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如何看懂R中的探索性数据分析(附R代码)

如何看懂R中的探索性数据分析(附R代码)本文将通过介绍一个代码模板的四个基本步骤,来帮助您完成数据分析的初期探索。

探索性数据分析(EDA)是数据项目的第一步。我们将创建一个代码模板来实现这一功能。

简介

EDA由单变量(1个变量)和双变量(2个变量)分析组成。在这篇文章中,我们将回顾一些我们在案例分析中使用的功能:

第1步:取得并了解数据;

第2步:分析分类变量;

第3步:分析数值变量;

第4步:同时分析数值和分类变量。

基本EDA中的一些关键点:

数据类型

异常值

缺失

数值和分类变量的分布(数字和图形的形式)

分析结果的类型

结果有两种类型:信息型或操作型。

信息型:例如绘图或任何长变量概要,我们无法从中过滤数据,但它会立即为我们提供大量信息。大多数用于EDA阶段。

操作型:这类结果可直接用于数据工作流(例如,选择缺失比例低于20%的变量)。最常用于数据准备阶段。

准备开始

如果您没有这些扩展包,请删除‘#’来导入:

# install.packages("tidyverse")

# install.packages("funModeling")

# install.packages("Hmisc")

funModeling已发布更新版本的Ago-1,请更新!

现在加载所需的程序包

library(funModeling)

library(tidyverse)

library(Hmisc)

tl; dr(代码)

使用以下函数一键运行本文中的所有函数:

basic_eda

glimpse(data)

df_status(data)

freq(data)

profiling_num(data)

plot_num(data)

describe(data)

替换data为您的数据,然后就可以啦!

basic_eda(my_amazing_data)

创建示例数据:

使用heart_disease数据(来自funModeling包)。为了使本文容易理解,我们只选取四个变量。

data=heart_disease %>% select(age, max_heart_rate, thal, has_heart_disease)

第一步:了解数据

统计第一个例子中观测(行)和变量的数量,并使用head显示数据的前几行。

glimpse(data)

## Observations: 303

## Variables: 4

## $ age 63, 67, 67, 37, 41, 56, 62, 57, 63, 53, 57, ...

## $ max_heart_rate 150, 108, 129, 187, 172, 178, 160, 163, 147,...

## $ thal 6, 3, 7, 3, 3, 3, 3, 3, 7, 7, 6, 3, 6, 7, 7,...

## $ has_heart_disease no, yes, yes, no, no, no, yes, no, yes, yes,...

获取有关数据类型,零值,无穷数和缺失值的统计信息:

df_status(data)

## variable q_zeros p_zeros q_na p_na q_inf p_inf type unique

## 1 age 0 0 0 0.00 0 0 integer 41

## 2 max_heart_rate 0 0 0 0.00 0 0 integer 91

## 3 thal 0 0 2 0.66 0 0 factor 3

## 4 has_heart_disease 0 0 0 0.00 0 0 factor 2

df_status会返回一个表格,因此很容易筛选出符合某些条件的变量,例如:

有至少80%的非空值(p_na < 20)

有少于50个唯一值(unique % select(variable, variation_coef, range_98):variation_coef得到较大值可能提示异常值。range_98显示绝大部分数值的范围。

第四步:同时分析数值和分类变量

使用Hmisc包的describe。

library(Hmisc)

describe(data)

## data

##

## 4 Variables 303 Observations

## ---------------------------------------------------------------------------

## age

## n missing distinct Info Mean Gmd .05 .10

## 303 0 41 0.999 54.44 10.3 40 42

## .25 .50 .75 .90 .95

## 48 56 61 66 68

##

## lowest : 29 34 35 37 38, highest: 70 71 74 76 77

## ---------------------------------------------------------------------------

## max_heart_rate

## n missing distinct Info Mean Gmd .05 .10

## 303 0 91 1 149.6 25.73 108.1 116.0

## .25 .50 .75 .90 .95

## 133.5 153.0 166.0 176.6 181.9

##

## lowest : 71 88 90 95 96, highest: 190 192 194 195 202

## ---------------------------------------------------------------------------

## thal

## n missing distinct

## 301 2 3

##

## Value 3 6 7

## Frequency 166 18 117

## Proportion 0.55 0.06 0.39

## ---------------------------------------------------------------------------

## has_heart_disease

## n missing distinct

## 303 0 2

##

## Value no yes

## Frequency 164 139

## Proportion 0.54 0.46

## ---------------------------------------------------------------------------

这对于快速了解所有变量非常有用。但是当我们想要使用统计结果来改变我们的数据工作流时,这个函数不如freq和profiling_num好用。

建议:

检查最小值和最大值(异常值)。

检查分布(与之前相同)。

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