水田考古研究以通过考古发掘寻找水田遗存为基础，结合植物考古、动物考古等多学科研究结果，全面、系统地揭示水田起源、发展和变迁的历史，并借以回答稻作农业生产起源、发展与传播的历史过程，稻作农业与气候环境变迁关系等问题，最终阐明水田稻作农业的发展在古代社会发展中的地位和作用问题。水田考古是农业考古研究中的重要内容之一，还包括了环境考古研究中的部分内容。由于稻作农业在日本古代历史和现代社会中占有重要地位，关于日本列岛稻作农业起源与发展历史过程的研究一直受到学术界的广泛关注，其中水田考古研究是一个重要组成部分。

日本的水田考古研究，从技术、方法和研究思路上都是考古学发展的结果。２０世纪７０年代以后，随着全面复原古代社会等学科任务的提出，学者们逐渐意识到水田考古研究不仅提供了关于水田稻作农业发展历史的信息，同时，关于水田结构、生产方式等的研究结果对于认识古代社会的发展也有重要帮助，水田考古研究越来越受到重视。现在已经形成了关于水田考古研究系统的方法。

１９４８年，考古学者在静冈县登吕遗址首次发现了弥生时代的水田遗构，包括水田和水沟。还有同时期的居住、粮仓遗迹等，后两者位于相对较高的位置。同时还发现了大量的水田稻作的木制农具。１９６５～１９６６年，在滋贺县的河南遗址发现了弥生时代的水田遗迹。１９６８～１９６９年，在冈山县津岛遗址发现了弥生时代的水田遗迹。１９７７～１９７８年，在福冈板付遗址发现了绳纹时代最晚期或者是弥生时代最早期的水田遗迹。１９８０年，在福冈县唐津市菜田遗址发现了与板付遗址同时代的水田遗迹。１９８２年，在青森县垂柳遗址发现了水田遗迹，这是现在已知的最北的弥生时代水田遗迹。此后的２０多年以来，水田遗迹不断发现，关于水田结构、稻作农业发展及其与古代社会的关系的研究也取得了很多重要突破。主要有三个方面。

（１）大量的考古发现表明，在弥生时代最早阶段，就已经出现了水田。虽然现在学术界关于弥生时代开始和绳纹时代结束的时间还有不同意见，但多数学者已经接受了水田出现作为弥生时代开始的一个重要标志的观点。（２）虽然多数水田都发现有田埂、水田和水道等系统，不同历史时期水田的结构有显著区别，特别是弥生时代水田与以后各个历史时期的水田存在很大差别。弥生时代水田以湿田为主，水田位于临近河流或者湖泊的低地，灌溉系统没有或者不发达。从古坟时代开始，水田以干田为主，并逐渐成为主要成分，这是灌溉系统逐渐完善的结果，同时还导致了水田管理体系的发展和社会复杂化的发展。９世纪平安时代已经发展出了完善的条里制，就是以条里的形式管理和组织稻作农业生产。（３）各个时期都存在水田祭祀活动。

在日本，水田考古是以考古发掘过程中发现水田遗构为开端的。然后，通过对这些水田遗构的土壤样品进行各类分析（主要是花粉、植硅体、寄生虫、土壤性质等），总结出水田土壤中这些生物或者土壤指标的特点，再将这些结果运用到水田遗迹的寻找和确定。可以说，是田野考古与植物考古、动物考古等技术的共同发展，促进了水田考古的发展和逐渐完善。

田野考古是水田考古的基础。著名的登吕遗址水田的研究，就是从田野考古中发现水田遗构开始的，正是由于确认了水田遗构，才开始了一系列的相关分析并确认了水田的存在。同时，那些首先采用植硅体分析估计可能是水田的遗址，也需要通过考古发掘进行确认。田野发掘中，水田的主要标志是Ａ面和Ｂ 面以及在这两个面上保存下来的田埂、水沟等遗迹。Ａ面就是种植水稻的那个面，一般土质比较软，颜色较深，在这个面上经常能找到田埂的痕迹；而Ｂ面则是水田土壤中下面的部分，在这个面上通常会发现水垢的痕迹。并不是所有的水田都能找到这两个面，有时会因为受到后期破坏而无法找到Ａ面。田野考古过程中寻找水田痕迹，和发掘其他遗迹一样，既需要大胆想像，更要有耐心，要仔细分析和研究。现在日本的考古发掘人员已经能够很熟练地操作寻找水田的技术。

