作者：佚名才回答，晚上就发现问题居然大变了……现在问题是
中国的考古发现有哪些极大地补充了一些历史问题的史料空白？哪些颠覆了或者是极大地冲击了传统的史学认知？哪些问题因为考古发现而得到最终答案？有哪些失传的史料被发现？有哪些发现引发了新的史学争论？
这个就多了去了……如果不加限定的话。以中国文化传统上对历史的重视，重要的考古或者遗址、古墓的发现，补充了重大历史史料空白，或者大大冲击、改变了原有对历史事件的了解、解读的事例，说不上是不计其数，至少也是难以计数……的多。
例如《竹书纪年》，这部战国时魏国的“内参式”史书的出土，最早打破了上古三代禅位天下的传说，提出了“昔尧德衰，为舜所囚”的说法。还有太甲与伊尹的关系，周厉王“共和”时期的执政人，大量先秦重要历史事件的记载都与传统流传的说法极大不同。深刻的冲击了传统儒家的历史学说体系。即使在它基本散失之后，留在其它书籍的断羽残光的记载仍然发挥着巨大的影响。
其它，例如安阳殷墟的发现对于商代实际情况的了解；
偃师二里头文化遗址对于先商文明或者夏晚期文明研究突破性的意义；
长江下游流哉发现河姆渡文化和良渚文明，它们的惊人久远性，农业及其它技术的先进性，以及庞大和成熟的规模突破“华夏文明黄河流域单一起源论”的影响；
金沙堆和三星堆文化的发现，打破了原来以为西南地区文明出现较晚的定论；
………
可以说，近几十年来，改写中国历史的重大考古发现几乎是几年就至少有一两次，小一些的改写和冲击更是外界难以尽知。例如长沙马王堆汉墓以辛追夫人干尸和大量帛书最为有名，但其实一并出土的并不很出名的“绒圈锦”（用作当时衣物上的缘饰），却证明绒类织物是中国最早发明创造的，否定了之前误认为唐代以后才有或从国外传入的说法。能说不重要吗？
另外，关于“失传史料”再度现世其实特别有意思。在中国历史上最著名的案例肯定就是《古文尚书》真伪案了。
《尚书》作为记录中国上古时期最早的历史文献和传说中圣王的文集，其地位在中国历史上极为重要和显赫。据说经过孔子亲自整理后，留有百篇传世。但它却由于秦始皇时期对于民间的禁书运动和秦末战争的动荡而失传。汉初靠一位名叫“伏生”的老儒生背诵默写，得重传28篇，称为《今文尚书》。
之后又传在拆除孔子故宅一段墙壁时，发现了有一处夹墙，里面藏有一批在秦朝时偷偷埋藏的古籍，其中就有一部分《尚书》。据说是用先秦时的字体写的，被称为《古文尚书》。经过孔安国整理后，篇目比《今文尚书》多16篇。
但是！在西晋永嘉之乱中，《尚书》再次失传了。到东晋，有个叫梅赜的官员又搜集到今古两种版本的《尚书》献给朝廷。后来流行的《尚书》就是梅赜所献的版本。
不过到了宋代，就有越来越多的学者认为，梅赜所献的古文《尚书》是伪作，并非真正的先秦史料。就此开始了长达千年的古文《尚书》真伪之争。到了近代，主流意见已经认为流行后世的古文《尚书》确系后人伪托所作，但仍然一直有少数学者依然坚持，今古《尚书》基本上都是先秦史料。
到了2008年，清华大学收到了校友捐赠的一大批战国竹简，也就是现在在史学界鼎鼎大名的“清华简”。而在清华简中，发现了从秦末之后失传两千多年的真正的先秦《尚书》原文！对照清华简内，与今文、古文尚书共同的篇目，证明了古文尚书确系伪“书”。这个争论千年的历史疑问终于划上了一个终结的句号。
这里请允许在下感慨一句。数年前看到“原文《尚书》重新现世”的消息，真是整个人都被震撼了。想不到失传二千年之久的三坟五典居然还能重新被找回，哪怕只是其中的一小部分，也足够让人痛哭流涕了。清华简对于中国人来说，历史意义恐怕堪比《死海古卷》之于以色列和基督教世界、商博良石碑之于埃及，汉谟拉比石碑之于两河可比。
我和朋友说：换了从前有皇上的年头，这是要百官大朝于正殿！圣上亲告于太庙！大赦天下的！
当然现在没皇上了，但每念于此，仍有当浮一大白之感。
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中国有哪些已经被广泛接受的历史知识但因为考古发现而被颠覆？修改
我问题阐述有点不太明确。有必要补充一下，我想问的不是野史vs正史，也不是演义vs正史。而是“正史，史学界的普遍认知”被“考古发现”所打破。
与题主要求比较相符，已经被史学界普遍认知的中国“正史”被实际考古发现推翻的例子其实是很罕见的。盖因中国的正史总体上还是非常严谨的。即使进入文明极成熟期后，官方国史上对帝王将相的“起居注”上会玩一些扬善隐恶的“避讳”，但对于重大事件的基本背景、事实的记录仍是严肃的。同时，民间也有大量的私史笔记会记录下不同的说法，极大的帮助了后世史学家分辨历史的真相。
