要想搞清楚明朝的内阁和清朝的军机处之间的区别，要从中国古代的宰相制度说起。

军机处是谁设立的（清朝军机处是谁设立的）

从秦始皇的时代，确立了中央集权的专制皇权。皇帝是国家元首，但他不可能一个人就能治理整个国家，他需要完善的政府机构。而政府机构的最高官职，就是丞相，丞相是政府首脑。但是，作为专制皇权，总是渴望权力无限集中，而不能容忍任何对皇权的挑战和侵夺。从汉朝建立以后，皇帝们总是在想着法儿地剥夺相权。在汉武帝的时期，甚至当丞相成了高风险的行业，汉武帝先后杀了五个丞相。但是，皇帝又不可能离开丞相一个人干。于是一直到明朝初年，无论丞相制度如何变迁，都体现了皇权对相权的控制。但丞相制度始终存在着。

不过，到了明朝初年，朱元璋建立明朝后，起初也是沿袭了前代的制度，中央设立了左右丞相来作为皇帝的重要辅佐。但是在发生了丞相胡惟庸“谋反”案件之后，朱元璋大怒，下令废除宰相制度，今后大明朝不再设立宰相，任何人胆敢提议设宰相，处以极刑。就这样，明朝的专制集权达到了顶峰。朱元璋以皇帝而兼任丞相，要求各部门直接向皇帝本人负责。于是，朱元璋成了空前劳累的皇帝。他在拼命支撑了一段时间之后，终于受不了了，他需要找帮手。但是，他不想改变此前不设丞相的决定。他下令选择了一些品级非常低的文人来帮助自己起草文书。这些人地位低，好控制。后来，到明成祖朱棣的时候，就逐渐演变成了明朝的内阁制度。

从明英宗以后，内阁制度逐渐成熟，内阁的权力也开始变大。内阁设大学士数人，到明嘉靖年间，内阁大学士的品级超过了六部尚书。内阁大学士中以一人为首，成为内阁首辅。到万历初年，张居正担任内阁首辅的时候，内阁的权力就达到了顶峰，内阁大学士在很大程度上发挥了昔日丞相发挥的作用。

但是，内阁大学士并不是丞相。一则说，有朱元璋的祖制在，他们都没有宰相之名。张居正的时代里，他的政敌就曾经弹劾他以宰相自居。二则说，他们只是相当于皇帝的秘书，最终的决策权并不在他们这里。各地的奏章送到中央之后，先由内阁草拟处理意见，成为票拟。然后送给皇帝，皇帝用红颜色的笔来批复是否按照内阁的意见来办理，成为朱批。后来，一些皇帝比较懒惰，没工夫去看奏章，干脆让自己身边的宦官代替自己去批复，于是，司礼监秉笔大太监就掌握了巨大的权力，比如魏忠贤等人。

清朝建立以后，在很大程度上继承了明朝的制度，也包括内阁制度。到清康熙初年，内阁制度逐渐定型。乾隆十三年十二月初四（1749年1月22日），定内阁大学士以三殿三阁（保和殿、文华殿、武英殿、文渊阁、东阁、体仁阁）系衔，共四员，满汉各二员。内阁大学士官居一品，从名义上位极人臣。但是，在清朝内阁的权力却在逐渐降低。尤其是在雍正设立军机处之后，内阁更成了摆设，只是负责处理政府日常公文，而没有权力接触到朝廷重要机要事务。不过，内阁始终没有裁撤，一直到清朝末年，内阁一直都存在。而内阁大学士也成了极高的荣誉性职务，比如李鸿章担任文华殿大学士二十多年，实际上李鸿章很少在北京，自然不会去实际过问内阁事务。

雍正初年，由于需要对西北用兵，雍正皇帝在隆宗门内设军机房，协助皇帝处理紧急军务。后来逐渐演变成了军机处。军机处设立军机大臣数人，一般由朝中重臣兼任，其中资历最深者称为首席军机大臣。军机处起初仅处理军务，后来其他重要事务也都其负责处理。我们前面说，内阁相当于皇帝的秘书。而军机处则是相当于皇帝的机要秘书。重大事务都是皇帝哥几个军机大臣商议处理。经军机处处理的事务，一般都不会公开，军机大臣根据皇帝的意见草拟意见，皇帝红笔改定之后，交军机处发出，成为廷寄，直接发给具体办事人员。而经过内阁发出的圣旨，都是不涉密的，都是可以公开的，称为明发上谕。内阁大学士只有兼任军机大臣，才会接触到朝廷机密。比如李鸿章虽然担任文华殿大学士二十多年，位极人臣。但他始终没有兼任过军机大臣，也就是说，李鸿章根本没有进入清朝权力运作的核心层。

到了清朝末年，内外都在呼吁变革，最终1911年，清朝政府决定撤销军机处，改行责任内阁。原来的内阁和军机处也就推出了历史舞台。