秦始皇三十六年(公元前211年)、天上有颗流星划过，有块陨石坠落在东郡的地面上不知谁在这块陨石上面刻了几个字:“秦始皇死后国土就会分裂”。秦始皇听说了这件事，十分生气，就命令御史四处查问。可是没有人敢承认，秦始皇气急败坏，派人把当地的居民统统抓起来杀掉，又把陨石烧掉。事后，秦始皇整天闷闷不乐，就让人帮他写作《仙真人诗》，外出巡游时，就让乐师们演奏唱这首歌。

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这年秋天，秦朝的使者在夜晚赶路，被人拦住。那个人递给使者一块玉璧，对他说:“今年祖龙将会死去。”使者刚要询问缘由，那个人转身就消失了。使者把玉璧交给了秦始皇，并报告了这件事情。秦始皇听完，沉默了一会儿，说:“也许是个山鬼，只能预测一年之中发生的事。”退朝后，秦始皇又说:“祖龙，就是人类的祖先。”然后他命令有关官员察看这块玉璧。这帮人仔细一看，发现这块玉璧是8年前秦始皇外出巡游、渡长江时不慎落入江中的那块。秦始皇觉得不是好兆头，就找人占卜，卦辞上说:必须迁徙，才能够逃避灾难。于是，秦始皇把30000家民户迁往北河、榆中定居，并且每户赏赐一级爵位。

三十七年(公元前210年)，秦始皇出巡左丞相李斯跟从，右丞相冯去疾在京都留守。秦始皇的小儿子胡亥爱玩，也要跟着去，皇上答应了，带上他一起走。当队伍到达平原津的时候，秦始皇染了重病。可他不愿意听别人提到死，大臣们谁也不敢提“死”字。后来病情越发严重了，秦始皇帝就写了一封书信，命人送给公子扶苏，上面写道:“速来咸阳，办理我的后事。”书信封好后，加盖御印，还没等交给使者，秦始皇就死了。

秦始皇在沙丘去世，李斯担心各个公子和天下人知道后会发动动乱，就隐瞒了真相，没有公布。他们把皇帝的尸体装进棺材，用既通风又密闭的车辆运载着，由皇上宠信的宦官们亲自驾车。所到之处，在外人面前，假装和原来一样向皇帝进献食物。众地方官也和以往一样奏事，宦官坐在车里，审批所奏之事。

随同秦始皇出巡的胡亥、赵高等人知道这件事。赵高曾经教胡亥读过书，辅导他学习过刑法律令等，所以胡亥很宠信赵高。赵高和公子胡亥、李斯商量后，偷偷打开皇帝写给扶苏的信。获悉内容后，便篡改遗诏，对外宣称李斯在沙丘接受了皇帝的诏，立胡亥为太子。另外写了一封信，给公子扶苏和蒙恬，信中列举了他们的罪状，并赐他们自杀。李斯等人启程返回咸阳，从井陉抵达九原。途中正赶上天气暑热，秦始皇的尸体散发出臭气。于是李斯等又命人找来一些鲍鱼，放在车上，用来掩盖尸体的气味。

回到咸阳，朝廷这才发布秦始皇驾崩的消息。胡亥继承皇位，成为秦朝的第二代皇帝，九月，秦始皇被安葬在郦山。

早在秦始皇刚刚即位时，就已经派人在郦山为自己建造坟墓。天下统一后，秦始皇又从各地还调集了70多万个工匠，深挖墓穴，用铜水浇铸墓穴内的地面，来堵塞缝隙，然后放入外棺。再令人把设好的百官位次的宫殿模型和大量的金银珠宝安放在里面。最后，命令工匠们制作带有机关的弩箭，一旦有人来盗墓，就会自动将其射杀。还用水银模拟制作成江河湖海，装上机关，使它们能够互相连通流动。在墓室的顶壁上，用天文图案进行装饰，墓室的下部根据中国地理形状来布置。用娃娃鱼的脂肪制成蜡烛，因为它能燃烧很长的时间。

皇帝胡亥说:“先帝后宫中那些没有生过孩子的妃子必须给父皇陪葬。”这样又赐死了很多人。灵柩下葬后，有人说:“工匠们制造了坟墓里的机关，肯定十分了解，恐怕会把地宫的秘密泄露出去。”胡亥说:“放心吧!我自有办法。”安葬完毕，宝物也都埋藏好了，胡亥就命人封闭墓道的中门和外门。工匠们和填充宝物的人全都被封在坟墓里边，没有一个活着出来。最后，胡亥又下令在墓地的旁边栽满了草木，装扮得和普通山没什么两样。