近代以来，最符合题主要求的考古发现对史实认识的变化，首推的就是疑古派（古史辨派）的兴起和衰败。
上世纪20年代以顾颉刚、钱玄同、胡适及他们的一些得意学生为代表的疑古派，尤其是顾老，运用引入的西方现代历史学的理论和方法作为武器，沉重打击或者说几乎彻底击溃了原来研究历史只需求诸于古书的传统儒家历史学者。对于中国历史学来说，疑古派提出的问题、开创的新的历史研究方法，都是有划时代意义的，贡献极大。
但作为具体的结论，疑古派又有“只破坏不建设”的问题。他们几乎完全推翻了，原来根据古籍建立的先（东）周以前的中国历史记载，甚至斥之为充满了后世伪造、不可置信的“伪史”。同时却没有能提出新的华夏上古文明传承序列的理论。在事实上，造成了中国（华夏）文明在先（东）周之前的上古史的中断，也是延至时今，“中国不能算四大文明”“中国五千年史是自大自吹”这些说法的源头。
如果不是1928年安阳殷墟的发现，疑古派本来是连商代的真实性也极为质疑的。一定意义上说，安阳殷墟的考古发现就比较符合题主的要求。它的及时发现改变了疑古派把商代也划入“伪史制造”的可能结果。
（坦率的说，当时疑古派的一些结论，在学术上也许是阶段性的正确意见，但在当时的历史背景下，却是不得不说对国家大局的考虑极少。象顾先生在抗战时期还公开反对“炎黄子孙”的提法，现在看确实有些书生意气了。）
疑古派虽然主要成就集中在20-40年代，但他们在学术圈内，尤其是整个国际上的中国上古史研究领域的影响力，却是在上个世纪后半叶达到巅峰。在此间的大多数时候，虽然国内官方的普及性历史教育作品上，主流还坚持“华夏五千年文明说”“先秦夏商周三代”甚至“三皇五帝的故事”，但在严肃的学术界内，对于中国先商以前存在较成熟的文明，或者说存在可与亚欧大陆其它上古文明相提并论的古文明的底气，其实很弱的。
但随着诸如二里头文化、仰韶文化、龙山文化、良渚文化、红山文化等上古华夏文明起源性文化的大量遗址不断被发现，不断被发掘、研究和解读。大量早期驯化的动植物，大规模的农业活动、集中建筑，比较繁多、工艺也要求较高的人工制造物品，不断被发现和证实。现在几乎没有人可以否认，华夏文明是发源于东亚大陆的本土原创型文明，传承有序，到商时代之前就已经相当成熟了。虽然现在还无法证实或证否，中国古籍中记载的“夏朝”以及更久远前的尧舜禹几代上古“皇”者是否存在，但与传说记载中的历史时期段能对应起来的文化遗址却是越来越不缺了。先商时代的华夏文明，不管它真正的自称是什么，本身的存在已经不容辩驳。这反过来证明了，古籍上记载的上古史并非是数百乃至上千年后的人们凭空想象，或是按政治需要编造的，而是至少有着部分事实的基础。
1992年李学勤发表了《走出疑古时代》一文，虽然他自己后来称这题目是编辑自作主张加的，并非他本意如此盛气凌人。但此文仍然可以看做是“释古”一脉（冯友兰提出的与盲目崇信古籍的传统历史学者的“信古派”不同，接受考古重于古籍，但同时主张不可一概抹杀古籍记载真实性，以及线索指引和印证作用的历史研究学派），在埋头苦干了几十年后，扬眉吐气的胜利宣言。
尽管当年疑古派大师亲传的学脉尚存，而且（坦白直说）借着海外对中国上古史要求特别严格之力，仍然还与释古派有许多细节性、具体性的问题上有激烈争论，但大势上，疑古派，确切的说对中国古籍可信度可用度采取基本否定态度的“疑古思潮”，已经无可挽回的衰败了。最多只能在“文明的必要标准”、“夏与不夏”之类问题设下更高的门槛，但再想把记载上古史的古籍打回“后世无名文人编造的故事”的地位，恐怕是永远做不到了。
实际上，题主限定了必须是“考古发现”，反而排除了近年来在上古史上最大的突破型发现。
利用生物遗传学在新世纪的进展。在全球历史的角度，科学家们证实了，人类的起源比原来想象的要狭窄的多。当代人类都是十万年前左右“第二次走出非洲”的现代智人的后裔，之前“第一次走出非洲”的各人类亚种都灭绝了。也就是说，象北京猿人、山顶洞人那些古人类，其实完全不是华夏族或者其他现代东亚人类的祖先。
而在中国上古历史的研究上，生物遗传学也发现，有极大可能，大部分中国人（汉族）的男性祖先来源非常非常狭隘——在5000-6000多年前上下，可能可以仅追溯到个位数的男性祖先身上。非常有趣的是，这个时间段与传说中的“三皇五帝”正巧重合。对于疑古派来说，这实在不是一个很好笑的笑话……
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