭烈兀本要前往蒙古，但因与埃及马木留克王朝的战事要留在中东。

阿里不哥与金帐汗国的别儿哥和察合台汗国的阿鲁忽结盟，别儿哥支持阿里不哥，因为他对与忽必烈关系密切的旭烈兀感到不满。

忽必烈可以从中国肥沃的土地获得供应，而阿里不哥则不得不在半干旱大草原上向哈拉和林进口资源。忽必烈依赖中国的这些物资，因此需要中国人民支持才能赢得内战。忽必烈在他的中国顾问的帮助下，自称皇帝，这个头衔能够轻易地将中国人，朝鲜人和蒙古人联合起来。同时他宣称阿里不哥是一个破坏性的篡夺者。忽必烈承诺减税，并设立了与中国历代朝代相似的政府机构，年号中统，即“温和统治”。

忽必烈现在控制了通往哈拉和林四条可能补给线中的三条，对阿里不哥开放的唯一供应线是西北部的叶尼塞河流域。当忽必烈的军队于1260年末向哈拉和林前进时，阿里不哥从哈拉和林撤退到叶尼塞的支流。冬天迫使双方停止行动，等待春天。

1261年忽必烈和阿里不哥在司马台进行战斗，阿里不哥败退。十天后他回到该地区，在蒙古东部的兴安岭附近挑战忽必烈的军队。但阿里不哥袭击的军队并非由忽必烈亲自领导，只占了忽必烈军队的一小部分。即便如此，战斗也陷入了僵局。与此同时，蒙古的大部分地区现在都在忽必烈的控制之下，威胁到阿里不哥对叶尼塞河谷供应线的控制。弱势的阿里不哥向阿鲁忽寻求帮助。阿鲁忽拒绝了，并处决了阿里不哥派遣的特使。

阿里不哥现在只剩下几个盟友，他的几个支持者离开了他的身边。蒙哥的儿子兀鲁塔什叛逃，从阿里不哥手中接过父亲的印章，并将其作为忠诚的象征给予忽必烈。阿里不哥在缺乏资源和盟友的情况下于1264年由新疆北部独自前往上都向忽必烈投降，结束了内战。

忽必烈囚禁了阿里不哥，但没有立即惩罚他。忽必烈的支持者希望报复，因此忽必烈将关押一年作为惩罚。他进行了清洗工作，以消除蒙古政府中同情阿里不哥的官员。忽必烈指控一名曾在蒙哥手下服役的重要蒙古官员孛鲁欢与阿里不哥合谋背叛，所以处决了孛鲁欢和阿里不哥的其他支持者。忽必烈召集了一个库里尔台来决定对阿里不哥的惩罚并巩固他自己对汗位的要求。如果没有蒙古贵族们的公开支持，忽必烈不愿惩罚他的兄弟。阿里不哥在仍然被监禁的情况下于1266年神秘地死去，所以人们猜测忽必烈暗中毒害了他。

大多数西方汗国都不承认忽必烈是大汗。尽管他们中的一些人仍然要求忽必烈确认其新可汗的登基，但实质上这四个汗国已经成为各自独立的国家。主力在波斯的伊儿汗国和位于中国的元朝仍有着密切的外交关系，但四个蒙古汗国之间的军事合作从此结束，统一的蒙古帝国就此解体。

四大汗国中最先灭亡的是窝阔台汗国。海都于1301年去世后，窝阔台汗国开始走下坡路，其领土不久被元朝和察合台汗国所瓜分，窝阔台汗国遂灭亡。而伊儿汗国与察合台汗国则均在14世纪走向分裂，最终被帖木儿所灭。最后灭亡的是钦察汗国，其统治俄罗斯等地长达两个多世纪，俄罗斯直到1480年才摆脱蒙古人的统治独立。其后，钦察汗国分裂为几个小汗国，最终都被俄国所灭。

1368年，明朝攻入大都，元顺帝北逃应昌，元朝在中国全国的统治结束。1388年，元顺帝的儿子脱古思帖木儿被杀。阿里不哥的后裔也速迭儿即位，之后，忽必烈后裔、阿里不哥后裔、窝阔台后裔相互争夺汗位。蒙古东路诸王和河西西域诸王先后归顺明朝，明朝册封为朵颜三卫和关西八卫。蒙古西部的卫拉特（瓦剌）势力崛起，明朝史料于是称蒙古分为鞑靼、瓦剌、兀良哈三部，即蒙古本部、卫拉特、朵颜三卫三大势力。之后，瓦剌也先控制了蒙古本部，自称大汗，但旋即败亡。达延汗统一了蒙古本部，将领地分给儿子们为察哈尔、兀良哈、喀尔喀、鄂尔多斯、土默特、永谢布六万户。达延汗死后，很多领主不尊奉察哈尔大汗的号令。

直至17世纪清朝统一了漠南蒙古、漠北蒙古。