对水田土壤样品进行植硅体分析，是水田考古研究中的重要内容。植物考古专家通过分析考古发掘中确认的水田土壤样品的植硅体和对现代水田的土壤进行分析，提出了确认水田土壤的标准：一般来讲，由于人类活动和地貌等自然环境影响导致水田土壤沉积的速度不同，在不同时期、不同地区，每克水田土壤中包含的水稻植硅体的数量明显不同，水田使用时间的长短也是影响水田土壤中水稻植硅体数量的重要因素。在水田考古研究的早期阶段，一般将每克土壤中含水稻扇型植硅体５０００个作为水田的判别标准，但是，随着水田考古中田野考古技术的进步，考古发掘人员识别水田土壤的能力逐渐提高，近年来已经可以在水稻植硅体含量低的地点找到水田的遗迹。这方面最有说服力的实例就是三重县筋违遗址，在初期的植硅体分析中，每克土壤中只发现了２００个以下的水稻扇型植硅体，但通过考古发掘，还是找到了水田遗迹。这个事实说明，即使是土壤中水稻植硅体含量比较低（低于每克土壤中２００个），这种土壤也有可能是水田遗迹。虽然通过植硅体分析确认是否有水田遗迹，不能固守一个标准，但是，根据植硅体的研究结果，采用钻孔的方法采集可能有水田地点的土壤样品，对其进行植硅体定量分析，就可以大致确定这个地点是否有水田，并根据考古发现对其年代进行大致估计。如果每克土壤样品中植硅体含量达到一定数量，就说明可能有水田，然后进行解剖，从剖面上观察是否有水田的遗迹，如果确认可能有，就可以进行进一步的调查或者发掘，对于发掘的结果，还需要采用植硅体定量分析的方法进行确认。对考古发掘中浮选的炭化稻遗存进行分析鉴定，虽然也是水田考古中的内容，但是，由于保存条件和形成方式的不同，在确认水田是否存在的过程中，炭化种子的分析与植硅体分析的意义是不可同日而语的。孢粉分析也一样，因为孢粉在水田中沉积的方式与植硅体不同。

对水田土壤进行寄生虫分析，能够提供是否有施肥活动的信息，其基本原理是：如果水田土壤中含有一定数量的属于人畜粪便中特有的寄生虫种类，就说明可能当时有施肥的活动。

此外，在水田考古研究中，对水田周围微地貌的分析，也是重要内容，因为不同时期水田的位置受到人类生产能力和地貌条件的双重制约。在三重县正在发掘的筋违水田遗址，发掘人员介绍说，因为弥生时代早期河道在南面，距离河道不远的低地的湿田也在南面，但是，弥生时代后期由于低地被河流冲积物填平，河流改道，水田也转移到了北面。水田的位置与当时的微地貌变化密切相关。

水田考古在日本考古学与农学研究中都起了很大的推动作用。对于考古学，水田考古不仅丰富了田野考古技术的内容，同时，极大地促进了自然科学技术在考古学中的应用，特别是植物考古研究在考古学领域的地位，很大程度上借助于水田考古研究得到了确立和发展。从古代农业历史研究的角度，水田考古可以说是唯一可以让考古学或者历史学者全面认识古代水田稻作农业活动的一个研究方向，因为只有水田考古研究才能提供有关水田结构、耕种方式、生产组织等方面的内容。从农学的角度，则是提供了稻作农业从古至今的发展过程的重要信息。水田考古研究是全面复原古代历史特别是稻作农业历史及其与古代社会发展关系的重要内容，是现代考古学中不容忽视的研究领域。