CDA面对的最大质疑是其研究方法。因为研究的跨学科性,CDA吸收了众多不同学科的理论,如社会学、政治学、心理学、社会语言学、语用学、文体学、社会符号学、修辞学等。但总体上,CDA似乎采用的是拿来主义,并没有在理论上形成一种连贯的、系统的模式。指出,CDA只是临时拼凑一些能够达到自己分析目的的概念和方法。与其说CDA是一个分析框架,倒不如说是一个项目清单,分析者可以根据自己的需要选择使用。另外,CDA没有说明话语的形式特征和话语的阐释之间到底存在什么样的关系。人们往往会感到疑惑,为什么有些特征在一些文本里被关注,但是在另外一些文本中却被忽视?如果没有一个连贯的分析模式,CDA就变成了一种任意的行为,分析是碎片式的、示例性的（）。概括起来,这些学者的意见是科学研究必须要有科学的研究方法予以支持,如果CDA想证明其阐释的合理性就必须遵循一套可重复、可验证的方法。针对分析模式的批评,回应道,CDA是对其他理论的动态综合,理论和方法相互促进和发展。如果追求稳定的方法,尽管这在教学上具有优势,但势必会削弱CDA的阐释力,阻碍CDA的进一步发展。针对在分析文本特征时带有选择性的问题,认为,研究者在进行研究时,都带有特定的研究问题。这些研究问题会引导研究者将注意力放在文本的某些方面,而不是其他方面。则指出,由于存在众多的话语单位、话语特征、话语结构及话语策略等,进行“彻底”的话语分析是不现实的。哪怕对一个短小的文本进行完整的分析也可能耗时几个月,占用几百页的篇幅。因此,CDA研究者的分析必须要有选择性,只需关注那些和社会事件相关的话语结构。