明朝初设中书省，六部（吏部、户部、兵部、刑部、礼部、工部）隶属于中书省。后来，废除中书省，六部则直接对皇帝负责，成为主管全国行政事务的最高机构。每部一般情况下，各部设置正二品尚书1人，总管本部政务（相当于现在的部长），下置正三品的左、右侍郎（左比右大）各1人，为尚书之副（相当于现在的副部长）。

茹太素（茹太素万言）

每部分设4属部（司），每属部（司）设正五品郎中（相当于现在的司长）、从五品员外郎、正六品主事各1人，各类办公人员若干。

吏部，类似现在的组织部、纪委等部门。

户部，类似现在的民政部、财政部、国土局等部门。

兵部，类似今天的国防部，中央军委及其各军事机关。

刑部，类似现在的司法部和公检法部门。

礼部，类似现在的外交部、教育部、文化和旅游部等。

工部，类似现在的工业和信息化部、水利部、住房和城乡建设部等。

六部的办公是在午门内，官员相对稳定，一般不会轻易调动，凡有劳绩者，则在本部升用。六部属于文官系统，就是冠以“兵”的兵部，也不属于武官系统。尤其是在明朝初期，不能直接调动各省的最高军事机构都指挥使司。统领各省的都指挥使司的机构是中央设置的五军都督府（前军、后军、左军、右军、中军）。兵部则专司武官选授、征伐简练、马政驿传诸事，也就是说，五军都督府和兵部都听命于皇帝，五军都督府拥有统兵权而无调兵权，兵部拥有调兵权而无统兵权。五军都督府和兵部相互节制互不统属（明朝中后期文官制约武官）。

明朝历史上较有名气的尚书有：吏部尚书蹇义、王直；刑部尚书王世贞、林聪；兵部尚书于谦、袁崇焕(加衔)；礼部尚书杨溥、徐光启；户部尚书费震、茹太素；工部尚书雷礼、吴中。